Sacsayhuamán-kompleksin kolmikerroksiset muurit, jotka esiteolliset inkat rakensivat, ovat insinööritieteiden ihme, sillä ne ovat suurimpia inkeriläisrakentamisessa koskaan löydettyjä harkkoja, jotka on sovitettu toisiinsa niin tiiviisti, että laastia ei edes tarvittu.
Vaikka kohteen uskotaan olevan jäänteitä paljon suuremmasta linnoituskompleksista, joka aikoinaan sijaitsi sen päällä, jäljellä olevat muurit ovat vaikuttava muistutus inkojen lähes uskomattomasta insinööritaidosta. Jäljellä olevien muurien kolmen porrasmaisen osan päälle on pinottu valtavia, kaikenkokoisia kiviä kuin Herculeuksen Tetris-peliä. Kaikki kivet on veistetty suurin piirtein neliön tai suorakaiteen muotoisiksi, mutta niiden tarkat mitat eivät ole juurikaan yhdenmukaisia. Vaikuttaa siltä, kuin jokainen pala olisi veistetty mittatilaustyönä tiettyyn tilaan sopivaksi, ikään kuin muuri olisi vain suunniteltu ja luotu sitä mukaa, kun se eteni, mikä vaikuttaa lähes mahdottomalta, kun otetaan huomioon projektin suuri mittakaava.
Mitä tahansa torneja, muureja tai taistelukaiteita jäljelle jääneiden muurien päällä olikaan, espanjalaiset kannibalisoivat ne ottaessaan haltuunsa lähistöllä sijaitsevan Cuscon kaupungin ja ryhtyessään muokkaamaan sitä uudelleen kuvakseen. On todennäköistä, että alempien muurien valtavat kivet olivat yksinkertaisesti liian suuria siirrettäviksi, ja näin Sacsayhuamánin vaikuttavat muurit säästyivät. Oli syy mikä tahansa, esillä oleva tarkkuusrakentaminen on yksi vaikuttavimmista inkojen kekseliäisyyden osoituksista, joita meillä vielä on.