St. John’s perustettiin vuonna 1887 Kansasin piispa Elisha Thomasin toimesta episkopaaliseksi sisäoppilaitokseksi 8-18-vuotiaille pojille; sitä edelsi Phillips Military School, jonka oli perustanut Salinan kaupungin perustaja, eversti William Phillips. Salina Troop 1, yksi Amerikan vanhimmista partiolaisjoukoista, perustettiin 21. tammikuuta 1910, ja sen perusti F. John Romanes, Pyhän Johanneksen koulun opettaja, joka tiettävästi tunsi partiotoiminnan brittiläisen perustajan lordi Baden-Powellin ja perusti partiotoiminnan myös Coloradon Coloradon Coloradon Springsissä. Koulun alkuperäinen rakennus, Vail Hall, valmistui vuonna 1888 ja sitä laajennettiin vuonna 1904; se tuhoutui tulipalossa marraskuussa 1978. Vuodesta 1979 lähtien vuotuiseen valmistujaisseremoniaan on perinteisesti kuulunut palon raunioista löydetyn rakennuksen ulko-oven kahvan kiertäminen.
Koulua käytettiin Up the Academy -elokuvan kuvauksissa, joka on Mad-lehden parodia sotilaallisista sisäoppilaitoksista. Vuoden 1980 elokuva kuvattiin kokonaan Salinassa, enimmäkseen koulun kampuksella.
Maaliskuussa 2012 St. John’sia vastaan nostettiin liittovaltion oikeusjuttu, jossa esitettiin monenlaisia väärinkäytösväitteitä. Muutetun kanteen jätti kuusi vanhempainryhmää kadettien puolesta Kaliforniasta, Floridasta, Tennesseestä, Coloradosta, Texasista ja Illinoisista. Oikeusjuttu sovittiin julkistamattomin ehdoin maaliskuussa 2014, juuri ennen oikeudenkäynnin alkamista. Oikeustietojen mukaan kesäkuuhun 2012 mennessä St. John’s oli ratkaissut neljätoista aiempaa kaltoinkohteluun liittyvää oikeusjuttua, jotka oli nostettu vuodesta 2006 lähtien.Maaliskuussa 2013 julkaistussa raportissa todettiin, että viiden vuoden aikana oli tehty 339 valitusta pahoinpitelystä, kiusaamisesta, häirinnästä ja hyväksikäytöstä, mukaan lukien oppilaiden leimaamisesta. Joulukuussa 2018 välimies määräsi St. John’sin maksamaan 369 175 dollaria sellaisen oppilaan perheelle, joka oli 11-vuotias vuonna 2014, kun toinen oppilas kiusasi ja sodomoi häntä; välimies katsoi, että oppilaiden riittämättömän ja epäasianmukaisen johtamisen lisäksi koulu oli lieventänyt sisäänpääsystandardeja vastauksena oppilasmäärän vähenemiseen.