Denverin apulaispiispaEdit
Tammikuun 23. päivänä 2001 paavi Johannes Paavali II nimitti Gómezin Denverin arkkihiippakunnan apulaispiispaksi ja Belalin titulaaripiispaksi. Hän sai piispanvihkimyksensä 26. maaliskuuta arkkipiispa Charles J. Chaputilta, O.F.M. Cap., ja hänen kanssakonsekraattorinaan olivat piispat Joseph Fiorenza ja Javier Echevarría Rodríguez. Hän valitsi piispalliseksi tunnuslauseekseen ”Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae” eli ”lähestykäämme luottavaisesti armon valtaistuinta” (Hepr. 4:16). Hän oli ensimmäinen Opus Dein numeerinen jäsen, joka vihittiin piispaksi Yhdysvalloissa. Piispana hän ei ole enää kyseisen järjestön jäsen, koska hän raportoi paaville eikä siten ole vastuussa Opus Deistä vastaavalle prelaatille. Gomez on sanonut, ettei hän ole Opus Dein ”jäsen”, vaan että hänet vihittiin papiksi Opus Deissä ja että hänen hengellisyytensä heijastaa tätä taustaa.
Gómez toimi Denverissä sijaitsevan Cathedral of the Immaculate Conceptionin kirkon rehtorina vuosina 2001-2003. Seuraavaksi hän toimi sekä kuraattorin moderaattorina että Jumalanäidin kirkon pastorina.
San Antonion arkkipiispaEdit
Gómez nimitettiin San Antonion arkkipiispaksi 29. joulukuuta 2004. Vuonna 2005 hänet nimettiin yhdeksi Time-lehden 25:stä vaikutusvaltaisimmasta latinalaisamerikkalaisesta Yhdysvalloissa, ja vuonna 2007 hän oli CNN:n listalla ”huomattavista latinalaisamerikkalaisista” latinalaisamerikkalaisen kulttuuriperintökuukauden kunniaksi tehdyssä web-erikoislähetyksessä. Vuonna 2006 arkkipiispa Gomez perusti virallisesti San Antonion arkkihiippakunnan roomalaiskatolisen kirkon katolisen yhteisön säätiön. Vuonna 2007 hän oli mukana tuomassa yhteen latinalaisamerikkalaisia johtajia ja katolisia piispoja CALL:n (Catholic Association of Latino Leaders) perustamiseksi.
Toimikautensa aikana San Antoniossa Gómez saavutti maineen ortodoksisena johtajana, joka kumosi joitakin liberaalimpia aloitteita hiippakunnassa. Hän hajotti kirkkoherranviraston oikeudenmukaisuus- ja rauhankomission sen jälkeen, kun sen jäsenet ilmaisivat vastustavansa hänen tukeaan osavaltion perustuslakimuutokselle, joka kielsi samaa sukupuolta olevien avioliiton. Vuoden 2008 presidentinvaalien aikana hän ilmaisi julkisesti huolensa siitä, että Teksasin vanhin katolinen yliopisto, St Mary’s University, salli aborttioikeuksia kannattavan Hillary Clintonin kampanjatilaisuuden kampuksella. Hän ilmaisi huolensa myös siitä, että toinen katolinen yliopisto, Our Lady of the Lake University, salli korkean profiilin nunnan, jonka jotkut väittävät kannattavan naisten pappisvihkimystä, olla pääpuhujana tapahtumassa. Hän suhtautui myönteisesti Summorum Pontificumiin, joka antoi suuremman vapauden tridenttiselle messulle, sanoen, että se säilyttää ”kirkon rikkaan perinnön ja perinnön”.
Hän on Rooman kuraatioon kuuluvan Latinalaisen Amerikan paavillisen toimikunnan ja Amerikan katolisen yliopiston (The Catholic University of America) johtokunnan (Board of Trustees) jäsen. Yhdysvaltain katolisen piispainkokouksen jäsenenä hän on Latinalaisen Amerikan kirkon alakomitean puheenjohtaja; viimeksi mainitussa ominaisuudessa hän johti kolmen piispan valtuuskuntaa Haitiin arvioimaan tilannetta siellä vuoden 2010 maanjäristyksen jälkeen. Hän on myös muuttoliikekomitean valittu puheenjohtaja, espanjankielistä Raamattua käsittelevän työryhmän puheenjohtaja ja opinkomitean jäsen.
Los Angelesin arkkipiispaEdit
Paavi Benedictus XVI nimitti Gómezin 6. huhtikuuta 2010 Los Angelesin arkkihiippakunnan koadjutori-arkkipiispaksi. Los Angelesin arkkihiippakunta on maan suurin katolinen hiippakunta, ja latinalaisamerikkalaiset muodostavat yli kaksi kolmasosaa arkkihiippakunnan viidestä miljoonasta katolilaisesta. Gómez tuli kardinaali Mahonyn seuraajaksi 1. maaliskuuta 2011, ja siirtymisseremonia pidettiin 27. helmikuuta 2011. Hän on ensimmäinen latinalaisamerikkalainen, joka toimii Los Angelesin arkkipiispana, ja korkea-arvoisin latinalaisamerikkalainen piispa Yhdysvalloissa. Hän sanoi: ”Olen hyvin kiitollinen Pyhälle Isälle siitä, että sain tilaisuuden palvella kirkkoa kardinaali Roger Mahonyn kaltaisen mentorin ja johtajan kanssa. Olen kiitollinen apostoliselle nuntiolle, arkkipiispa Pietro Sambille siitä, että hän on tukenut Pyhän Isän luottamusta minuun. Yritän kaikin voimin ansaita tuon luottamuksen.”
Teologisesti konservatiivisena pidettyä Gómezia pidetään myös ”luonnollisena sovittelijana, jota ihaillaan rikkaiden ja köyhien sekä angloamerikkalaisten ja latinalaisamerikkalaisten katolilaisten yhdistämisestä”. Häntä pidetään konservatiivisempana kuin edeltäjäänsä, kardinaali Mahonya. Tähän uskomukseen puuttuen Mahony kuitenkin sanoi, että ”nämä ’konservatiivin’ ja ’liberaalin’ leimat ovat todella hyödyttömiä kirkon elämässä”, ja ”voin todistaa, että meillä molemmilla on yhteinen sitoutuminen Kristukseen ja kirkkoon ja että me molemmat olemme kiinnostuneita edistämään kirkon opetuksia täysimääräisesti sekä tuomaan Kristuksen sanat ja esimerkin nykypäivän yhteiskuntaan ja maailmaan”. Gómez sanoi myös, että olisi väärin, jos tarkkailijat päättelisivät hänen olevan konservatiivi, koska hän on Opus Dein pappi.
18. syyskuuta 2012 paavi Benedictus XVI nimitti arkkipiispa Gómezin yhdeksi synodin isistä lokakuussa 2012 pidettävän uutta evankeliointia käsittelevän piispainsynodin 13. tavallisen yleiskokouksen isäksi.
24. marraskuuta 2012 hänet nimitettiin sosiaalisen viestinnän paavillisen neuvoston jäseneksi.
31. tammikuuta 2013 Gómez ilmoitti, että emeritusarkkipiispa, kardinaali Roger Mahony ”ei enää hoida mitään hallinnollisia tai julkisia tehtäviä” Los Angelesin arkkihiippakunnassa. Ilmoitus tuli, kun Gomez paljasti papiston seksuaaliseen hyväksikäyttöön liittyviä tiedostojaan. Hän sanoi seuraavaa: ”Minusta nämä asiakirjat ovat raakaa ja tuskallista luettavaa. Näissä tiedostoissa kuvattu käytös on hirvittävän surullista ja pahaa. Ei ole mitään tekosyitä eikä selityksiä sille, mitä näille lapsille tapahtui. Asianomaisilla papeilla oli velvollisuus olla heidän hengellisiä isiään, ja he epäonnistuivat. Meidän on tänään tunnustettava tämä kauhea epäonnistuminen.”
Gómezin johdolla ja hänen siunauksellaan Mark Anchor Albertin perustama julkisoikeudellinen uskovien kanonisen oikeuden mukainen yhdistys Queen of Angels Foundation on vuodesta 2011 lähtien elvyttänyt vanhentuneen tavan sponsoroida mariaanista kulkuetta ja votiivimessua Los Angelesin kaupungin perustamisen muistoksi 4. syyskuuta 1781. Vuodesta 2012 lähtien Gómez on ollut tämän vuotuisen messun pääjuhlijana Nuestra Señora de los Ángelesin (Enkelten neitsyt Marian), Los Angelesin kaupungin ja piirikunnan suojelijan ja nimenantajan, kunniaksi.
Perjantaina 14. marraskuuta 2014 Yhdysvaltain katolisen piispainkokouksen syyskokouksessa arkkipiispa Gomez valittiin yhdeksi delegaatiksi vuoden 2015 maailman perhesynodin piispainkokoukseen Vatikaanin hyväksyntää odotettaessa.
15. marraskuuta 2016 hänet valittiin Yhdysvaltain katolisen piispainkokouksen (USCCB) varapuheenjohtajaksi, ja 12. marraskuuta 2019 hänet valittiin Yhdysvaltain katolisen piispainkokouksen puheenjohtajaksi. Hän on ensimmäinen latino-piispa, joka on koskaan ollut kyseisessä virassa.