陰イオン交換クロマトグラフィーでは、固定床はイオン的にプラス（＋）に帯電し、試料イオンはマイナス（-）に帯電している。 この技術は、イオン性またはイオン化可能な試料にほぼ限定して使用されます。 試料の負電荷が強いほど、固定相の正電荷に引き寄せられるので、溶出時間が長くなります。 イオンクロマトグラフの溶出は、移動相のpHとイオン強度、および操作温度に影響されます。
アニオン交換容量
アニオン交換容量は、交換樹脂が結合できる負電荷（アニオン）の数の測定値で、樹脂1gあたりの単価イオン当量で報告されます。 交換容量は移動相のpHに依存し、陰イオン交換クロマトグラフィーでは、移動相の酸性度が低下（pHが上昇）すると交換容量は低下します。
Hamilton は陰イオン交換分離のために6種類のポリマー充填材を提供しています。