ApE は配列の保存に修正 GenBank 形式を用いた独自の配列エディターです。 シーケンストレースのアセンブリー、バーチャルダイジェスト、シーケンスアノテーション、スキーマティックシーケンス表示などに使用できます。 ユタ大学のWayne Davisによって作成され、維持されている。 2010年6月現在の安定バージョンは1.17で、Windows、Mac、Unixで動作する。 このソフトウェアは無料ですが、寄付が奨励されています。
特徴
OS、データフォーマット
- Windows、OS X、Linux/Unixで動作
- DNAストライダー、ファスタ、ジェンバンクをインポート。 EMBL および ABI の配列トレース
- 修正 Genbank ファイル形式でデータを保存（DNA Strider 互換）
- NCBI GenBank への配列提出用に BankIt 機能テーブルをエクスポート
- 配列図のグラフィックファイルをエクスポート
配列マークアップとツール
- pre->
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- シーケンス検索に使用できる、既存の拡張可能なフィーチャーテーブル。 e.プライマー、プローブ、制限部位など
- 制限部位と領域のマークアップを配列と簡単な漫画で表示
- 翻訳、Tm、%GC、選択した DNA の ORF を表示
- NCBI または wormbase で選択した配列を BLAST
- ゲル図を含む仮想消化
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著者は非常に反応がよく、数日のうちに私の提案で BankIt エクスポート オプションを統合してくれました。 –JS 05:50, 30 June 2010 (EDT)
ApE の最近のバージョン (少なくとも 2.0.39 – 2.0.45) には、現在のリリース (2.0.45) を含め、アラインメント機能に影響を与える深刻なバグがあります。 配列が1塩基対のインデルで異なる場合、ApEによるアラインメント出力が正しくなく、不一致の残基が期待通りに赤でハイライトされないことがあります。 このため、シークエンスデータを期待される配列と照合する際に、小さな欠失を非常に見過ごしやすくなります。 この問題は、まだリリースされていないバージョン2.0.46で修正されるはずです。 バグレポートはこちら（「インデルを含む配列のミスアライメント（時々）」）をご覧ください。 注意して使用してください。 –Damian Ekiert 12:19, 22 February 2013 (EST)。 現在のバージョン、v2.0.46ではこの問題はありません、とバグレポートは言っています — JM 9/2013
Links to the ApE homepage
- ApE plasmid editor homepage & downloads
- ApE wiki for questions, answers, feature requests, bug report, etc….
- download the latest preview versions (alphas)
See also
- ApE review at softpedia
- An OW tutorial using ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware for Mac
- Sequence analysis