Embora a imprensa egípcia fosse mais livre do que sob Nasser ou Sadat, Mubarak introduziu em 1995 uma lei que prenderia jornalistas ou líderes partidários que publicassem notícias injuriosas para um funcionário do governo. A pressão popular fez com que a Assembléia reduzisse a lei, que acabou sendo anulada pelo Tribunal Constitucional do Egito. No entanto, a crescente censura dos tribunais islâmicos e do reitor da Universidade al-Azhar temperou a liberdade de expressão e de imprensa no final do século 20 e início do século 21.
Na sua luta contra o terrorismo islâmico, o regime de Mubarak recorreu à detenção preventiva e, alegadamente, à tortura. Os terroristas egípcios, por sua vez, assassinaram vários ministros do governo, quase mataram o próprio Mubarak em Adis Abeba, Etiópia, em 1995, e mataram a tiro turistas perto dos monumentos mais famosos do Egipto – incluindo um ataque especialmente violento em Luxor, em 1997. Um importante islamista, Xeque ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, escapou para os Estados Unidos, onde participou de um ataque a caminhão-bomba em 1993 contra o World Trade Center de Nova York e foi mais tarde condenado a prisão perpétua por esse crime e por conspiração para cometer mais ataques. Outro líder islâmico, um pediatra caireno chamado Ayman al-Zawahiri, fugiu para o Afeganistão, onde liderou membros do EIJ ao juntar-se à organização terrorista transnacional Al-Qaeda. Apesar das iniciativas do governo para controlar o problema, o terrorismo interno continua sendo uma ameaça à estabilidade do Egito.
Alguns problemas sociais e econômicos ou surgiram ou foram exacerbados pelo envolvimento do Egito na Guerra do Golfo Pérsico (1990-91) do lado da coalizão liderada pelos EUA. As tropas egípcias participaram do conflito, assim como soldados de muitos países árabes. Embora o Egipto tenha sido recompensado pela sua participação através do perdão de biliões de dólares que devia pela compra de armas ao Ocidente, muitos trabalhadores expatriados egípcios perderam os seus empregos no Iraque devido à invasão do Kuwait por esse país. Do mesmo modo, as esperanças do Egipto de que os seus empreiteiros ganhassem ofertas para ajudar a reconstruir o Kuwait após a guerra foram desapontadas, e um plano para estacionar tropas egípcias e sírias como forças de manutenção da paz na região foi rejeitado pelos Estados do Golfo Pérsico. Talvez compreensivelmente, os egípcios financeiramente amarrados começaram a ressentir-se dos sauditas ricos, dos kuwaitianos e de outros árabes do Golfo, que passaram muitas vezes as suas férias a jogar nos hotéis de luxo do Cairo.
O público egípcio também se tornou céptico em relação aos esforços contínuos dos sucessivos presidentes dos EUA e do seu próprio presidente para promover a paz entre Israel e outros países árabes e, em particular, os palestinianos. Numa economia global em mudança, havia uma suspeita popular de que tais tentativas de promover melhores relações poderiam ter algum motivo ulterior. Em particular, muitos egípcios temiam uma possível tentativa dos EUA e de Israel de manipular as indústrias egípcias, especialmente porque a informática e a tecnologia da informação – ambas das quais o Egito dependia muito do Ocidente para obter e usar – eram mais vitais para o crescimento econômico. Desde 2004, no entanto, a expansão da conectividade à internet do país tem ocupado um lugar de destaque na agenda econômica do primeiro-ministro egípcio, Ahmad Nazif, ele próprio engenheiro de computação.
Na verdade, o compromisso de Mubarak com o desenvolvimento interno ficou evidente na escolha de três planejadores econômicos sucessivos para servir como primeiro-ministro durante a década de 1990. E embora o Egito estivesse se tornando cada vez mais sofisticado economicamente, ele estava fazendo isso a um preço alto. Sua independência estava sendo cerceada pela interferência de financiadores internacionais como o FMI, e uma disparidade crescente na renda e no acesso a recursos estava pressionando as relações entre seus cidadãos ricos e pobres, além de contribuir para a erosão da unidade entre seus muçulmanos e coptas. Enquanto alguns muçulmanos acusavam os coptas de servirem como agentes de potências estrangeiras e de controlarem a economia do Egito, alguns coptas acusavam os muçulmanos de destruírem igrejas e de obrigarem os cristãos egípcios a converterem-se ao islamismo. Embora tanto muçulmanos quanto cristãos egípcios tenham, em sua maioria, feito um esforço para minimizar suas diferenças publicamente a fim de manter a unidade nacional, o desenvolvimento rápido e desigual acabou representando uma ameaça à liderança política e cultural do Egito no mundo árabe.
Arthur Eduard Goldschmidt
As tensões internas cresceram à medida que o regime de Mubarak continuou a reprimir a oposição, prendendo líderes dissidentes e restringindo a expressão política. Foram observadas irregularidades generalizadas nas eleições legislativas de Novembro de 2010, que o PDN venceu esmagadoramente, eliminando efectivamente os partidos da oposição da Assembleia do Povo.