virusという言葉は1599年に現れ、もともとは「毒」を意味しました。 これは天然痘患者から採取した材料を塗布し、他の人に免疫を与えるものであった。 1717年、Lady Mary Wortley Montaguはイスタンブールでこの方法を観察し、英国で普及させようとしたが、大きな抵抗があった。 1796年、エドワード・ジェンナーが牛痘を用いたより安全な方法を開発し、少年に天然痘の免疫をつけることに成功し、この方法は広く採用されるようになった。 その後、1886年にルイ・パスツールが狂犬病の予防接種に成功するなど、他のウイルス性疾患に対するワクチン接種も行われた。 1892年、ロシアの生物学者ドミトリー・イワノフスキーは、チャンバーランドフィルターを用いてタバコモザイク病の原因菌の分離を試みた。 彼の実験によると、感染したタバコの葉を粉砕した抽出液は、ろ過後も感染力を保っていた。 7902>
1898年、マルティヌス・バイエリンクはイワノフスキーの研究を繰り返したが、さらに踏み込んで「ろ過できる菌」を植物から植物に移し、その作用が衰えていないことを確認し、感染性（宿主内で複製）であり、単なる毒素ではないと結論づけた。 彼はこれを「contagium vivum fluidum」と呼んだ。 しかし、この病原体が「生きた液体」なのか「粒子」なのかという疑問はまだ残っていた。
1903年に、ウイルスによる伝達が癌を引き起こす可能性が初めて示唆された。 1908年、BangとEllermanは、ろ過可能なウイルスが鶏の白血病を媒介することを示したが、このデータは、白血病が癌とみなされるようになった1930年代までほとんど無視されていた。 1911年、ペイトン・ルースは、固形腫瘍であるニワトリ肉腫をウイルスで感染させることを報告し、ルースは「腫瘍ウイルス学の父」と呼ばれるようになった。 このウイルスは、後にRous肉腫ウイルス1と呼ばれ、レトロウイルスであることが理解された。
細菌に感染するウイルス（バクテリオファージ）の存在は、1911年にFrederick Twortによって、また1917年にFélix d’Herelleによって初めて認識されました。
1918年のスペイン風邪の大流行の原因は、当初は不明であった。 1918年末、フランスの科学者が「フィルター通過性ウイルス」がこの病気を人や動物に感染させることを示し、コッホの仮定を満たした。
1926年には、猩紅熱があるバクテリオファージに感染した細菌によって起こることが明らかになった。 1931年、インフルエンザウイルスがニワトリの受精卵の中で増殖することが明らかになったが、この方法は現在でもワクチンの製造に用いられている。 バクテリオファージの重要な研究者であるマックス・デルブリュックは、1937年にウイルスの基本的な「ライフサイクル」を説明した。 1952年のハーシー・チェイスの実験では、バクテリオファージT2が細菌細胞に感染すると、タンパク質ではなくDNAだけが細胞内に侵入することが示された。 1949年、ジョン・F・エンダース、トーマス・ウェラー、フレデリック・ロビンスは、培養したヒト胚細胞でポリオウイルスを増殖させたことを報告した。 この研究は、ジョナス・ソークが不活性化ポリオウイルスからポリオワクチンを開発するのに役立ち、このワクチンは1955年に有効であることが示された。 1935年、ウェンデル・スタンレーは、電子顕微鏡観察のためにその結晶化を実現し、結晶化しても活性が保たれていることを示した。 1941年、BernalとFankuchenによって、結晶化したウイルスの鮮明なX線回折写真が得られた。 この写真をもとに、1955年、ロザリンド・フランクリンがタバコモザイクウイルスの完全な構造を提案した。 また、1955年には、Heinz Fraenkel-ConratとRobley Williamsが、精製したTMV RNAとそのカプシド（コート）タンパク質が自己集合して機能するビリオンを作ることを示し、この集合機構がDelbrückが先に提案したように宿主細胞内でも用いられていることが示唆されている。
1963年、B型肝炎ウイルスは、B型肝炎ワクチンを開発したBaruch Blumbergによって発見された。
1965年、Howard Teminが最初のレトロウイルスを報告した。 レトロウイルスの特徴である逆転写酵素は、インテグラーゼとともに、1970年にハワード・テミンとデビッド・ボルティモアによって初めて報告された。 ヒトに感染する最初のレトロウイルスは、1974年にロバート・ギャロによって同定された。 その後、逆転写酵素はレトロウイルスに特有のものではなく、逆転写酵素をコードするレトロトランスポゾンはすべての真核生物のゲノムに豊富に存在することが明らかにされた。 7902>
1975年にオンコウィルスの機能がかなり明らかにされた。 それまでは、これらのウイルスは、宿主のゲノムに挿入されると癌を引き起こす癌遺伝子と呼ばれる特定の遺伝子を持っていると考えられていたのである。 マイケル・ビショップとハロルド・バーマスは、ラス肉腫ウイルスのがん遺伝子は、実はウイルスに特有のものではなく、多くの種の健康な動物のゲノムに含まれていることを明らかにしたのである。 1977年、フレデリック・サンガーが、バクテリオファージPhi X 174のゲノムの完全解読に初めて成功した。 同年、Richard RobertsとPhillip Sharpは、アデノウイルスの遺伝子にはイントロンがあり、そのため遺伝子スプライシングが必要であることを独自に示した。 その後、真核生物のほとんどの遺伝子にイントロンがあることがわかった。
1982年、スタンレー・プルシナーがプリオンを発見し、スクレイピーの原因であることを示した。
1981年に最初のエイズ患者が報告され、1983年にリュック・モンタニエ、フランソワーズ・バレ＝シヌーシ、ロバート・ギャロによってエイズの原因レトロウイルスであるHIVが特定された。 HIV抗体の存在を検出することでHIV感染を検知する検査法が開発された。 その後の多大な研究努力により、HIVは最もよく研究されているウイルスとなった。 1994年には、AIDS患者に多く見られるカポジ肉腫の原因であるヒトヘルペスウイルス8が同定された。 1990年代後半にはいくつかの抗レトロウイルス薬が開発され、先進国ではエイズによる死亡率が劇的に減少した。 HIVの治療には、HAART（Highly Active Antiretroviral Therapy）と総称される多くの異なる薬剤が存在します。 HAARTは、HIVウイルスの様々な側面を攻撃し、その作用を効果的に検出限界以下にまで低下させます。 しかし、HAARTの投与を中止すると、HIVは跳ね返ってきます。 C型肝炎ウイルスは1987年に新しい分子クローニング技術によって同定され、輸血後肝炎の発生率を劇的に減少させるスクリーニング検査につながった。 レトロウイルスは、外来遺伝子を含むが、ウイルスゲノムを含まないため、繁殖することができない。 マウスでの実験に続いて、1989年からはヒトでの実験が始まった。 最初のヒトでの研究は、遺伝病である重症複合免疫不全症（SCID）の改善を試みたが、臨床的な成功は限られたものであった。 1990年から1995年にかけては、他の病気やウイルスベクターを用いた遺伝子治療も試みられたが、当初の期待が大きすぎたことは明らかであった。 1999年には、18歳のジェシー・ゲルジンガーが遺伝子治療の試験で死亡し、さらなる挫折を味わうことになった。 彼はアデノウイルスのベクターを投与された後、激しい免疫反応に見舞われたのである。 2000年にはX-連鎖性SCIDの2症例の遺伝子治療に成功したことが報告された。
2002年には、ポリオウイルスが実験室で合成され、最初の合成生物であることが報告された。 7741塩基のゲノムをゼロから組み立てるには、公表されているウイルスのRNA配列から始めて約2年かかった。 2003年には、バクテリオファージPhi X 174の5386塩基のゲノムを2週間で組み立てるより速い方法が示された。
ある意味で小さな原核生物と普通のウイルスの中間である巨大ミミウイルスが、2003年に記述され2004年に配列が決定された。 インフルエンザ犠牲者の保存された組織サンプルから配列情報がつなぎ合わされ、次にこの配列から生存可能なウイルスが合成された。 2009年のインフルエンザの大流行には、一般に「豚インフルエンザ」として知られる、別のインフルエンザA型H1N1が関与していました。
1985年までに、Harald zur Hausenは、子宮頸がんのほとんどのケースがヒトパピローマウイルス（HPV）の2つの系統によることを明らかにしています。 2006年、2007年には、マウスやヒトの正常な皮膚細胞に少数の転写因子遺伝子を導入することで、これらの細胞を人工多能性幹細胞として知られる多能性幹細胞に変化させることが報告されています。 この技術は、細胞を形質転換させるために改変されたレトロウイルスを用いる。これらのウイルスは、宿主のゲノムのランダムな位置に自分の遺伝子を組み込むため、他の遺伝子を妨害し、潜在的に癌を引き起こす可能性がある。
2008年に、初めて知られたウイルスファージとしてスプートニクが報告された。それは繁殖にヘルパーウイルスの機械を使い、そのヘルパーウイルスの繁殖を阻害する。 スプートニクは、上記のミミウイルスの親戚であり、現在までに知られている最大のウイルスであるママウイルスに感染したアメーバで繁殖する。
内因性レトロウイルス（ERV）は、ゲノムがある生物の生殖系列ゲノムに組み込まれたレトロウイルスに由来し、そのためその生物の繁殖ごとにコピーされたウイルス要素のことである。 ヒトゲノムの約9％がERVに由来すると推定されています。 2015年には、ERVからのタンパク質が3日齢のヒト胚で活発に発現し、胚の発達に役割を果たし、他のウイルスによる感染から胚を保護するようであることが示された
2010年代のOrgan-on-a-chipの発明以来、この工学アプローチは多くの疾患の研究への応用が見られるようになった。 また、このアプローチはウイルス学にも導入され、チップモデルが開発されている。 例えば、Donald E. Ingberグループによるインフルエンザモデルの発明、Alireza Mashaghiグループによるエボラウイルス疾患モデルの発明、Marcus Dornerグループによるウイルス性肝炎モデルの発明などである。 今後、ヒトのウイルス学的研究において、動物モデルに代わって臓器チップによるアプローチが行われるようになるだろう
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