灌漑が行われていない地域では、植物生活の異なるゾーンは、降雨量に応じて大別することができる。
熱帯雨林はナイルとコンゴの分水嶺に沿って、湖水台地の一部とエチオピア南西部で見られる。 暑さと多量の降雨により、黒檀、バナナ、ゴム、竹、コーヒー潅木など、多種多様な熱帯樹木や植物が生い茂る森となる。 エチオピア高原の一部、青ナイル川沿いのアル・ル・アイリ付近、アル・ガザール川南部には、中背の葉の薄い木がまばらに生え、草や多年草で覆われた森林と草原の混合地帯（サバナ）が広がっている。 この地域は雨季には湿地帯となり、特に南スーダン中央部のアルスッド地域は10万平方マイル近い面積がある。 北緯10度以北は棘のあるサバンナや果樹園の潅木地帯となっており、点在する小さな樹木、棘のある潅木、雨後の草やハーブが特徴的である。 しかし、その北側では降雨量が減少し、植生は薄くなり、アカシアを中心とした小さな棘のある低木が点在するようになる。 ハルツームから北は砂漠となり、降雨量は少なく不規則で、発育不良の低木を除き、常緑の植物は全くない。 降雨後、排水路に草や小さな草本が散在することがあるが、これらは数週間で枯れてしまう。 エジプトではナイル川付近の植生はほとんど灌漑と耕作の結果である。
ナイル川水系には多くの種類の魚が生息している。 ナイル川下流域では、ナイルパーチ（体重175ポンド以上になることもある）、ボルティ（ティラピアの一種）、バーベル、数種のナマズ、エレファント・スノウトフィッシュ、タイガーフィッシュ（水ヒョウ）が有名である。 これらの魚種とイワシ科のハプロクロミス、肺魚、マッドフィッシュのほとんどは、ビクトリア湖の上流に生息している。 1186>
Painted specially for Encyclopædia Britannica by Tom Dolan, under the supervision of Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
ナイルワニは川のほとんどの場所で見られるが、ナイル川上流の湖にはまだ入り込んでいない。 ナイル流域に生息する爬虫類としては、他にスッポン、オオトカゲ3種、ヘビ30種ほどが生息し、そのうち半数以上が毒を持つ。 1186>
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エジプトのナイル川で洪水期に餌となっていた魚の群れは、アスワンハイダムの建設以降、減少または消滅したものが多くなっています。 ナイル魚の種のほとんどは回遊魚であり、ダムによってナセル湖への回遊が妨げられたものが多い。 また、地中海東部のカタクチイワシが減少したのも、ダムによる水中栄養塩の流出が著しく減少したことが原因であるとされている。 しかし、ナセル湖は商業漁場として開発され、ナイルパーチなどが繁栄している
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