Vahva peruste sille, että ihmisen uusi retrovirus XMRV ei ole laboratoriokontaminaatio, on havainto, että viruksen DNA on integroitunut eturauhaskasvainten kromosomaaliseen DNA:han. Miksi tämä tulos on niin vahva todiste virusinfektiosta?
Viruksen genomin integroidun kopion – proviruksen – muodostuminen on kriittinen vaihe retrovirusten elinkaaressa. Solun RNA-polymeraasi II transkriboi proviraalista DNA:ta tuottaakseen viruksen RNA-genomin ja mRNA:t, joita tarvitaan replikaatiosyklin loppuun saattamiseksi. Ilman proviraalista DNA:ta retroviruksen replikaatio ei voi jatkua.
Proviraalisen DNA:n tuottamiseksi retroviruksen RNA-genomi muunnetaan kaksijuosteiseksi DNA:ksi virusentsyymin käänteisen transkriptaasin avulla. Tämä vaihe tapahtuu sytoplasmassa. Viruksen DNA:n spesifistä ja efektistä liittämistä isäntäsolun DNA:han katalysoi viruksen entsyymi, jota kutsutaan integraasiksi. Tämä entsyymi tunnistaa ja katkaisee viruksen DNA:n kaksi päätä, minkä jälkeen uudet 3′-päät liitetään kovalenttisesti isännän DNA:han integraasin tekemiin porrastettuihin katkaisuihin.
Alla olevassa kuvassa on esitetty joitakin retrovirusintegraatiolle tyypillisiä piirteitä. A ylhäällä on lintujen sarkooma/leukoosiviruksen integroimaton lineaarinen DNA, joka on tuotettu käänteisellä transkriptiolla. Integroitumisen päätyttyä molemmista päätepisteistä häviää kaksi emäsparia (AA-TT), ja isäntä-DNA:ssa oleva 6-bp:n kohdekohta (vaaleanpunainen) monistuu proviirin DNA:n kummallekin puolelle. Tämän kohdekohdan pituus vaihtelee 4-6 bp:n välillä eri retrovirusten välillä. Proviraalinen DNA (keskellä) päättyy konservoituneeseen 5′-T G…C A-3′-sekvenssiin. Proviiri toimii templaattina viruksen RNA-genomin tuotannossa (alhaalla).
XMRV:n proviraalisen DNA:n tunnistamiseksi genomista DNA:ta eristettiin eturauhaskasvaimista, ja DNA monistettiin käyttämällä aluketta, joka annaalisoitui viruksen env-geeniin, lähellä oikeanpuoleista LTR:ää. Nukleotidisekvenssianalyysit 14 9 eri potilaan monistetuista DNA:ista osoittivat odotetun viruksen CA-sekvenssin, jota seurasi ihmisen DNA. Retrovirusintegraation toista keskeistä merkkiä – integraatiokohtaa reunustavien isäntä-DNA-sekvenssien monistumista – ei kuitenkaan voitu vahvistaa, koska tutkittiin vain oikeanpuoleista integraatiokohtaa.
Koko proviirin DNA:n, mukaan lukien molempien reunustavien integraatiokohtien eristäminen eturauhassyöpäpotilailta tai potilaista, joilla on krooninen väsymysoireyhtymä (chronic fatigue syndrome, KUVA), olisi lisänäyttöä siitä, että XMRV:n on viruksen infektoituminen ihmiseen.