セントジョンズは、1887年にカンザス州のビショップ、エリシャ・トマスによって、8歳から18歳の少年たちのためのエピスコパル寄宿学校として設立された。その前には、サリーナの創設者ウィリアム・フィリップス大佐が始めたフィリップス軍事学校（Phillips Military School）がある。 サリナ第1団は、アメリカで最も古いボーイスカウト団の一つで、1910年1月21日、セントジョンズの教官で、イギリスのスカウト創設者であるバーデン＝パウエル卿と知り合い、コロラド州コロラドスプリングスでスカウトを創設したとされるF・ジョン・ロマンズによって組織されました。 校舎は1888年に完成し、1904年に増築されたベール・ホールで、1978年11月に火災で焼失した。 1979年以来、毎年行われる卒業式では、残骸から回収された建物の正面玄関の取っ手を回すという伝統があります。
この学校は、軍の寄宿学校についてのマッド誌のスピンオフ、Up the Academyの撮影に使われました。 1980年の映画は、サリナですべて撮影され、そのほとんどが学校のキャンパスで行われました。
2012年3月の連邦訴訟では、セントジョンズに対してさまざまな虐待の申し立てがなされました。 修正された訴状は、カリフォルニア、フロリダ、テネシー、コロラド、テキサス、イリノイの士官候補生に代わって、6組の親たちによって提出されました。 この訴訟は、裁判が始まる直前の2014年3月に、非公開の条件で和解した。 裁判所の記録によると、2012年6月の時点で、セントジョンズは2006年以降に起こされた14件の虐待関連の訴訟を解決している。2013年3月の報告書によると、5年間で339件の殴打、ハラスメント、虐待の訴えがあり、その中には生徒が烙印を押されたというものもあった。 2018年12月、セントジョンズは仲裁者によって、2014年に11歳だった生徒が他の生徒からいじめられ、ソドムされたときの家族に369,175ドルを支払うよう命じられた。仲裁者は、生徒の不適切かつ不適切な管理に加えて、学校が入学者数の減少に対応して入学基準を緩めていたことを明らかにした
。