TAIR – Sobre Arabidopsis

Sobre Arabidopsis

• Sumário
• História da Arabidopsis thaliana
• Nomes comuns para uma erva daninha pouco comum.
• Distribuição geográfica dos ecotipos e a história de algumas linhagens favoritas do “laboratório”.
• Estágio de crescimento da arabidopsis e cronologia dos eventos
• 101 Formas de crescimento da arabidopsis
• O papel e importância da arabidopsis como organismo modelo
• Sorte do genoma
• Livros sobre Arabidopsis e métodos na pesquisa com Arabidopsis
• Linha de tempo dos principais eventos na pesquisa com Arabidopsis

Resumo Arabidopsis thaliana é uma pequena planta com floração que é amplamente utilizada como um organismo modelo em biologia vegetal. A Arabidopsis é um membro da família da mostarda (Brassicaceae), que inclui espécies cultivadas como couve e rabanete. A Arabidopsis não é de grande importância agronómica, mas oferece vantagens importantes para a investigação básica em genética e biologia molecular. Clique no link do NCBI’s Taxonomy Browser para ver a taxonomia da Arabidopsis ou veja as Brassicaceae. Uma entrada da Wikipedia também está disponível. Algumas estatísticas úteis: Pequeno genoma (114.5 Mb/125 Mb total) foi sequenciado no ano 2000 (SequenceViewer, AGI). Amplos mapas genéticos e físicos de todos os 5 cromossomas (MapViewer). Um ciclo de vida rápido (cerca de 6 semanas desde a germinação até à semente madura). Produção prolífera de sementes e fácil cultivo em espaço restrito. Métodos eficientes de transformação utilizando Agrobacterium tumefaciens. Um grande número de linhas mutantes e recursos genômicos, muitos dos quais estão disponíveis em Centros de Estocagem. Comunidade de pesquisa multinacional de laboratórios acadêmicos, governamentais e industriais. Tais vantagens fizeram da Arabidopsis um organismo modelo para estudos da biologia celular e molecular de plantas floríferas.TAIR coleta e disponibiliza as informações decorrentes desses esforços.Visão da Arabidopsis thaliana História da Arabidopsis thaliana como um organismo de pesquisa. “Arabidopsis thaliana foi descoberta por Johannes Thal (daí, thaliana) nas montanhas Harz no século XVI, embora ele a tenha chamado de Pilosella siliquosa (e passou por uma série de mudanças de nome desde então). O primeiro relato de um mutante (que eu conheço) foi em 1873 (por A. Braun). F. Laibach primeiro resumiu o potencial da Arabidopsis thaliana como um organismo modelo para a genética em 1943 – ele fez algum trabalho sobre ele muito antes, publicando seu número cromossômico correto em 1907. A primeira coleção de mutantes induzidos foi feita pelo estudante de Laibach, E. Reinholz. Sua tese foi apresentada em 1945, o trabalho publicado em 1947. Langridge teve um papel importante no estabelecimento das propriedades e utilidade do organismo para estudos laboratoriais nos anos 50, assim como Rédei e outros (como J.H. van der Veen na Holanda, J. Veleminsky na Tchecoslováquia e G. Röbbelen na Alemanha) nos anos 60. Uma das muitas e importantes contribuições de Rédei foi a de escrever resenhas académicas sobre Arabidopsis, uma particularmente completa está em Bibliographica Genetica vol 20, No. 2, 1970, pp. 1- 151. Ele escreveu uma mais facilmente encontrada em Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9.111-127. Ambos passam por alguma da história inicial do uso do Arabidopsis no laboratório, embora o mais longo de 1970 tenha todos os detalhes”

–from Elliot Meyerowitz, 1998

Nomes comuns para Arabidopsis According to Redei, GP. (1992) Um olhar heurístico sobre o passado da genética da Arabidopsis. Em Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Em inglês: Agrião de parede; agrião de ouvido de rato Alemão: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Francês: arabette rameuse, arabette des dames Espanhol: arabide Holandês: zandraket Dinamarquês: gåsemad Norueguês: vårskrinneblom Húngaro: lúdfü Polonês: rzodkiewnik Japonês: shiro-inu-nazuna Arabidopsis Ecotypes and Geographic Distribution of Arabidopsis Mais de 750 adesões naturais de Arabidopsis thaliana foram coletadas em todo o mundo e estão disponíveis nos dois principais centros de estoque de sementes, ABRC e NASC. Essas adesões são bastante variáveis em termos de forma e desenvolvimento (por exemplo, forma da folha, pilosidade) e fisiologia (por exemplo, tempo de floração, resistência a doenças). Pesquisadores ao redor do mundo estão usando essas diferenças nas adesões naturais para descobrir as complexas interações genéticas, tais como as respostas das plantas ao meio ambiente e a evolução dos traços morfológicos. Embora muitas coleções de adesões naturais possam não satisfazer uma definição rigorosa de um ecótipo, elas são comumente referidas como ecótipos na literatura científica. PNG imagem de distribuição mundial (1993, de Jonothan Clarke). Esta figura foi produzida por Jonathan Clarke para sua tese de doutorado (1993) com Caroline Dean em Norwich, Reino Unido. Mapa mundial mostrando a distribuição geográfica (longitude, latitude, elevação) de mais de 30 ecótipos de Arabidopsis. Esta imagem foi-nos gentilmente cedida pela Universidade de Toronto e também está disponível como mapa interactivo no seu website http://www.bar.utoronto.ca/ Mapa de distribuição de Arabidopsis nos EUA a partir da Base de Dados de Plantas do USDA. Para ver o mapa interactivamente (clicando nos links dos estados para a ampla distribuição do condado) e ver outros dados vá ao website da Base de Dados de Plantas e introduza uma consulta para Scientific Name =Arabidopsis thaliana. Siga os links para ver a distribuição e outros links. Informações sobre as origens dos ecotipos frequentemente utilizados (Landsberg erecta, Columbia, e Wassilewskija da NASC. Arabidopsis Growth Stages and Timeline Time table of growth stages determined for Arabidopsis ecotype Columbia-O from Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Veja um filme de lapso de tempo de uma semente germinativa de Arabidopsis, de 0 a 65 horas após o plantio. O ecótipo é Col-0, as imagens foram capturadas a cada 10 minutos. Este filme Quicktime foi graciosamente fornecido ao TAIR pelo Dr. Ronny Joosen (Wageningen University). Veja um filme de lapso de tempo mostrando o crescimento da Arabidopsis de 4 dias após o plantio (dap) a 22 dap. As plantas de Columbia eram cultivadas em luz constante em uma câmara de crescimento; as imagens eram capturadas a cada trinta minutos. Este vídeo de 65MB de Quicktime abrange os eventos após a germinação até o aparafusamento. O vídeo original foi graciosamente fornecido ao TAIR pelo Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) e portado para o formato Quicktime. Você pode fazer o download do Quicktime aqui. Informações sobre Arabidopsis como organismo genético modelo Arabidopsis como planta modelo: relatório da NSF e MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project, um dos Nifty50 da National Science Foundation, EUA. Livros sobre Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Um manual de laboratório abrangente e detalhado para Arabidopsis, incluindo seções sobre crescimento de plantas, análise genética, proteômica e genômica. O livro Arabidopsis Book Chris Somerville e Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Um compêndio dinâmico de biologia da Arabidopsis baseado na web. Capítulos contribuídos escritos por especialistas em suas áreas estão disponíveis on-line e gratuitamente como documentos portáteis (PDF). Arabidopsis : Uma abordagem prática. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, Reino Unido. Mais protocolos e métodos Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson e Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, EUA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, orgs. CSHL Press, Nova York, EUA. Uma visão bastante abrangente da Arabidopsologia Arabidopsis : um Atlas de Morfologia e Desenvolvimento. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlim & New York. Imagens e descrições de plantas Arabidopsis normais e mutantes Métodos na pesquisa da Arabidopsis. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protocolos e métodos para pesquisadores da Arabidopsis Linha do tempo 2005: Lançamento do primeiro genoma TAIR (versão TAIR 6.0, Nov 2005). 2004: Lançamento final do Genoma TIGR (versão TIGR 5.0, Março de 2004). 2003: Lançamento do Genoma TIGR 4.0 (Jun 2003). 2001: Maior ênfase em genômica funcional e comparativa, Programa NSF2010. 2000: Conclusão da sequência do genoma. 1999: Chips de DNA e microarrays disponíveis . 1999: Cromossomas II e IV sequenciados . 1998: Arabidopsis em Science genome issue . 1997: Mapas físicos de todos os cromossomas completados. 1996: Iniciativa do Genoma Arabidopsis organizada. 1995: Construção de bibliotecas padrão BAC e P1. 1994: Iniciados os esforços de sequenciamento de cDNA. 1993: Estabelecida transformação de alta eficiência. 1992: Publicada a primeira caminhada cromossómica. 1991: Estabelecidos os centros de armazenamento e a base de dados. 1990: Iniciado o Projeto Genoma Arabidopsis. 1989: Primeiro gene mutante marcado com T-DNA clonado. 1988: Primeiro mapa cromossómico RFLP publicado. 1988: Criado o grupo de notícias Electronic Arabidopsis. 1986: Publicadas as primeiras sequências do gene Arabidopsis. 1986: Transformação com Agrobacterium reportada em 1985: Primeiro promovido como modelo para genética molecular. 1984: Tamanho e complexidade do genoma caracterizado. 1983: Publicado o primeiro mapa genético detalhado. 1980: Expansão do interesse no uso da Arabidopsis para estudar a bioquímica, fisiologia e desenvolvimento de plantas. 1976: Segunda Conferência Internacional de Arabidopsis. 1970: Publicado o primeiro grande artigo de revisão. 1965: Primeira Conferência Internacional de Arabidopsis. 1964: Publicado o primeiro boletim informativo Arabidopsis.