Em Março de 2004, quatro subespécies da raposa da ilha foram classificadas como uma espécie ameaçada de protecção federal: a raposa da ilha de Santa Cruz, a raposa da ilha de Santa Rosa, a raposa da ilha de San Miguel e a raposa da ilha de Santa Catalina. A partir de 2013, a UICN lista toda a espécie como quase ameaçada, uma melhoria em relação ao seu status anterior de “criticamente ameaçada”. Um declínio nas populações de raposa da ilha foi identificado nos anos 90. Na ilha de São Miguel, o declínio começou em 1994, com a população a cair de 450 adultos para 15 em 1999. Na Ilha de Santa Cruz foram descobertos declínios populacionais semelhantes. Na Ilha de Santa Cruz a população diminuiu de 2.000 adultos em 1994 para menos de 135 em 2000, e na Ilha de Santa Rosa, onde as raposas podem ter sido mais de 1.500 em 1994, mas foram reduzidas para 14 animais em 2000. Em 2004, havia 38 raposas da ilha de São Miguel, todas em cativeiro; 46 raposas em cativeiro na ilha de Santa Rosa e sete na natureza (a predação da águia dourada impediu a libertação das raposas em cativeiro na natureza); a ilha de Santa Cruz tinha 25 raposas em cativeiro e uma população selvagem estável de cerca de 100 raposas.
Predação da águia dourada, descoberta quando as raposas foram monitorizadas e monitorizadas por rádio, provou ser a causa das elevadas taxas de mortalidade. A águia dourada foi um visitante incomum nas Ilhas do Canal antes dos anos 90, segundo dados recolhidos pelo Dr. Lyndal Laughrin da Reserva da Ilha Santa Cruz da Universidade da Califórnia, e o primeiro ninho de águia dourada foi registado na Ilha Santa Cruz em 1999. Os biólogos propõem que a águia pode ter sido atraída para as ilhas nos anos 60, após o declínio da águia careca. A águia dourada substituiu a águia calva e começou a alimentar-se de porcos selvagens após a devastação da população local de águias calvas devido à exposição ao DDT nos anos 50 – a águia calva teria dissuadido a águia dourada de se fixar nas ilhas enquanto subsistia nos peixes.
Os porcos selvagens em Santa Rosa foram exterminados pelo Serviço de Parque Nacional no início dos anos 90, que removeu uma das fontes de alimento da águia dourada. A águia dourada começou então a predar a população da raposa da ilha. Os porcos selvagens da Ilha Santa Cruz e os veados e alces da Ilha Santa Rosa foram introduzidos quase 70 anos antes do declínio da raposa da ilha, portanto, a águia dourada muito provavelmente não procurou estes animais como presas alternativas. Isto ocorreu muito provavelmente como resultado de um processo conhecido como competição aparente: neste processo, um predador, como a águia dourada, alimenta-se de pelo menos duas presas, por exemplo, a raposa e os porcos selvagens da ilha. Uma presa está adaptada à alta pressão de predação e suporta a população de predadores (isto é, porcos), enquanto a outra presa (isto é, a raposa da ilha) está mal adaptada à predação e declina como consequência da pressão de predação. Também foi proposto que a remoção completa das águias douradas pode ser a única ação que poderia salvar três subespécies da raposa da ilha da extinção. Contudo, os porcos da ilha de Santa Cruz foram mortos pela Nature Conservancy com a ideia de que atraíram as águias para as raposas.
Doenças induzidas ou parasitas podem devastar as populações de raposas da ilha. Como a raposa da ilha está isolada, não tem imunidade a parasitas e doenças trazidas do continente e são especialmente vulneráveis àqueles que o cão doméstico pode carregar. Um surto de doença canina em 1998 matou aproximadamente 90% das raposas da ilha de Santa Catalina, reduzindo a população de 1.300 para 103 em 2000. Foi iniciado um programa de vacinação para proteger as raposas da ilha de Catalina contra a enfermidade canina. Após vários anos de cuidadoso aprisionamento das raposas e vacinação contra a enfermidade e Raiva, sua população chegou a 1.717 em 2015, superando a população pré-doença de cerca de 1.300 pessoas. Os cientistas acreditam que o vírus da distemper foi introduzido por um cão de estimação ou um guaxinim do continente que pegou uma carona em um barco ou barcaça. Para eliminar o risco de doença, animais de estimação não são permitidos no Parque Nacional das Ilhas do Canal.
Diminuição do fornecimento de alimentos e degradação geral do habitat devido à introdução de espécies de mamíferos, incluindo gatos selvagens, porcos, ovelhas, cabras e bisontes americanos, tendo o último sido introduzido na Ilha Catalina nos anos 20 por uma equipe de filmagem de Hollywood filmando um ocidental, também teve um efeito negativo sobre as populações de raposas.
As raposas ameaçam uma população da ilha San Clemente, gravemente ameaçada de extinção, com um picanço na ilha San Clemente. A população de raposas da ilha tem sido negativamente afectada pela armadilhagem e remoção ou eutanásia das raposas pela Marinha dos Estados Unidos. Desde 2000, a Marinha tem utilizado diferentes estratégias de gestão: armadilhagem e detenção de raposas durante a época de reprodução do shrike, a instalação de um sistema de vedação eléctrica em torno dos habitats do shrike e o uso de sistemas de coleiras de choque. Com a recuperação gradual da população de shrike na ilha de San Clemente, a Marinha já não controla as raposas.
As populações de raposas das ilhas Santa Cruz, San Miguel e Santa Rosa recuperaram drasticamente das baixas em 2000 de 70 para as raposas de Santa Cruz e 15 cada uma nas ilhas de San Miguel e Santa Rosa. A Catalina Island Conservancy gere um programa de criação em cativeiro na ilha da Catalina. Em 14 de setembro de 2012, o US Fish and Wildlife Service lançou um plano de recuperação para a raposa da ilha de San Miguel, raposa da ilha de Santa Rosa, raposa da ilha de Santa Cruz e a raposa da ilha de Santa Catalina. Em 2012, o Conservatório da Ilha Catalina determinou que existiam 1.500 raposas da ilha de Santa Catalina e que a população estava estável. A partir de 2015, existiam 520 raposas nativas em San Miguel e 874 em Santa Rosa, segundo o grupo Amigos da Raposa da Ilha. O número de raposas na Ilha de Santa Cruz tinha aumentado para 1.750. O US Fish and Wildlife Service recomendou a retirada das raposas das ilhas Santa Cruz, São Miguel e Santa Rosa, num grande sucesso da lei das espécies ameaçadas de extinção. No entanto, eles estão recomendando que a ilha Santa Catalina seja reclassificada de ameaçada para ameaçada, por causa da ameaça de doenças nesta ilha muito visitada.
Duas outras subespécies em San Nicolas e San Clemente não estão ameaçadas. Havia 263 raposas em San Nicolas e 1.230 em San Clemente.
Porque as Ilhas do Canal são quase inteiramente detidas e controladas ou pela Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy, ou pelo governo federal, a raposa tem a oportunidade de receber a protecção de que necessita, incluindo a supervisão constante por funcionários interessados, sem a ameaça permanente de invasão humana no seu habitat.
A raposa não persistiu na Ilha Anacapa porque não tem fonte confiável de água doce; a Ilha Santa Bárbara é muito pequena para suportar as necessidades alimentares de uma população viável de raposas.
Rene Vellanoweth, um arqueólogo, acredita que a depressão consanguínea pode ser gerenciada misturando as diferentes populações de subespécies de raposas da ilha como os povos indígenas fizeram, movendo-as de ilha em ilha, criando uma maior diversidade genética e ajudando-as na recuperação.