1782年3月31日に設立され、伝道所チェーンの9番目で、セラ神父の生存中に最後に設立され、彼が個人的に捧げた6つのうちの1つである。
すでにカリフォルニアの北部と南部に3つのミッションを持っていた神父たちは、州の中央部でインディアンが反乱を起こすのを恐れた。 彼らは、この地域の地形から、インディアンの反乱は壊滅的な打撃を与えると考えた。 サンタバーバラ海峡の山々は、海に向かって優雅に傾斜しており、航路の余地はほとんどない。 宣教師たちは、怒ったインディアンが簡単に州を分割し、スペイン人が海路で連絡を取るのを制限することを恐れた。 反乱は起こらず、ミッション・サン・ブエナベンチュラは大規模な農業生産地として存続した。
この地域のインディアンはチュマシュ族で、ベンチュラから北へサンルイスオビスポまでの地域を覆っていた。 チュマシュ族は、ミッションの部族の中で最も先進的な部族であった。 この板カヌーのレプリカのようなカヌーを使って、チュマシュ族は本土から65マイルも離れたサンタバーバラ・チャンネル諸島までよく旅をしていた。 チュマシュ族はバスケット作りに長けており、スペイン人がインディアン部族の知性を判断するのに頻繁に使用した尺度でした。
Padre Cambonの指示で、原住民は7マイルの水道橋を建設し、ベンチュラ川からこの浄水棟まで水を運びました。 注ぎ口が馬の頭に似ていると言われたことから、スペイン語で「馬」を意味するel caballoと名付けられました。
サン・ブエナヴェントゥーラ伝道所独特のものとして、この木製の鐘があります。 棕櫚の日曜日と復活祭の間の聖週間に、金属製の鐘が沈黙している間に使用されました。
1812年に起きた地震とそれに伴う高波の後、教会は美しく修復され、フィリピンから来た400年前の十字架が飾られています。 中央の幕板の上には、ミッションの守護神である聖ボナヴェンチュールが描かれています。 また、教会にはNuestra Señora de Guadalupeの祠があります
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