Bispo auxiliar de DenverEdit
Em 23 de janeiro de 2001, o Papa João Paulo II nomeou Gómez bispo auxiliar da Arquidiocese de Denver e bispo titular de Belali. Recebeu sua consagração episcopal no dia 26 de março do Arcebispo Charles J. Chaput, O.F.M. Cap., com os Bispos Joseph Fiorenza e Javier Echevarría Rodríguez como co-consecradores. Ele escolheu como lema episcopal “Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae”, que significa “Aproximemo-nos com confiança do trono da graça” (Hebreus 4,16). Foi o primeiro membro numerário do Opus Dei a ser consagrado bispo nos Estados Unidos. Como bispo, já não é membro dessa organização, já que se reporta ao Papa e, portanto, não responde ao prelado encarregado do Opus Dei. Gómez disse que não é “membro” do Opus Dei, mas que foi ordenado sacerdote no Opus Dei e que a sua espiritualidade reflecte esse passado.
Gómez foi reitor da Catedral da Imaculada Conceição em Denver de 2001 a 2003. Em seguida serviu como moderador da Cúria e pároco da Igreja Mãe de Deus.
Arcebispo de San AntonioEdit
Gómez foi nomeado Arcebispo de San Antonio em 29 de dezembro de 2004. Em 2005 ele foi nomeado um dos 25 hispânicos mais influentes do tempo nos Estados Unidos, e em 2007 ele estava na lista de “Notáveis Hispânicos” da CNN, em uma web especial celebrando o Mês da Herança Hispânica. Em 2006, o Arcebispo Gomez apresentou oficialmente a Fundação da Comunidade Católica para a Igreja Católica Romana da Arquidiocese de San Antonio. Em 2007, ele foi fundamental ao reunir líderes hispânicos e bispos católicos para a criação da Associação Católica de Líderes Latinos (CALL).
Durante seu mandato em San Antonio, Gómez ganhou reputação como líder ortodoxo que reverteu algumas das iniciativas mais liberais de limpeza da diocese. Ele dissolveu a Comissão de Justiça e Paz da chancelaria depois que seus membros expressaram sua oposição ao seu apoio a uma emenda constitucional estadual que proibia o casamento entre pessoas do mesmo sexo. Durante as eleições presidenciais de 2008, ele expressou publicamente sua preocupação quando a Universidade St. Mary’s, a universidade católica mais antiga do Texas, permitiu que a candidata pró-aborto Hillary Clinton realizasse um evento de campanha no campus. Ele também expressou preocupação quando outra universidade católica, Our Lady of the Lake University, permitiu que uma freira de alto nível, que alguns afirmam apoiar a ordenação feminina, fosse uma oradora principal em um evento. Ele acolheu o Summorum Pontificum, que concedeu maior liberdade à Missa Tridentina, dizendo que preservaria “a rica herança e legado da Igreja”.
Ele é membro da Comissão Pontifícia para a América Latina na Cúria Romana e do Conselho de Curadores da Universidade Católica da América. Como membro da Conferência dos Bispos Católicos dos Estados Unidos, é presidente da Subcomissão para a Igreja na América Latina; nesta última qualidade, liderou uma delegação de três bispos no Haiti para avaliar a situação no país após o terremoto de 2010. É também presidente eleito do Comitê sobre Migrações, presidente do Grupo de Trabalho sobre a Bíblia em língua espanhola e membro do Comitê sobre Doutrina.
Arcebispo de Los AngelesEdit
Em 6 de abril de 2010, Gómez foi nomeado Arcebispo Coadjutor da Arquidiocese de Los Angeles pelo Papa Bento XVI. A Arquidiocese de Los Angeles é a maior diocese católica do país, com mais de dois terços dos cinco milhões de católicos hispânicos da arquidiocese. Gómez sucedeu ao Cardeal Mahony em 1º de março de 2011, com uma cerimônia de transição realizada em 27 de fevereiro de 2011. Ele é o primeiro hispânico a servir como arcebispo de Los Angeles, assim como o bispo hispânico de mais alto nível nos Estados Unidos. Ele disse: “Estou muito grato ao Santo Padre por me dar esta oportunidade de servir a Igreja com um mentor e líder como o Cardeal Roger Mahony. Estou muito grato ao Núncio Apostólico, Arcebispo Pietro Sambi, por apoiar a confiança do Santo Padre em mim. Tentarei com todas as minhas forças ganhar essa confiança”
Considerado teologicamente conservador, Gómez também é visto como “um conciliador natural admirado por unir ricos e pobres e católicos anglo-saxões e hispânicos”. Ele é considerado mais conservador do que seu predecessor, o Cardeal Mahony. No entanto, dirigindo-se a esta crença, Mahony disse que “estes rótulos de ‘conservador’ e ‘liberal’ são realmente inúteis na vida da Igreja” e “posso atestar que ambos partilhamos um compromisso comum com Cristo e com a Igreja, e que ambos estamos interessados em promover plenamente os ensinamentos da Igreja, assim como em levar as palavras e o exemplo de Cristo à sociedade e ao mundo de hoje”. Gomez também disse que seria errado para os observadores concluir que era um conservador porque era sacerdote do Opus Dei.
No dia 18 de setembro de 2012, o Papa Bento XVI nomeou Dom Gómez um dos Padres sinodais para a XIII Assembléia Geral Ordinária do Sínodo dos Bispos sobre a Nova Evangelização, em outubro de 2012.
Em 24 de novembro de 2012 foi nomeado membro do Pontifício Conselho para as Comunicações Sociais.
Em 31 de janeiro de 2013, Gómez declarou que o Cardeal Roger Mahony, Arcebispo Emérito, “não teria mais deveres administrativos ou públicos” para a Arquidiocese de Los Angeles. O anúncio veio quando Gomez revelou os seus arquivos relacionados com o abuso sexual do clero. Ele disse: “Considero estes ficheiros uma leitura brutal e dolorosa. O comportamento descrito nestes arquivos é terrivelmente triste e maligno”. Não há desculpa, não há explicação para o que aconteceu com estas crianças. Os sacerdotes envolvidos tinham o dever de ser seus pais espirituais e falharam. Precisamos reconhecer esse terrível fracasso hoje em dia”
Abaixo da mordomia de Gómez e com sua bênção, a Fundação Rainha dos Anjos, uma associação pública de fiéis sob o direito canônico fundada por Mark Anchor Albert, reavivou, desde 2011, o costume caducado de patrocinar uma procissão mariana e uma Missa Votiva em comemoração à fundação da Cidade de Los Angeles, em 4 de setembro de 1781. Desde 2012 Gómez é o principal celebrante desta Missa anual em honra de Nossa Senhora dos Anjos, padroeira e homenageada da cidade e do condado de Los Angeles.
Na sexta-feira, 14 de novembro de 2014, durante a reunião de outono da Conferência dos Bispos Católicos dos Estados Unidos, Dom Gomez foi eleito para servir como um dos delegados ao Sínodo Mundial dos Bispos sobre a Família de 2015, até a aprovação do Vaticano.
Em 15 de novembro de 2016, foi eleito vice-presidente da USCCB, e em 12 de novembro de 2019, foi eleito presidente da USCCB. Ele é o primeiro bispo latino a ocupar o cargo.