2004年3月、アイランドフォックスの4亜種、サンタクルーズ・アイランドフォックス、サンタローザ・アイランドフォックス、サンミゲル・アイランドフォックス、サンタカタリナ・アイランドフォックスは連邦保護絶滅種に分類されることになった。 2013年現在、国際自然保護連合（IUCN）は、種全体を「準絶滅危惧」としており、以前の「絶滅の危機に瀕している」という状態から改善されています。 1990年代にアイランドギツネの個体数の減少が確認されました。 サンミゲル島では、1994年から減少が始まり、1999年までに成獣450頭から15頭まで減少した。 サンタクルス島でも同様の個体数減少が発見された。 サンタクルス島では1994年に2000頭いた成獣が2000年には135頭以下に減少し、サンタローザ島では1994年には1500頭以上いたと思われるキツネが2000年には14頭にまで減少していた。 2004年には、サンミゲル島のキツネは38匹で、すべて飼育されていた。サンタローザ島では46匹が飼育され、7匹が野生であった（イヌワシの捕食により、飼育されていたキツネは野生に戻されなかった）。サンタクルーズ島では25匹の飼育キツネと約100匹の野生個体が安定していた。
キツネに無線標識をつけて監視したところ見つかったイヌワシの捕食が高い死亡率を引き起こす要因であることが判明した。 カリフォルニア大学サンタクルス島保護区のリンダル ラフリン博士が集めたデータによると、イヌワシは 1990 年代以前にはチャンネル諸島への珍しい訪問者でしたが、1999 年にサンタクルス島で最初のイヌワシの巣が記録されました。 生物学者は、1960年代に白頭ワシが減少した後、このワシが島々に引き寄せられたのではないかと提唱している。 イヌワシはハクトウワシに代わって、1950年代のDDT暴露による地元のハクトウワシの個体数の荒廃の後、野生のブタを食べるようになり、ハクトウワシはイヌワシが魚を食べている間に島に定住するのを抑止したであろう。 その後、イヌワシは島のキツネの集団を捕食するようになった。 サンタクルス島の野豚やサンタローザ島の鹿やヘラジカは島狐が減少する70年近く前に導入されたため、イヌワシはこれらの動物を代替餌として求めなかった可能性が高い。 イヌワシのような捕食者は、少なくとも2つの獲物、たとえばアイランドギツネと野ブタを捕食している。 一方の餌生物は高い捕食圧に適応しており、捕食者集団（すなわちブタ）を支えているが、もう一方の餌生物（すなわちアイランドギツネ）は捕食への適応度が低く、捕食圧の結果として減少してしまうのである。 また、イヌワシを完全に駆除することが、3亜種のアイランドギツネを絶滅から救う唯一の行動ではないかとも提唱されている。 しかし、サンタクルス島の豚は、ワシをキツネに引き寄せるという考えから、ネイチャー・コンサーバンシーによって殺された。
持ち込まれた病気や寄生虫は、アイランドキツネの集団を壊滅させることがある。 島ギツネは孤立しているため、本土から持ち込まれた寄生虫や病気に対する免疫がなく、特に飼い犬が媒介する可能性のある病気に対して脆弱である。 1998年に発生した犬ジステンバーにより、サンタカタリナ島のキツネの約90％が死亡し、2000年には1,300頭から103頭にまで減少しました。 カタリナ島のキツネを犬ジステンパーから守るために、ワクチン接種プログラムが開始されました。 数年にわたり慎重にキツネを捕獲し、ジステンパーと狂犬病のワクチンを接種した結果、2015年にはその生息数が1,717頭となり、発病前の約1,300頭を上回りました。 科学者たちは、ジステンパーウイルスが、ボートやはしけに乗り合わせたペットの犬や本土のアライグマによって持ち込まれたと考えています。
野良猫、豚、羊、ヤギ、アメリカバイソンなど、外来哺乳類種による食物供給の減少や生息環境の悪化も、キツネの個体数に悪影響を与えています（バイソンは1920年代にハリウッドの西部劇撮影隊によってカタリーナ島に導入された）。
The fox threaten the population of the severely endangered San Clemente Island loggerhead zrike in residence in San Clemente Island. 島のキツネの集団は、合衆国海軍によるキツネの捕獲と除去または安楽死によってマイナスの影響を受けてきた。 2000年以降、海軍はモズの繁殖期にキツネを捕獲・収容する、モズの生息地に電気柵を設置する、ショックカラーを使用するなどの管理策をとっている。
サンタクルズ島のキツネ、サンミゲル島のキツネ、サンタローザ島のキツネの個体数は、2000年にサンタクルズ島で70頭、サンミゲル島とサンタローザ島でそれぞれ15頭と最低だったのが劇的に回復している。 カタリナ島では、カタリナ島コンサーバンシーが飼育下繁殖プログラムを実施しています。 2012年9月14日、米国魚類野生生物局はサンミゲル島キツネ、サンタローザ島キツネ、サンタクルーズ島キツネ、サンタカタリナ島キツネの回復計画の草案を発表した。 2012年までに、カタリナ島コンサーバンシーは、サンタカタリナアイランドギツネは1,500匹で、個体数は安定していると判断しました。 2015年現在、団体「フレンズ・オブ・ザ・アイランド・フォックス」によると、サンミゲル島には520匹、サンタローザ島には874匹の在来キツネがいるという。 サンタクルス島のキツネの数は1,750匹に増えていた。 米国魚類野生生物局は、絶滅危惧種保護法の大成功で、サンタクルス、サンミゲル、サンタローザの3島のキツネを上場廃止にするよう勧告した。 しかし、サンタ・カタリナ島は訪問者の多い島で病気の恐れがあるため、絶滅危惧種から絶滅危惧種に再分類するよう勧告している。
サン・ニコラスとサンクレメンテの他の二つの亜種は絶滅の危機に瀕していない。
チャンネル諸島は、カタリナ島コンサーバンシー、ネイチャー・コンサーバンシー、または連邦政府のいずれかによってほぼ完全に所有および管理されているので、キツネはその生息地に対する人間の侵入の脅威が続くことなく、関心のある当局者による一定の監督など必要な保護を受ける機会がある。
アナカパ島には信頼できる新鮮な水源がないため、キツネは存続できませんでした。サンタバーバラ島は小さすぎて、生存可能なキツネの個体群の食料ニーズを支えることができません。
考古学者のレネ・ベラノウェスは、先住民が行ったように、島から島に移動させて、より高い遺伝子多様性を作り、回復を援助しながら、異なる島キツネ亜種集団を混ぜることにより近交不燥症を管理できると信じているのです。