Um exemplo precoce de hipogeum é encontrado no site da Idade do Bronze Minoan de Knossos em Creta. Hogan observa que esta abóbada subterrânea tinha a forma de uma colmeia e foi cortada na rocha macia. O Ħal Saflieni Hypogeum em Paola, Malta, é o exemplo mais antigo de um hipogeu pré-histórico, a fase mais antiga datada de 3600-3300 a.C.; é um complexo de câmaras subterrâneas, salões e passagens que cobrem aproximadamente 500 m2 em três níveis, parcialmente esculpido para imitar a arquitectura do templo e contendo extensa arte pré-histórica. Em Larnaka, Chipre – a tumba Lefkaritis foi descoberta em 1999.
Hypogea também foram encontrados no Egito Dinástico, como na pirâmide de Mazghuna do Norte, pirâmide de Mazghuna do Sul e pirâmide de Saqqqara do Sul. A hipogea na antiga Palmyra continha locúlias fechadas com lajes com relevos de retratos esculpidos, e sarcófagos com cenas de banquete familiar esculpidas nas suas tampas.
Os cristãos posteriores construíram santuários subterrâneos semelhantes, criptas e túmulos, aos quais chamaram catacumbas. Mas isto foi apenas uma diferença no nome, em vez de propósito e rituais, e as pesquisas arqueológicas e históricas mostram que eles eram efetivamente os mesmos. Werner Jacobsen escreveu:
Como outros romanos ambiciosos, os bispos-santos dos séculos III e IV eram normalmente enterrados em hipogénea nos cemitérios fora das muralhas das suas cidades; muitas vezes eram apenas milagres nos seus túmulos que faziam com que os seus sucessores adoptassem desenhos mais actualizados. Em Dijon o santo e bispo Benignus (d. c. 274) foi enterrado em um grande sarcófago em um túmulo de câmara no cemitério romano. No século sexto o túmulo havia caído em desuso há muito tempo e era considerado pagão, mesmo pelo bispo Gregório de Langres.