Fysiografia
Rhône saa alkunsa Sveitsin Alpeilla Genevenjärvestä ylävirtaan. Se syntyy noin 1 830 metrin korkeudessa Rhônen jäätiköstä, joka laskeutuu Dammastockin, lähes 3 700-metrisen vuorenhuipun, etelärinnettä pitkin. Sen jälkeen joki kulkee Gletschin altaan läpi, josta se poistuu rotkon kautta, ja virtaa Goms-laakson pohjaa pitkin 1 200-1 400 metrin korkeudessa. Seuraavaksi se virtaa toiseen rotkoon ennen kuin se saavuttaa Brigin ja Martignyn kaupunkien välissä sijaitsevan Valais’n tasangon, jossa se laskee 700-500 metrin korkeuteen (2 300-1 600 jalkaa). Ylittäessään tätä korkeaa ja karua vuoristoaluetta joki käyttää peräkkäin kahta rakenteellista kaukaloa: ensimmäinen kulkee kahden muinaisen kiteisen kalliomassiivin – Aaren ja Gotthardin – välissä, ja kauempana alajuoksulla toinen kulkee Bernin Alppien kaarevien kalliomassojen ja etelässä Pennin Alppien massiivisten kallioseinämien välissä. Brigistä eteenpäin maisema muuttuu. Viimeisen jääkauden aikana suuri jäätikkö, jota useat pienet jäätiköt ruokkivat, kynteli Valais’n laaksonpohjaa ja onnistui laajentamaan ja syventämään kapeaa laaksonpohjaa, lukuun ottamatta joitakin Sionin kaupungin lähistöllä olevia kovempia kallioesteitä. Samalla se pidätteli sekä Rhônen yläjuoksua että sen Pennin Alpeilta tulevia sivujokia. Kun jääpeitteet vetäytyivät, sekä sivujoet – Vispa, Navigenze, Borgne ja Drance – että Rhône loivat uusia syviä rotkoja yhdistääkseen alajuoksunsa uuteen laaksonpohjaan. Nämä rotkot ovat aiheuttaneet huomattavia vaikeuksia nykyaikaiselle liikenteelle, ja ne edellyttävät useita hiusneuloja sisältäviä tieyhteyksiä.
Martignyn jälkeen, jossa laaksonpohja on leveämpi, nuorekas Rhône työntyy pohjoiseen suorassa kulmassa leikaten Alppien poikki poikittaisessa laaksossa. Aluksi, lähellä Saint-Mauricen kaupunkia, se on vain pieni rotko, mutta pian se muuttuu laajemmaksi ja tasaisemmaksi. Sielläkin joen kulkua ovat tukeneet rakenteelliset tekijät, erityisesti Mont Blancista Aareen kulkevien kiteisten kalliomassiivien kaltevuus ja Dents du Midi- ja Dent de Morcles -vuorten kalkkikivimassojen välinen epäjatkuvuus. Vuoristoesteen toisella puolella Rhônen mutaiset vedet laskevat toiseen korkeiden vuorten ympäröimään laajaan tasankoon ja syöksyvät sitten Genevenjärven kirkkaampiin ja tyynempiin vesiin muodostaen laajenevan deltan.
Rhonen juoksun toinen sektori alkaa Genevenjärvestä, joka on suuri (224 neliökilometriä ) ja syvä (1 000 jalkaa ) ja joka sijaitsee Sveitsin ja Ranskan välissä altaassa, jonka entinen Rhône-jäätikkö on syventänyt vähemmän vastustuskykyiseen maastoon. Lähdettyään Genevenjärvestä, joka on kääntänyt joen juoksun lounaaseen ja poistanut sedimentin sen vesistä, Rhône saa nopeasti takaisin alppijokien tyypillisen maitomaisen värin. Juuri Geneven kaupungin alapuolella se saa vastaansa voimakkaan sivujokensa Arven, joka syöksyy alas Mont Blancin jäätiköiltä.
Arven yhtymäkohdasta Ranskan Lyoniin Rhône joutuu ylittämään vaikean esteen, Juravuoriston muodostaman kumpuilevan harjujen sarjan. Se kulkee syvien pitkittäisten laaksojen, niin sanottujen vaux-laaksojen, ja poikittaisten laaksojen, niin sanottujen clus-laaksojen, läpi, jotka ovat syntyneet, kun Juravuoristo on kohonnut Alppien orogenian aikana. Tämän seurauksena joki kulkee monimutkaista siksakkia. Bellegarden kaupungin kohdalla jokeen yhtyy pohjoisesta Valserine, ja etelään kääntyen se syöksyy syvään rotkoon, joka on nykyään 14 mailin (22 kilometrin) pituisen Génissiat’n tekojärven veden alla. Laajemmilla osuuksillaan tällä alueella Rhône virtaa jäätikön kaivamien altaiden läpi, joita sen omat kerrostumat eivät ole juuri täyttäneet, mikä aiheuttaa ajoittaisia suoalueita. Rhoneen yhtyy pohjoisesta myös Ain ja vasemmalla rannalla Fier ja Guiers. Seuraavaksi joki levenee, maasto muuttuu vähemmän mäkiseksi, ja Le Parcissa (noin 95 mailia Lyonin yläpuolella) joki on virallisesti laivakelpoinen, vaikka keskisyvyys on enintään kolme jalkaa.
Lyonin kohdalla Rhône siirtyy kolmanteen osa-alueeseensa, joka suuntautuu etelään kohti Välimerta, ja sen juoksulle on ominaista suuri pohjois-eteläsuuntainen Alppien uurre, jota myös Rhônen pääasiallinen sivujoki Saône valuttaa. Saône sijaitsee altaissa, jotka jääkauden jäätiköt loivat itäpuolella sijaitsevan Juravuoriston ja kauempana lännessä sijaitsevan Pariisin altaan itäreunan ja Massif Centralin ylänköjen väliin. Se muodostaa tärkeän kaupallisen yhteyden Pohjois-Ranskan teollistuneille alueille. Lyonin kaupungista lähtien joki kulkee Massif Centralin ja Alppien välisessä kaukalossa, jota pitkin paleogeeni- ja neogeenikauden (noin 66-2,6 miljoonaa vuotta sitten) meri nousi ja peitti nykyisen Rhônen laakson Ranskassa. (On tavallista erottaa toisistaan kaksi Rhônen laaksoa: toinen sijaitsee Sveitsissä ja toinen Ranskassa). Ranskan Rhônen laakso jaetaan Rhônen ylälaaksoon, joka ulottuu Sveitsin rajalta Lyoniin, ja Rhônen alalaaksoon, joka ulottuu Lyonista Välimerelle). Saônen altaan päälle levittäytyy vesistö, Bresse-järvi. Järveen laski joki, nykyinen Rein, joka virtasi laakson läpi etelään Saônen altaaseen. Myöhemmät tektoniset liikkeet saivat Reinin virtauksen kääntymään, ja Doubs, Saônen sivujoki, seuraa nyt osittain Reinin entistä valuma-aluetta. Noin 5 miljoonaa vuotta sitten merenlahti kohosi ja paljasti Rhônen laakson (nykyisessä Ranskassa), ja Bresse-järvi valui Saône-joen kautta etelään.
Vaikka Rhône-Saônen käytävä on paleogeenin ja neogeenin aikana kerrostuneiden sedimenttien peittämä, suuri osa sen nykyisestä pinnasta on muodostunut Alpeilta pleistoseenikaudella (noin 2 588 000-11 700 vuotta sitten) Alpeilta levinneiden laaksojäätiköiden laskeutuneista raunioista. Nämä sedimentit leikkasivat syviä kanavia kiteisen Massif Centralin reunan läpi, kuten Viennessä ja Tainissa on todettu. Rhone-joen alajuoksun laakso on näin ollen muodostunut useista rotkoista ja altaista, joista jälkimmäisessä on usein jää- ja jokitasojen vaihteluita vastaavia terasseja. Vaikka Massif Centralista Rhôneen laskevat sivujoet – erityisesti Ardèche – ovat tulva-aikoina pelottavia, suuret alppijokien joet – Isère ja Durance, jotka yhtyvät vasempaan rantaan – ovat tärkeimpiä vaikutuksiltaan jokiuoman kerrostumiin ja vesimäärään. Mondragonin alapuolella Rhônen alajuoksu levenee, ja se, mikä ennen oli tulville avointa suomaastoa, on säännöstelty patojen ja kanavien avulla.
Joen suisto alkaa Arlesin lähellä ja ulottuu noin 40 kilometrin päähän mereen. Joen kaksoiskanavat, Grand ja Petit Rhône, ympäröivät Camarguen aluetta. Tämä alluviumista muodostunut alue ulottuu jatkuvasti Välimerelle. Hienojakoisemmat ainekset kulkeutuvat maavirtausten mukana muodostaen rannikon sulkurannat ja Étang de Berren hiekkasärkät. Yksi osa suistosta on perustettu luonnonsuojelualueeksi, joka suojelee flamingojen, haikaroiden, iibiksien ja muiden harvinaisten lajien ruokailu- ja pesimäalueita. Vuodesta 1962 lähtien Fos-joen vasen ranta on muuttunut laajaksi teollisuuskompleksiksi, joka koostuu satamalaitoksista, jalostamoista, öljysäiliöistä ja terästehtaista.