Alueilla, joilla ei harjoiteta kastelua, kasvillisuuden eri vyöhykkeet voidaan karkeasti jakaa sademäärän mukaan.
Trooppista sademetsää esiintyy Niilin ja Kongon välisen jakolinjan varrella, osissa järvitasankoa ja Lounais-Etiopiassa. Kuumuus ja runsaat sateet tuottavat tiheitä metsiä, joissa on suuri valikoima trooppisia puita ja kasveja, kuten eebenpuu, banaani, kumi, bambu ja kahvipensas. Sekametsää ja ruohomaata (savannia), jolle on ominaista keskikorkeiden, ohutlehtisten puiden harva kasvusto ja ruohon ja monivuotisten yrttien maanpeite, esiintyy suuressa osassa järvitasankoa, osassa Etiopian tasankoa, Sinisen Niilin rannalla Al-Ruṣayriṣin lähellä ja eteläisellä Al-Ghazāl-joen alueella.
Sudanissa tasangoilla vallitsee ohuiden pusikoiden, ohdakkeisten puiden ja avoimen ruohomaan sekoitus. Tämä alue on sadekauden aikana suota, erityisesti Etelä-Sudanin keskiosassa sijaitsevalla Al-Suddin alueella, jonka pinta-ala on lähes 100 000 neliökilometriä. Siellä kasvillisuuteen kuuluvat papyrus, korkeat bambun kaltaiset ruohot, kaislikko, vesisalaatti, eräs convolvulus-laji ja eteläamerikkalainen vesihyasintti.
10° pohjoista leveyttä pohjoispuolella on vyöhyke piikkisavannia tai hedelmätarhan pensasmaata, jolle on ominaista pienet hajanaiset puustoiset metsiköt, piikkisavannit ja sateen jälkeen ruohot ja yrtit. Tämän pohjoispuolella sademäärät kuitenkin vähenevät ja kasvillisuus harventuu, joten maaseudulla kasvaa pieniä piikkipensaita, lähinnä akaasiaa. Khartumista pohjoiseen on todellinen aavikko, jossa sateet ovat niukkoja ja epäsäännöllisiä ja jossa ei ole lainkaan pysyvää kasvillisuutta muutamaa kitukasvuista pensasta lukuun ottamatta. Ruohoja ja pieniä yrttejä saattaa esiintyä sateiden jälkeen valuma-alueilla, mutta ne kuolevat muutamassa viikossa. Egyptissä Niilin lähellä kasvillisuus on lähes kokonaan kastelun ja viljelyn tulosta.
Niilin vesistössä esiintyy monia kalalajeja. Niistä merkittävimpiä ovat Niilin alajuoksulla esiintyvät Niilin ahven (joka voi saavuttaa yli 175 kilon painon), bolti (tilapia-laji), barbe, useat monnilajit, elefanttikala ja tiikerikala eli vesileopardi. Suurinta osaa näistä lajeista sekä sardiininkaltaista Haplochromista, keuhkokalaa ja mutakalaa tavataan aina Victoriajärveen asti. Tavallinen ankerias tunkeutuu etelään Khartumiin asti, ja piikkiaalista tavataan Victoriajärvessä.
Maalasi erityisesti Encyclopædia Britannicaa varten Tom Dolan Loren P:n valvonnassa. Woods, Chicagon luonnonhistoriallinen museo
Niilin krokotiili, jota tavataan suurimmassa osassa jokea, ei ole vielä tunkeutunut Niilin yläosan altaan järviin. Muita Niilin altaassa tavattuja matelijoita ovat muun muassa pehmytkuorinen kilpikonna, kolme monitoriliskolajia ja noin 30 käärmelajia, joista yli puolet on myrkyllisiä. Virtahepoa, joka oli aikoinaan yleinen koko Niilin vesistössä, tavataan nykyään vain Al-Suddin alueella ja etelässä.
© Digital Vision/Getty Images
Monet kalakannat, jotka ruokailivat Niilin vesissä Egyptissä tulva-aikana, ovat vähentyneet tai kadonneet Assuanin suuren padon rakentamisen jälkeen. Suurin osa Niilin kalalajeista oli vaelluskaloja, ja pato on estänyt monien vaelluksen Nasser-järveen. Itäisen Välimeren sardellien määrän vähenemisen on myös katsottu johtuvan siitä, että pato on vähentänyt merkittävästi veden ravinteiden virtausta. Nasser-järvestä on kuitenkin kehitetty kaupallinen kalastusalue, jossa Niilin ahven ja muut lajit menestyvät hyvin.