Vuosien 1512 ja 1516 välillä taiteilijat Niclaus of Haguenau (veistoksellinen osa) ja Grünewald (maalatut paneelit) loivat tämän kuuluisan alttaritaulun antoniittisääntökunnan luostarikompleksiin Isenheimiin, kylään, joka sijaitsee noin 15 kilometriä etelään Colmarista. Tämän polyptyykin, joka koristi luostarisairaalan kappelin korkeinta alttaria Ranskan vallankumoukseen asti, tilasi Guy Guers, joka toimi laitoksen esimiehenä vuosina 1490-1516.
Isenheimin luostari perustettiin noin vuonna 1300, ja se kuului Pyhän Antoniuksen ritarikuntaan, joka oli perustettu Dauphinén alueella Ranskassa 1100-luvulla. Antonialaisritarikunnan munkit hoitivat keskiajalla yleistyneen kauhean sairauden, Pyhän Antoniuksen palon, uhreja. Tämän onnettomuuden syynä tiedetään nykyään olevan myrkytys, jonka aiheutti ruisruoholla kasvava sieni (torajuuri), joka saastutti leivän valmistuksessa käytetyn ruisjauhon. Ergot sisältää kemikaalia, joka tekee uhrinsa hulluksi ja johtaa käsien ja jalkojen kuolioon, joka johtuu raajojen verenkierron supistumisesta. Hoidtaakseen sairaita antonialaiset tarjoilivat heille hyvälaatuista leipää ja antoivat heidän juoda seosta nimeltä saint vinage, pyhää väkevöityä viiniä, johon munkit olivat ensin liottaneet erityisen yrttisekoituksen ja sitten liottaneet pyhän Antoniuksen pyhäinjäännökset. He valmistivat myös salvaa yrteistä, joilla oli tulehdusta ehkäiseviä ominaisuuksia.
Vähitellen Isenheimin munkit hankkivat rikkaan kokoelman luostarin tilaamia ja rahoittamia taideteoksia, joista yksi oli tämä alttaritaulu. Sitä säilytettiin tässä uskonnollisessa laitoksessa vallankumoukseen asti, ja vuonna 1792 se siirrettiin Ranskan kansalliskirjaston paikalliseen toimipisteeseen säilytettäväksi. Vuonna 1852 se siirrettiin Colmarissa sijaitsevan entisen dominikaaniluostarin Unterlindenin kappeliin, josta tuli tuolloin perustetun museon tärkein aarre, eikä se ole siitä lähtien koskaan lakannut kiehtomasta ja innostamasta kävijöitä.