NOAA Fisheries ja NOAA Fisheries’s Atlantic Highly Migratory Species (HMS) Division vastaavat Yhdysvaltain Atlantin boniittitonnikalan kalastuksen hallinnoinnista Atlantin tonnikalayleissopimusta koskevan lain (Atlantic Tunas Convention Act) ja Magnuson-Stevensin kalastuksen säilyttämistä ja hoitoa koskevan lain (Magnuson-Stevens Fishery Conservation and Management Act) nojalla. Atlantin boniittitonnikalaa sekä muita HMS-lajeja, kuten haita ja miekkakalaa, hallinnoidaan vuoden 2006 konsolidoidun Atlantin laajasti vaeltavien lajien kalastuksenhoitosuunnitelman (Consolidated Atlantic Highly Migratory Species Fishery Management Plan, FMP) mukaisesti. Kalastuksenhoitosuunnitelman mukaan liittovaltion hoitosääntöjä sovelletaan kaikkiin Yhdysvaltojen osavaltioihin Mainea, Connecticutia ja Mississippiä lukuun ottamatta. Kalastussuunnitelmaan sisältyy muun muassa lupavaatimuksia ja pyydysrajoituksia.
Tonnikala on laajasti vaeltava laji, joka liikkuu useiden valtioiden lainkäyttövaltaan kuuluvien alueiden välillä sekä aavalla merellä, minkä vuoksi sen hoito edellyttää kansainvälistä yhteistyötä. Yhdistyneiden kansakuntien merioikeuden mukaan HMS:n hallinnoinnista huolehtivat alueelliset kalastuksenhoitojärjestöt (RFMO). Alueelliset kalastuksenhoitojärjestöt ovat ainoa oikeudellisesti valtuutettu kalastuksenhoitoelin aavalla merellä. Kansainvälinen Atlantin tonnikalojen suojelukomissio ICCAT (International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas) on Atlantin tonnikalojen ja muiden Atlantin HMS-kalojen hallinnoinnista vastaava alueellinen kalastusjärjestö. ICCAT koostuu 51 sopimuspuolesta, joihin kuuluvat Yhdysvallat, Kanada, Japani, Kiina, Venäjä ja Yhdistynyt kuningaskunta. ICCAT arvioi Atlantin boniitin runsautta ja arvioi nykyisiä ja ehdotettuja pyyntikäytäntöjä. Kaikkien sopimuspuolten on kirjattava ja raportoitava saalis- ja pyyntiponnistustiedot, joita ICCAT käyttää suurimman sallitun saaliin (TAC) rajojen asettamiseen. Sen lisäksi, että saaliit on pidettävä kestävän enimmäistuoton alapuolella, Atlantin boniitin osalta ei tällä hetkellä ole erityisiä hoitosuosituksia, eikä lajille ole tällä hetkellä asetettu TAC-rajaa. Vaikka boniitin osalta ei ole käytössä erityisiä toimenpiteitä, ICCAT:n muiden tonnikalalajien suojelemiseksi hyväksymien toimenpiteiden uskotaan yleensä hyödyttävän boniittia. NOAA Fisheries käyttää ICCAT:n hyväksymiä säilyttämis- ja hoitotoimenpiteitä sekä omia tutkimuksiaan Yhdysvaltain Atlantin boniitin kalastusta koskevien sääntöjen vahvistamisessa.
NOAA Fisheries ja Tyynenmeren kalastuksenhoitoneuvosto hallinnoivat boniitin kalastusta Yhdysvaltain länsirannikolla laajasti vaeltavien lajien kalastusta koskevan kalastuksenhoitosuunnitelman (Fishery Management Plan, FMP) mukaisesti. Havaijilla ja Yhdysvaltojen Tyynenmeren saarialueilla NOAA Fisheries ja Länsi-Tyynenmeren kalastuksenhoitoneuvosto hallinnoivat boniitin kalastusta Yhdysvaltojen Tyynellämerellä Länsi-Tyynenmeren pelagista kalastusta koskevan kalastuksen ekosysteemisuunnitelman (Fishery Ecosystem Plan for Pelagic Fisheries of the Western Pacific) mukaisesti. Nämä suunnitelmat ovat samankaltaisia siinä mielessä, että molemmissa asetetaan:
- lupavaatimukset;
- pyydysrajoitukset sivusaaliiden minimoimiseksi;
- saaliiden dokumentointi- ja raportointivaatimukset; ja,
- määräykset, joiden mukaan suurilta nuotta-aluksilta edellytetään 100-prosenttista tarkkailijapeittoa (pienemmiltä aluksilta edellytetään tarkkailijapeittoa NOAA:n sitä pyytäessä).
Tyynenmeren boniittitonnikala on Atlantin vastaavien tonnikalojensa tavoin vaeltava laji, joka ylittää kansainvälisiä rajoja ja avomerta ja jota monet valtiot kalastavat. Näin ollen niiden hoito edellyttää kansainvälistä yhteistyötä. Itäisellä Tyynellämerellä Amerikan trooppisten tonnikalojen suojelukomissio (IATTC) on alueellinen kalastusjärjestö, jonka tehtävänä on hallinnoida kansainvälistä boniitin kalastusta ja kehittää tavoite- ja pyyntirajat. IATTC:n jäseninä on yli 20 eri maata, muun muassa Yhdysvallat, Kanada, Kiina, Belize, Costa Rica ja Meksiko, ja se asettaa hoitotoimenpiteitä, joita kaikkien jäsenmaiden on noudatettava. Itäisellä Tyynellämerellä IATTC on asettanut nuotta- ja pitkäsiimakalastusta koskevat hoitotoimenpiteet, joihin kuuluvat muun muassa ajalliset ja alueelliset kalastuskiellot, suurten alusten 100-prosenttinen tarkkailupeitto ja vaatimukset, joiden mukaan kaikkien nuottakalastukseen osallistuvien alusten on säilytettävä kaikki saaliiksi saatu tonnikala. Koska vetouistelukalastuksella on suhteellisen vähäinen vaikutus kalakantaan (siihen verrattuna), useimpia hoitotoimenpiteitä ei sovelleta tähän kalastukseen. IATTC arvioi boniittia säännöllisesti, ja osallistujamaat toimittavat saalistiedot IATTC:lle kalastuspäiväkirjojen, tarkkailijaohjelmien, purkamisilmoitusten ja vienti-/tuontitietojen avulla. Lisäksi jäsenmaiden on raportoitava IATTC:lle vuosittain sääntöjen noudattamisesta, seurannasta ja valvontatoimenpiteistä. Kaikkien itäisellä Tyynellämerellä toimivien kurenuotta-alusten on myös noudatettava kansainvälistä delfiinien suojeluohjelmaa, jolla pyritään vähentämään delfiinien ja alamittaisten tonnikalojen sivusaaliita. IATTC on vahvistanut itäisen Tyynenmeren boniitin väliaikaiset tavoite- ja raja-arvot sekä väliaikaiset pyynnin valvontasäännöt.
Suurin osa boniitin maailmanlaajuisesta pyynnistä tapahtuu läntisellä ja keskisellä Tyynellämerellä (WCPO), ja Yhdysvaltojen kalastuksen osuus on noin yhdeksän prosenttia tästä kokonaispyynnistä. Tästä yhdeksästä prosentista suurin osa Yhdysvaltojen saaliista pyydetään Havaijilla, ja joitakin saaliita puretaan Yhdysvaltojen Tyynenmeren saarialueilla (Amerikan Samoa, Guam jne.). Länsi- ja Keski-Tyynenmeren kalastuskomissio (WCPFC) on alueellinen kalastuksenhoitojärjestö, joka vastaa boniitin kansainvälisestä ja avomerikalastuksesta WCPO:n alueella. WCPFC:hen kuuluu yli 25 jäsenvaltiota, mukaan lukien Australia, Kiina, Uusi-Seelanti, Indonesia, Japani, Ranska, Yhdysvallat ja Korean tasavalta. Jäsenmaat noudattavat muun muassa seuraavia toimenpiteitä:
PNA:n jäsenmaat ovat sopineet myös muista hoitotoimenpiteistä, kuten alueellisesta kalastusalusrekisteristä, aavan meren taskualueiden sulkemisesta, FAD-kielloista määrättyinä aikoina ja aluspäiväjärjestelmästä.
WCPFC seuraa ja arvioi säännöllisesti boniittitonnikalakantoja. Missään WCPO:n tonnikalalajissa ei kuitenkaan ole tavoiteviitepisteitä (lukuun ottamatta isosilmätonnikalaa lyhyellä aikavälillä), eikä pyynnin valvontaa koskevia sääntöjä tällä hetkellä ole. WCPFC:n työryhmä käsittelee parhaillaan tavoiteviitepisteitä.
Intian valtameren tonnikalatoimikunta (IOTC) on alueellinen kalastusjärjestö, jonka tehtävänä on hallinnoida boniittia Intian valtamerellä. Jäsenmaita koskevia hoitotoimenpiteitä ovat muun muassa seuraavat: viitearvot ja pyynnin valvontarajat, sivusaaliiden vähentämisstrategiat (erityisesti merikilpikonnien, nuorten tonnikalojen ja haiden osalta) ja tarkkailun kattavuus (IOTC edellyttää, että vähintään viidellä prosentilla aluksista on tarkkailija). Lisäksi IOTC:n jäsenillä on oltava FAD-hallintasuunnitelma, joka sisältää tiedot laivastosta, ajelehtivien FAD-laitteiden määrästä, kalastuspäiväkirjat sekä seuranta- ja tarkistussuunnitelmat. IOTC:n jäsenmaat edellyttävät, että kaikki kurenuotta-alusten pyytämät tonnikalat pidetään hallussa ja puretaan aluksesta, ja kannustavat pitämään hallussaan myös muita kuin kohdelajeihin kuuluvia kaloja. Jäsenmaiden on kirjattava ja raportoitava saalis- ja pyyntiponnistustiedot lajeittain ja pyydystyypeittäin.