Fundada em 31 de março de 1782, a Missão San Buenaventura é a nona na cadeia missionária, a última a ser fundada durante a vida do Padre Serra e uma das seis que ele dedicou pessoalmente. A missão foi construída como parte da seção do Canal Santa Bárbara, que incluía missões em Santa Bárbara e La Purísima, e El Presidio em Santa Bárbara.
Os pais, que já tinham três missões no norte e três no sul da Califórnia, temiam uma revolta indígena na seção intermediária do estado. Eles achavam que uma revolta indígena poderia ser devastadora, por causa do terreno da área. As montanhas da zona do Canal de Santa Bárbara descem graciosamente para o oceano, deixando pouco espaço para a passagem. Os missionários temiam que os índios furiosos pudessem facilmente dividir o estado, limitando os espanhóis à comunicação por mar. A revolta nunca aconteceu, e a Missão San Buenaventura continuou como um grande produtor agrícola.
Os índios da área eram Chumash, que cobriam a área desde Ventura para o norte até San Luis Obispo. Os Chumash eram a mais avançada de todas as tribos da missão. Usando canoas, como esta réplica da canoa da prancha, os Chumash viajavam frequentemente para as Ilhas do Canal de Santa Bárbara, a até 65 milhas do continente. Os Chumash destacaram-se no fabrico de cestos, uma medida frequentemente utilizada pelos espanhóis para julgar a inteligência de uma tribo indiana. Os índios usavam as cestas para cozinhar, prender peixes e transportar água.
Até baixo da direção do Padre Cambon, os nativos construíram um aqueduto de sete milhas que trazia água do Rio Ventura para este edifício de filtragem de água. Foi apropriadamente chamado de el caballo, que significa “cavalo” em espanhol, porque se dizia que o bico se assemelhava a uma cabeça de cavalo. El caballo mais tarde inspirou terror e desprezo quando foi convertido em prisão.
Unique à Missão San Buenaventura são estes sinos de madeira. Foram usados durante a Semana Santa, entre o Domingo de Ramos e a Páscoa, enquanto os sinos de metal eram silenciosos. Embora sejam certamente originais, suas origens são um mistério.
Após uma série de terremotos e uma onda de maré em 1812, a igreja foi belamente restaurada; ela contém um crucifixo de 400 anos das Filipinas. No centro acima do tabernáculo está São Boaventura, patrono da missão. A igreja também destaca um santuário de Nossa Senhora de Guadalupe.