モールエリアから見たメインスタンド北側下段
このサーキットは、その後、上海、サヒール、イスタンブール、マリーナベイ、ヤスマリンなどのサーキットもデザインしたドイツのデザイナー、ヘルマン・ティルケによって設計されています。 マハティール・モハマド政権下の1990年代、一連の大規模なインフラプロジェクトの一環として、1997年から1999年にかけて、マレーシアGPの開催を目的に、当時新設されたばかりの行政首都プトラジャヤの近くにセパン・インターナショナル・サーキットが建設された。 マレーシアの他のサーキットと同様、このサーキットも予測不可能な湿度の高い熱帯気候で知られており、晴れた炉辺の暑い日から熱帯雨林の嵐までさまざまである。
サーキットは、マレーシアの第4代首相マハティール・モハマッドによって1999年3月7日の20時30分に正式に開幕した（UTC+08時00分）。 その後、1999年4月20日に第1回Moto GPマレーシアGP（1999年マレーシア・モーターサイクル・グランプリ参照）、1999年10月17日に第1回F1ペトロナス・マレーシアGP（1999年マレーシアGP参照）の開幕式が行われた。
2011年10月23日、MotoGPシェルアドバンス・マレーシア・グランプリの2周目のターン11でイタリアのバイクレーサー、マルコ・シモンチェリがクラッシュして死亡、レースは放棄された。
2016年にコースは完全に再舗装され、いくつかのコーナーが空力グリップではなく機械的グリップを重視した形に改修された。
2016年10月には、チケット販売の減少によりセパンサーキットがF1カレンダーから削除されるかもしれないと噂され、2017年に19回目にして最後の世界選手権グランプリが開催された。 同レースの契約は2018年に切れる予定だったが、開催料の高騰やチケットの売り上げ減少により、その将来が脅かされていた
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