Madagaskar 1500-luvulta noin vuoteen 1650
Suuri osa Madagaskarista asutettiin sisäisellä muuttoliikkeellä ennen 1500-luvun alkua, mikä antoi aiemmin tyhjille maille niiden tompontany (alkuperäiset asukkaat tai ”maan herrat”). Poliittisesti saari oli kuitenkin edelleen hajanainen. Useimmat niistä lähes 20 etnisestä ryhmästä, jotka muodostavat Madagaskarin nykyväestön, eivät saavuttaneet minkäänlaista ”kansallista” tietoisuutta ennen kuin uudet poliittiset ajatukset saapuivat ulkomailta 1500-luvulla ja alkoivat levitä koko saarelle. Lukuisat 1500-luvulta ja 1600-luvun alkupuolelta peräisin olevat kirjalliset eurooppalaiset kertomukset eivät kerro mistään suuresta valtiosta tai imperiumista, ja vain harvat 1800-luvun puolivälistä lähtien kerätyistä malagasialaisten suullisista traditioista ulottuvat yhtä kauas ajassa taaksepäin.
Pieniä paikallisia valtioita löytyi kuitenkin monista paikoista rannikolla, joilla eurooppalaiset laivat vierailivat. Pääkaupungit sijaitsivat lähes aina lähellä jokisuuta, alueelliset alueet olivat poikkeuksetta pieniä, ja hallitsijat olivat toisistaan riippumattomia. Liittoutumat ja sodat olivat yleensä lyhytaikaisia tapauksia, joilla oli rajalliset taloudelliset tavoitteet ja vähäiset ihmishenkien menetykset, ja ne johtivat harvoin rajojen mukauttamiseen. Taloudet olivat paimentolais- tai maanviljelystaloutta, usein sekoitus molempia, eikä varallisuudessa ollut radikaaleja eroja. Joillakin alueilla hallitsijat näyttivät olevan ehdottomia, kun taas toisilla alueilla vanhimmilla ja papeilla oli hallitseva vaikutusvalta. Eräällä alueella Madagaskarin kaakkoisosassa, joka myöhemmin tuli tunnetuksi nimellä Fort-Dauphin (samannimisen Ranskan Itä-Intian komppanian linnoituksen sijaintipaikka; nykyinen Tôlan̈aro), varhaiset eurooppalaiset uskoivat löytäneensä muslimivaltion alueen antanosy-kansan keskuudessa. Sitä hallitsi ”maurikuningas”, ja sillä oli aristokratia, jonka etuoikeudet johtuivat oletettavasti islamista. Heidän yhteisnimensä oli Zafindraminia eli ”lopullisen suuren esi-isän Raminian jälkeläiset”.
1600-luvun ensimmäisellä neljänneksellä portugalilaiset merenkulkijat raportoivat useista Madagaskarin pohjoisosassa sijaitsevista rannikkokaupungeista, jotka muistuttivat arkkitehtuuriltaan Kilwaa, aikoinaan merkittävää keskuskaupunkia nykyisen Tansanian alueella. Kaupungit kuuluivat läntisen Intian valtameren afro-arabialaiseen kauppaverkostoon, joka oli epäilemättä olemassa jo ennen 1500-lukua. Vohemarin kaupungissa, joka oli aikoinaan saaren koillisosan kansainvälisen kaupan keskus, madagaskarilaisten ja afroarabialaisten tapojen sekoittuminen tuotti varsin omaperäisen taide- ja käsityöperinteen.
Portugalilaiset tutkimusmatkailijat, jotka vierailivat Matitana-joen laaksossa Kaakkois-Madagaskarissa, havaitsivat afroarabialaisten (”Malindin maurien”) saapumisen Madagaskariin vuosien 1507 ja 1513 välillä. Yhden tai kahden sukupolven kuluessa tämän ryhmän jälkeläiset olivat avioituneet keskenään ja sulautuneet paikallisen tompontanyn kanssa muodostaen toisen ryhmän, joka tunnetaan nimellä Antemoro. Vuoteen 1630 mennessä antemorot olivat muodostaneet teokraattisen valtion, joka oli tuolloin Madagaskarin ainoa valtio, jolla oli kirjallisia tekstejä. Tekstit kirjoitettiin arabialaisia aakkosia käyttäen madagaskarin kielellä, ja ne olivat luonteeltaan sekä uskonnollisia että maallisia. Antemorojen keskuudessa islamin läheisyydestä tuli tärkeä kriteeri, jonka perusteella he saivat oikeuden hallita, eikä ole epäilystäkään siitä, etteivätkö Antemorojen neljä pappisklaania olisi olleet paljon lähempänä muslimiuskoa kuin Fort-Dauphinin alueen Zafindraminia. Ajan myötä Antemoron pyhät miehet, jotka matkustivat Madagaskarissa laajalti, alkoivat vaikuttaa muihin madagaskarilaisiin sekä uskonnon että hallinnon alalla.