Vaikka Egyptin lehdistö oli vapaampi kuin Nasserin tai Sadatin aikana, Mubarak otti vuonna 1995 käyttöön lain, jonka mukaan toimittajia tai puoluejohtajia, jotka julkaisivat hallituksen virkamiestä vahingoittavia uutisia, voitiin vangita. Kansan painostus sai parlamentin lieventämään lakia, jonka Egyptin perustuslakituomioistuin lopulta kumosi. Islamilaisten tuomioistuinten ja al-Azhar-yliopiston rehtorin harjoittama kasvava sensuuri kuitenkin hillitsi sanan- ja lehdistönvapautta 1900-luvun lopulla ja 2000-luvun alussa.
Taistelussaan islamistista terrorismia vastaan Mubarakin hallinto turvautui ennaltaehkäiseviin vankeusrangaistuksiin ja tiettävästi myös kidutukseen. Egyptiläiset terroristit puolestaan murhasivat useita hallituksen ministereitä, melkein tappoivat itse Mubarakin Addis Abebassa Etiopiassa vuonna 1995 ja ampuivat turisteja Egyptin kuuluisimpien muistomerkkien lähistöllä – mukaan lukien erityisen väkivaltainen hyökkäys Luxorissa vuonna 1997. Johtava islamisti, sheikki ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, pakeni Yhdysvaltoihin, jossa hän osallistui vuonna 1993 New Yorkin World Trade Centeriin tehtyyn kuorma-autopommi-iskuun ja tuomittiin myöhemmin elinkautiseen vankeusrangaistukseen kyseisestä rikoksesta ja salaliitosta uusien iskujen tekemistä varten. Toinen islamistijohtaja, cairalainen lastenlääkäri Ayman al-Zawahiri, pakeni Afganistaniin, jossa hän johti EIJ:n jäseniä liittymään kansainväliseen terroristijärjestö al-Qaidaan. Huolimatta hallituksen aloitteista ongelman hallitsemiseksi, kotimainen terrorismi on edelleen uhka Egyptin vakaudelle.
Joitakin sosiaalisia ja taloudellisia ongelmia aiheutui tai niitä pahensi Egyptin osallistuminen Persianlahden sotaan (1990-91) Yhdysvaltain johtaman liittouman puolella. Egyptiläiset joukot osallistuivat konfliktiin monien arabimaiden sotilaiden tavoin. Vaikka Egypti palkittiin osallistumisestaan antamalla anteeksi miljardeja dollareita, jotka se oli velkaa länsimaiden asehankinnoista, monet egyptiläiset ulkomaan työntekijät menettivät työpaikkansa Irakissa, koska maa hyökkäsi Kuwaitiin. Samoin Egyptin toiveet siitä, että sen urakoitsijat voittaisivat tarjoukset Kuwaitin jälleenrakentamisesta sodan jälkeen, pettivät, ja Persianlahden valtiot hylkäsivät suunnitelman egyptiläisten ja syyrialaisten joukkojen sijoittamisesta alueelle rauhanturvaajiksi. Ehkä ymmärrettävästi taloudellisesti ahtaalla olevat egyptiläiset alkoivat paheksua varakkaita saudeja, kuwaitilaisia ja muita Persianlahden arabeja, jotka usein viettivät lomaansa pelaamalla uhkapelejä Kairon ylellisissä hotelleissa.
Egyptiläiset alkoivat myös suhtautua epäilevästi Yhdysvaltain peräkkäisten presidenttien ja oman presidenttinsä käynnissä oleviin ponnisteluihin, joilla pyrittiin edistämään rauhaa Israelin ja muiden arabivaltioiden ja erityisesti palestiinalaisten välillä. Muuttuvassa maailmantaloudessa kansalaiset epäilivät, että tällaisilla pyrkimyksillä parempien suhteiden edistämiseksi saattaa olla jokin taka-ajatus. Monet egyptiläiset pelkäsivät erityisesti, että Yhdysvallat ja Israel yrittäisivät manipuloida Egyptin teollisuutta, varsinkin kun tietokone- ja tietotekniikka – joiden hankkimisessa ja käytössä Egypti oli vahvasti riippuvainen länsimaista – tulivat yhä tärkeämmiksi talouskasvun kannalta. Vuodesta 2004 lähtien maan Internet-yhteyksien laajentaminen on kuitenkin ollut erityisen korkealla sijalla Egyptin pääministerin Ahmad Nazifin, joka on itse tietotekniikan insinööri, talouspoliittisella asialistalla.
Itse asiassa Mubarakin sitoutuminen kotimaiseen kehitykseen näkyi siinä, että hän valitsi kolme peräkkäistä taloussuunnittelijaa pääministeriksi 1990-luvulla. Ja vaikka Egypti kehittyi taloudellisesti yhä kehittyneemmäksi, se teki sen korkealla hinnalla. Kansainvälisen valuuttarahaston (IMF) kaltaisten kansainvälisten lainanantajien väliintulo rajoitti sen itsenäisyyttä, ja kasvavat tuloerot ja resurssien saatavuus rasittivat rikkaiden ja köyhien kansalaisten välisiä suhteita sekä edistivät muslimien ja koptien välisen yhtenäisyyden heikkenemistä. Jotkut muslimit syyttivät kopeja ulkovaltojen agentteina toimimisesta ja Egyptin talouden valvonnasta, kun taas jotkut koptit syyttivät muslimeja kirkkojen tuhoamisesta ja Egyptin kristittyjen pakottamisesta kääntymään islamiin. Vaikka sekä muslimien että kristittyjen egyptiläiset ovat suurimmaksi osaksi pyrkineet vähättelemään erimielisyyksiään julkisesti säilyttääkseen kansallisen yhtenäisyytensä, nopea ja epätasainen kehitys on viime kädessä uhannut Egyptin poliittista ja kulttuurista johtoasemaa arabimaailmassa.
Arthur Eduard Goldschmidt
Sisäiset jännitteet kasvoivat, kun Mubarakin hallinto jatkoi oppositiopolitiikan tukahduttamista pidättämällä toisinajattelevia johtajia ja rajoittamalla poliittista ilmaisua. Marraskuun 2010 parlamenttivaaleissa havaittiin laajoja väärinkäytöksiä, jotka NDP voitti ylivoimaisesti, mikä käytännössä poisti oppositiopuolueet kansankokouksesta.