O poema Flannan Isle é citado por Tom Baker como o Doutor no final da história do Doutor Who Horror of Fang Rock, que foi colocada num farol e envolveu uma explicação alienígena para a tragédia que se abateu sobre os três guardas e sobreviventes de um naufrágio.
Para o álbum Chansons des mers froides (Canções dos Mares Frios) de 1994, o produtor francês Hector Zazou adaptou um extrato do poema Flannan Isle como uma canção intitulada The Lighthouse. Os vocais principais foram interpretados por Siouxsie Siouxsie de Siouxsie e os Banshees, e os backing vocals foram fornecidos por uma xamã Nanai.
A canção Genesis The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (em Archive 1967-75) é baseada no incidente, assim como a ópera The Lighthouse de Peter Maxwell Davies.
O romance Some Strange Scent of Death, de Angela J. Elliott, tira o seu nome de uma linha do poema e conta o desaparecimento dos guardiões do farol.
A história principal do videojogo Dark Fall II: Lights Out contém personagens e localizações relacionadas com o incidente.
2018 O filme de thriller escocês The Vanishing é ambientado nas Ilhas Flannan.