A saída do Lago Henrys está sujeita a desvios substanciais de irrigação durante o verão. No final da estação, à medida que as draw-downs diminuem com o tempo mais frio, mais água é liberada no riacho, permitindo que os peixes se movam para cima a partir da seção inferior do rio. A Nature Conservancy patrocina uma estação de aprendizagem perto do riacho de saída.
Sul do lago em Big Springs, cerca de 500.000 galões americanos (1.900 m3) de água constante 52 °F (11 °C) fluem para o rio a cada dia. O rio corre para o sul através de um planalto no norte do Condado de Fremont, através da Floresta Nacional Caribou-Targhee, e passa pelo Island Park Reservoir. Ele emerge do reservatório e flui através de um canyon que se abre para um largo e plano prado no Island Park Caldera, no condado central de Fremont. O rio passa lentamente pela cidade de Island Park, através do Harriman State Park, também conhecido como “Railroad Ranch”, e depois desce rapidamente ao se aproximar da parede da caldeira, passando por cima de Upper Mesa e Lower Mesa Falls, e emerge das montanhas para a planície do Snake River, perto de Ashton. Ela flui para sudoeste através da planície, passando por St. Anthony, e se divide em múltiplos canais em um amplo delta interior ao norte de Rexburg. Recebe o rio Teton do leste aproximadamente 8,0 km (5 milhas) a oeste de Rexburg. Junta-se ao Snake desde o nordeste aproximadamente 10 milhas (16 km) a sudoeste de Rexburg, logo abaixo de 1.463 m (4.800 pés).
Island Park Reservoir, um componente do Projeto Minidoka, é usado para irrigação na planície do Snake River. Sua drenagem proporciona uma das mais importantes pescarias de trutas arco-íris em Idaho em termos de habitat, populações de peixes e uso por pescadores. A secção do rio entre o Lago Henry’s e Big Springs é uma das principais zonas de desova da truta e está fechada à pesca.
Henrys Fork há muito que é conhecida pela sua pesca soberba, especialmente a pesca com mosca seca. Bing Lempke, um pipefitter da vizinha Idaho Falls, foi considerado o reitor local da pesca, até a sua morte em 1990.