Kromofori, orgaaniseen molekyyliin kuuluva atomien ja elektronien ryhmä, joka saa sen värjäytymään.
Kemiallisten yhdisteiden rakenteellisten ominaisuuksien ja värien välisiä korrelaatioita on etsitty noin vuodesta 1870 lähtien, jolloin huomattiin, että kinonit ja aromaattiset atso- ja nitroyhdisteet ovat usein voimakkaan värillisiä ja että värit heikkenevät tai tuhoutuvat, kun yhdisteitä vetytetään. Yhdisteen kyky ottaa vetyä, jota kutsutaan kyllästymättömyydeksi, johtuu elektronien läsnäolosta, jotka eivät ole vahvasti kiinnittyneet kovalenttisiin sidoksiin tiettyjen atomiparien välillä, vaan jotka ovat laajemmilla alueilla (molekyyliorbitaaleissa), jotka voivat liittyä useisiin atomeihin. Nämä elektronit voivat absorboida valon energiaa tietyllä näkyvän alueen aallonpituusalueella; valon loppuosan läpäisy tai heijastuminen saa aikaan yhdisteen havaitun värin. Syvä väritys syntyy, jos samassa molekyylissä on useita kromoforeja lähekkäin tai jos mukana on toinen ryhmä, jota kutsutaan apukromiksi.