Em 1959 William Morgan da Morgan Marine, um construtor de barcos de Silver Bay, no Lago George, Nova York, adquiriu o nome Hacker-Craft com o objetivo de revitalizar o legado histórico da empresa.
Morgan Marine fez modificações estruturais e de engenharia significativas. O uso de novas tecnologias, indisponíveis para o Hacker, permitiu melhorias dos barcos de algumas formas sutis, mas importantes. Onde Hacker tinha usado motores de 110 cv (82 kW), a Morgan Marine foi capaz de alimentar esses cascos com 350 cv (260 kW) ou 454 cv (339 kW) motores Crusader que poderiam exceder 50 milhas por hora. Para acomodar esses motores melhorados, a Morgan Marine teve que tornar os suportes mais fortes do que os utilizados nos projetos originais. A maior realização da Morgan, no entanto, foi melhorar o manuseio dos Hacker Crafts. Se os velhos Hackers fossem operados em velocidades máximas, a proa poderia se levantar e bloquear a visão do motorista. Ao reformular o desenho do fundo, Morgan garantiu que o barco permaneceria mais nivelado na água.
Nessa época muitos dos jigs originais tinham sido perdidos, e, quando necessário, eles fizeram novas peças fundidas em areia para o hardware. Embora mantendo a maior parte do artesanato tradicional, Morgan fez várias melhorias significativas em relação aos planos antigos, como concessões para o avanço da tecnologia: escapamentos duplos, em vez do escape único original, para melhorar o desempenho do motor; o uso de ferragens e acessórios de aço inoxidável para que a perfuração não fosse mais um problema; técnicas de encapsulamento e colagem epóxi de última geração; fundos triplamente aplainados completamente encapsulados em epóxi; laterais com tábuas duplas e deck saturado em epóxi; 25% mais armações; o dobro do número de madeiras do piso; até 18 camadas de verniz; o uso de mogno Honduras de recursos renováveis; nova direção melhorada para maior manobrabilidade; e pára-brisas laminados com matizes azuis ou verdes.
Em 2004 Robert Wagemann comprou a empresa a William Morgan. Em 2008, a Erin Investments de George Badcock adquiriu uma participação majoritária na empresa de Robert Wagemann. Posteriormente, a empresa abriu uma unidade de produção de 32.000 pés quadrados em Ticonderoga, mudando a produção de Silver Bay para lá, a fim de aumentar a capacidade. Em 2011 a Erin Investments atingiu a propriedade total da empresa.
Além da nova unidade de produção, o campus da sede da empresa no Lago George, também o local de uma marina de serviço completo, foi atualizado, com um novo showroom capaz de exibir quatro barcos. Os escritórios da sede e todos os edifícios de armazenamento e serviços foram reparados/remodelados. O campus foi ajardinado e as áreas de estacionamento melhoradas.
Em 2011 o Hacker-Craft foi visto na TV e no catálogo de fotos de Marks & Spencer (UK), Tommy Hilfiger e Nautica.
Em 2011 o Hacker-Craft Neiman Marcus Edition foi selecionado como um “presente de fantasia” no lendário catálogo de Natal do Neiman Marcus.
Em 2012 uma parceria com a Tommy Bahama resultou num modelo de design personalizado, o Tommy Bahama Edition Hacker-Craft (TBE).
Em 2015 a empresa introduziu um concurso de iates de limusine, e nomeou a Sierra Boat Company, no Lago Tahoe, Nevada, e a Wawasee Boat Company, de Syracuse, Indiana, como representantes autorizados.
Em 2017 a empresa nomeou a Classic Boats Lifestyle, Ltd. (CBL) como representante oficial.
Em 2019, um barco Hacker Craft apareceu em um episódio da temporada dois do Ozark da Netflix.