Thomas Jeffersonは1760年3月25日、16歳でウィリアム&メアリー校に入学する。 彼は、家庭教師から、また、後に英国国教会の聖職者が教える学校の寄宿生として、幼少期の教育を受けていた。 ウィリアムズバーグに来るまでに、この若い学者は古典に精通し、ギリシャ語やラテン語の著書を原文で読むことができるようになっており、この習慣は生涯にわたって続けられた。
ジェファーソンが入学した哲学学校のほか、ウィリアム&メアリーには、12～15歳の少年を対象とした文法学校、哲学学校を修了した青年が英国教会の聖職に就くための準備を行う神学校、インド人の少年を教育しキリスト教化するために設立されたインド学校もあった。
ジェファーソンは、今日サー・クリストファー・レン・ビルディングとして知られる建物のウィリアム & メアリーに下宿し、大広間での共同食事、チャペルでの朝夕の礼拝に参加した。 彼は、自然哲学（物理学、形而上学、数学）と道徳哲学（修辞学、論理学、倫理学）の指導を受けた。 熱心で勤勉な彼は、あらゆる分野に旺盛な好奇心を示し、家族の言い伝えによれば、1日に15時間勉強することもあったという。 彼の最も親しい大学時代の友人であるローズウェルのジョン・ペイジは、ジェファーソンが「親しい友人たちから自分を引き離して、勉強のために飛んでいくことができた」と報告している
ウィリアム & メアリーで、ジェファーソンはウィリアム・スモールに教えられた。 アバディーンのマリシャル・カレッジで教育を受けたスコットランド人のスモールは、1758年に自然哲学の教授に任命された。 スモールは、ジェファーソンの到着後まもなく、ジェイコブ・ロウの退任により空席となっていた道徳哲学の教授も引き受けた。 スモールはジェファーソンにロック、ベーコン、ニュートンの著作を紹介し、熱心な若い学生に科学への興味を起こさせた。
W&M の歴史において激動の時代であり、政治的混乱、規律の低下、教員とビジター委員会の間の緊張などを特徴とする時期であった。 しかし、ジェファーソンはスモールの指導のもとで成功を収めた。 スコットランドのウィリアム・スモール博士が当時数学の教授であったことは、私にとって大きな幸運であり、おそらく私の人生の運命を決定づけたと思う。「
ジェファーソンはW&Mで2年間学び、その後5年間、1779年にW&Maryの最初の法学部教授となった著名な法律家、ジョージ・ワイスの下で法学を学んだ。 ジェファーソンはワイスを「私の最初で最高の友人」と呼び、「私の人生に最も有益な影響を与えた第一印象は彼のおかげである」と述べている。 ワイスとスモールを介してフランシス・フォーキア総督と知り合ったジェファーソンは、総督官邸で3人の年配者とともに食事をすることが多くなった。 ジェファーソンは「音楽は私の魂の最も好きな情熱だ」と語り、宮殿の音楽会に招かれ、バイオリンやチェロを演奏した
ジェファーソンの20世紀の伝記作家デュマス・マローンは、ウィリアムズバーグでの学生時代の話は、「並外れた精神の最初の開花の物語である」と書いている。 ウィリアム&メアリー校の学生として、若きジェファーソンは、植民地の指導者たちを観察し、指導者たちの間で自分の立場を確立する準備をするために、理想的な立場の人間から教えを受けることができたのである
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