Após graduar-se na Southwest Texas State University em San Marcos, Texas, Boothe juntou-se à companhia de repertório do Festival Oregon Shakespeare, com papéis em Henrique IV, Parte 2 (retratando Henrique IV da Inglaterra), Troilus e Cressida, e outros. A sua estreia em Nova Iorque foi na produção do Lincoln Center de Richard III, em 1974. Cinco anos depois, sua estréia no teatro da Broadway veio em um papel estrelado na peça de um ato Lone Star, escrita por James McLure.
Boothe veio à atenção nacional pela primeira vez em 1980, interpretando Jim Jones no filme da CBS-TV Guyana Tragedy: The Story of Jim Jones. O retrato de Boothe do líder do culto louco foi aclamado pela crítica. Na história de Time sobre a produção, Boothe foi elogiado: “Há uma performance extraordinária. Um jovem actor chamado Powers Boothe capta todo o carisma e maldade do ‘Pai’, Jim Jones”. Boothe ganhou o prêmio Emmy por seu papel, batendo os veteranos Henry Fonda e Jason Robards. Como o Screen Actors Guild estava em greve no outono de 1980, ele foi o único ator a cruzar as linhas de piquete para assistir às cerimônias, dizendo na época: “Este pode ser o momento mais corajoso da minha carreira ou o mais burro”
Boothe retratou Philip Marlowe em uma série de TV baseada nos contos de Raymond Chandler para a HBO nos anos 80. Ele apareceu em filmes como Southern Comfort, A Breed Apart, Red Dawn, The Emerald Forest, Rapid Fire e Extreme Prejudice, assim como nos filmes Into the Homeland e By Dawn’s Early Light da HBO. Além disso, ele apareceu no filme Família de Espiões da CBS-TV de 1990, no qual interpretou o traidor John Walker, oficial da Marinha. Boothe retratou Curly Bill Brocius no sucesso de 1993 em Western Tombstone, o desleal oficial sênior do Exército em Blue Sky (em frente à performance vencedora do Oscar de Jessica Lange), e o sinistro líder terrorista em Sudden Death. Ele também fez parte do grande elenco do Nixon de Oliver Stone (como Chefe do Estado-Maior Alexander Haig) e U Turn (como xerife da cidade).
Em 2001, ele estrelou como Flavius Aëtius, o general romano encarregado de deter a invasão dos Hunos na minissérie Attila, feita para a TV. Boothe desempenhou um papel destacado como o proprietário do bordel Cy Tolliver na série Deadwood da HBO, e o senador Roark no filme Sin City (2005), bem como a sua sequela, Sin City: A Dame to Kill For (2014). Ele é a voz de um dos personagens do vídeo game Area 51 de 2005 e de Gorilla Grodd, o hiper-inteligente supervilão telepático da Liga da Justiça e da Liga da Justiça Ilimitada. Ele deu voz ao vilão, Kane, no videogame Turok.
Ele foi uma estrela convidada especial no 24, onde ele jogou com o Vice Presidente Noah Daniels. Ele voltou na prequela para a sétima temporada, 24: Redenção. Logo após assumir o cargo de presidente interino, Boothe é visto saindo do Air Force Two com F-15s ao fundo. Boothe fez o papel de piloto de F-15 em Red Dawn. Em março de 2008, ele narrou um anúncio de campanha na televisão para a campanha presidencial do senador John McCain.
Em 2012, Boothe apareceu em Joss Whedon’s The Avengers em um papel secreto como um superior governamental sombrio para S.H.I.E.L.D. Em 2015-16, ele repreendeu o papel, agora chamado Gideon Malick, nos Agentes da ABC da S.H.I.E.L.D.
Boothe apareceu na minissérie Hatfields de 2012 & McCoys como Juiz Valentine “Wall” Hatfield. Boothe também foi elenco de Lamar Wyatt na série de drama musical ABC Nashville. Boothe também emprestou sua voz para Hitman: Absolution, um videogame de 2012 desenvolvido pela IO Interactive, dando voz ao personagem de Benjamin Travis.