Kuvassa 2(a) on esitetty fluoresenssi-emissioprofiili, jossa käytetään DAPI-FITC-suodatinblokkia ja intialaisen muntjac-peuranahkaisen fibroblastisoluviljelmän soluviljelyä, joka on värjätty Alexa Fluor 488:lla konjugoituneella falloidiinilla, joka sitoutuu solunsisäiseen filamenttimaisiin aktiini-verkostoon. Alexa Fluor 488:n näkyvän valon absorptiomaksimi on 495 nanometriä ja emissiomaksimi 519 nanometriä spektrin vihreällä alueella. Lisäksi näyte värjättiin samanaikaisesti DAPI:lla (kohdistuu DNA:han solutumakkeessa; eksitaatio 358 nanometriä ja emissio 461 nanometriä) ja MitoTracker Red CMXRosilla (kohdistuu mitokondrioihin; punainen emissio). Huomaa punaisen fluorofoorin (MitoTracker) signaalin puuttuminen, mutta aktiinifilamenttien kirkkaanvihreä fluoresenssi ja DAPI:n hieman alhaisemman intensiteetin sininen signaali soluytimessä.
Kuvassa 2(b) on esitetty ohut leikkaus hiiren suolistosta, joka on värjätty Alexa Fluor 350 -vehnänalkioagglutiniinilla, joka on sinisellä fluoresoivalla lektiinillä spesifinen pötsisolujen limalle. Lisäksi näyte värjättiin samanaikaisesti Alexa Fluor 568 -falloidiinilla (filamenttinen aktiini; 600 nanometrin emissio) ja SYTOX Green -värjäyksellä (tumat; 504 nanometrin heräte ja 523 nanometrin emissio). Huomaa sinisen fluorofoorin (Alexa Fluor 350) matala signaalitaso, mutta SYTOX Green -fluoresenssin aiheuttama tuman kirkkaan vihreä fluoresenssi kudosnäytteessä. Tämä kaksoiseksitaatiosuodatinyhdistelmä eliminoi tehokkaasti punaisen (Alexa Fluor 568) koettimen signaalin.
Kuvassa 2(c) esitetään fluoresenssiemissi-intensiteetti rotan kengurun (PtK2) epiteelisoluviljelmästä, joka leimattiin immunofluoresenssimerkinnällä primaarisilla naudan alfa-tubuliinin hiiren monoklonaalisilla vasta-aineilla, joita seurasi vuohen antihiiren Fab-fragmentit konjugoituneena Alexa Fluor 488:aan. Lisäksi näyte leimattiin Hoechst 33258:lla, joka sitoutuu selektiivisesti DNA:han solutumakkeessa, ja MitoTracker Red CMXRosilla (kohdistuu mitokondrioihin; punainen fluoresenssi). Huomaa solunsisäisen, koko sytoplasman kattavan mikrotubulusverkoston selvä vihreä värjäytyminen ja tuman DNA:han sitoutuneen Hoechst 33258:n sininen emissio. Kuvan alaosassa oleva solu näyttää olevan mitoosissa prometafaasi- tai metafaasitilassa.
Kuvassa 2(d) on esitetty sveitsiläisen hiiren (3T3-linja) soluja, jotka on immunofluoresenssivärjätty primaarisilla hiiren sytokromioksidaasimonoklonaalisilla anti-sytokromioksidaasivasta-aineilla ja sen jälkeen vuohen antihiiren Fab-fragmenteilla, jotka on konjugoitu reflektoriin Alexa Fluor 568. Näyte leimattiin myös useilla ylimääräisillä koettimilla, mukaan lukien lektiini Helix pomatia agglutinin (HPA), joka on konjugoitu Alexa Fluor 488:aan (vihreä emissio), joka sitoutuu valikoivasti glykoproteiineihin Golgin laitteessa tässä solulinjassa. Sytoskeletaaliset aktiinifilamentit värjättiin Alexa Fluor 680:lla (punainen heräte; lähi-infrapunaemissio) ja ydin-DNA leimattiin DAPI:lla (sininen emissio). Huomaa Golgin laitteiston näkyvä vihreä värjäytyminen ja tuman sinisen fluoresenssin voimakkuus.
Kuvassa 2(e) on esitetty hiiren munuaisen ohuesta poikkileikkauksesta, joka on värjätty usealla (3) fluorofoorilla, saatu fluoresenssiemissio. Kudosleikkeessä oleviin ytimiin kohdistettiin nukleiinihappokoetin DAPI, jonka eksitaatiomaksimi on 358 nanometrissä ja emissiomaksimi 461 nanometrissä, kun se sitoutuu DNA:han soluviljelmissä ja kudosleikkeissä. Lisäksi kryostaattileike värjättiin samanaikaisesti Alexa Fluor 488 -vehnänalkioagglutiniinilla (glomerulukset ja kierteiset tubulukset) ja Alexa Fluor 568 -falloidiinilla (filamenttinen aktiini ja harjasraja). Huomaa sekä sinisen (DAPI) että vihreän (Alexa Fluor 488) koettimen signaalin läsnäolo, mutta Alexa Fluor 568 -konjugaattien aiheuttaman oranssinpunaisen fluoresenssin puuttuminen aktiini- ja harjasreunaverkostoissa.
Kuvassa 2(f) on esitetty maissinsiemenen (Zea mays) ohuesta poikkileikkauksesta peräisin oleva automaattinen fluoresenssi. Kasvien kudosten endogeeninen autofluoresenssi on peräisin useista biomolekyyleistä, kuten klorofyllistä, karoteenista ja ksantofyllistä. Ultravioletti- ja sinisellä herätealueella klorofyllillä on absorptiokaista, jolla on korkea ekstinktiokerroin, ja se tuottaa huomattavan määrän fluoresenssia, kun sitä herätetään aallonpituuksilla 350-500 nanometriä. Huomaa edellä kuvatun maissinsiemenkudoksen osalta autofluoresenssin emissiointensiteetin esiintyminen sinisellä ja vihreällä spektrialueella, mikä on ominaista Nikonin DAPI-FITC-fluoresenssisuodatinyhdistelmälle.