Blue Marlinin ja sen sisaraluksen omisti Oslossa, Norjassa, sijaitseva Offshore Heavy Transport huhtikuussa 2000 ja marraskuussa 1999 tapahtuneesta rakentamisestaan lähtien 6. heinäkuuta 2001 asti, jolloin Dockwise osti ne. Yhdysvaltain laivasto palkkasi Blue Marlinin Offshore Heavy Transportilta siirtämään hävittäjä USS Colea takaisin Yhdysvaltoihin sen jälkeen, kun Al-Qaidan itsemurhapommittajat olivat vahingoittaneet sota-alusta sen ollessa ankkuroituna Adenin satamassa Jemenissä. Vuoden 2003 loppupuolella Blue Marlinin kapasiteettia lisättiin ja siihen lisättiin kaksi sisäänvedettävää potkuria ohjattavuuden parantamiseksi. Alus otettiin uudelleen käyttöön tammikuussa 2004. Näiden parannusten jälkeen Blue Marlin toimitti 60 000 tonnia painavan öljynporauslautan Thunder Horse PDQ:n Corpus Christiin, Teksasiin, viimeisteltäväksi.
Heinäkuussa 2005 Blue Marlin siirsi kaasunjalostamo Snøhvitin rakennustyömaalta Cádizista Hammerfestiin, mikä oli 11 päivän matka. Tämä kuljetus kuvattiin Discovery Channelin Extreme Engineering -televisio-ohjelmaa varten sekä History Channelin Mega Movers -televisio-ohjelmaa varten.
Marraskuussa 2005 Blue Marlin lähti Corpus Christistä siirtämään massiivista merellä sijaitsevaa X-taajuustutkaa Adakiin, Alaskaan, Etelä-Amerikan eteläkärjen ja Pearl Harborin kautta Havaijille. Se saapui Pearl Harboriin 9. tammikuuta 2006 kuljettuaan 15 000 mailia. Tammikuussa 2007 Blue Marlinia käytettiin siirtämään kaksi jack-up-lauttaa, Rowan Gorilla VI ja GlobalSantaFe Galaxy II, Halifaxin satamasta Pohjanmerelle.
16. kesäkuuta 2012 alus saapui Ferrolin satamaan valmistautuakseen kuljettamaan keskeneräistä amfibio-sotalaivaa HMAS Canberraa Melbournessa. Australialaisalus nostettiin Blue Marliniin 4. elokuuta 2012, ja sen oli määrä purjehtia 12. elokuuta kohti Australian BAE Systemsin telakkaa Williamstownissa. Alus ohitti Port Phillip Headsin ja saapui Melbourneen 17. lokakuuta 2012.
Toukokuussa 2019 Blue Marlin kaapattiin hetkeksi Päiväntasaajan Guinean rannikolla. Miehistö hakeutui suojaan aluksen linnoitukseen, kun taas merirosvot ampuivat turhautuneina siltaa ja pakenivat ennen Päiväntasaajan Guinean ja Espanjan laivastojen saapumista.