RevcoEdit
Uuden kumppanin, Bernard Mardenin, kanssa ja hyödyntäen tukkukauppiaana hankkimiaan taitoja hän perusti Odd Lot Trading -nimisen yrityksen, joka toimi loppuunmyytyjen tuotteiden tukku- ja vähittäiskauppiaana. Toukokuussa 1984 he myivät Odd Lotin Revco Discount Drug Storesille ja saivat vastineeksi 12 prosenttia Revcon osakkeista. Pian hän haastoi Revcon johdon saadakseen yrityksen määräysvallan, mutta sai aluksi myönteistä palautetta, mutta hänet hylättiin. Perlmutter ja hänen yhtiökumppaninsa uhkasivat vihamielisellä haltuunotolla, mutta pidättäytyivät lopulta ja myivät osuutensa takaisin Revcolle 120 miljoonalla dollarilla.
ColecoEdit
Perlmutterilla oli läheiset suhteet leluvalmistaja Coleco Entertainment Corporationin johtoon, sillä hän oli ostanut heiltä myymättömiä varastoja jo jonkin aikaa. Kuten alalla on tyypillistä, maksuehdot olivat usein epätavallisia. Colecon kanssa Perlmutter osti myymättä jäänyttä varastoa 50 prosenttia käteisellä ja 50 prosenttia ”barter-mainoshyvityksinä” (periaatteessa lupaus maksaa Colecon tulevat mainoskulut). Neljän vuoden aikana Perlmutter oli saanut 144 miljoonaa dollaria tavaroita ja maksanut 73 miljoonaa dollaria käteisenä sekä tarjonnut 71 miljoonaa dollaria tulevaisuudessa maksettavina mainoshyvityksinä.
Vuonna 1988 hän näki tilaisuuden, kun Coleco kamppaili velkojensa alla henkilökohtaisen tietokoneen tulon vuoksi, joka vaikutti videopelien myyntiin. Perlmutter osti kaikki Colecon etuoikeutetut velat (joiden nimellisarvo oli 85 miljoonaa dollaria) 50 miljoonalla dollarilla eli huomattavalla alennuksella, jolloin hänestä tuli etuoikeutettu velkakirjojen haltijoihin nähden konkurssin sattuessa. Vaikka Perlmutter uskoi, että Colecon konkurssi oli todennäköinen, hän uskoi myös, että Colecon omaisuuden arvon pitäisi riittää kattamaan koko ostamansa 85 miljoonan dollarin arvo. Heinäkuussa 1988 Coleco hakeutui 11 luvun mukaiseen konkurssiin. Joukkovelkakirjojen haltijat, jotka epäilivät Perlmutterin läheistä suhdetta Colecon johtoon, nostivat kanteen Perlmutteria vastaan ja väittivät, että hän oli syyllistynyt vilpilliseen luovutukseen, joka koski mainoshyvityksiä (jotka muodostivat hyvin merkittävän erän Colecon taseessa). Laajojen neuvottelujen jälkeen päästiin sovintoon, jonka mukaan Coleco myytäisiin Hasbro Corporationille 85 miljoonalla dollarilla ja Perlmutter hyväksyisi 64 miljoonaa dollaria nyt 90 miljoonan dollarin saatavastaan (pääoma ja korot) vastineeksi siitä, että hän vetäisi kanteen takaisin.
RemingtonEdit
Vuonna 1994 Victor Kiam myi enemmistöosuuden Remington Productsista Isaac Perlmutterille. Perlmutterista tuli Remingtonin varatoimitusjohtaja. Kiam ja Perlmutter myivät Remingtonin Vestar Capital Partnersille vuonna 1996.
MarvelEdit
Isaac Perlmutter oli Marvel Comicsin hallituksen jäsen huhtikuusta 1993 alkaen ja toimi hallituksen puheenjohtajana maaliskuuhun 1995 asti.
Isaac Perlmutter oli myös Avi Aradin kanssa Toy Bizin (sittemmin Marvel Toys) osaomistaja ostettuaan sen edeltäjän Charan Industriesilta tammikuussa 1990. Toy Biz, Inc. organisoitiin uudelleen Marvelin kaupassa siten, että Perlmutter omisti edelleen alkuperäisen Toy Biz, Inc:n, joka nimettiin uudelleen Zib, Inc:ksi. Zib omisti ulkomaisen myynnin tytäryhtiönsä Toy Biz International Ltd:n, hongkongilaisen yhtiön ja Perlmutterin osuuden uudesta Toy Biz, Inc:stä.
Kun Marvel-konserni meni konkurssiin vuonna 1996, seurasi Perlmutterin, Aradin, Carl Icahnin ja Ronald Perelmanin välillä pitkällisiä oikeustaisteluita yhtiön hallinnasta. Vuoteen 1997 mennessä Perlmutter ja Arad olivat saaneet yhtiön hallintaansa ja syrjäyttäneet Icahnin ja Perelmanin. ToyBiz ja Marvel fuusioitiin Marvel Enterprisesiksi, jotta se saatiin ulos konkurssista kesäkuussa 1998, ja ToyBizistä tuli uuden yhtiön osasto.
30. marraskuuta 2001 Perlmutterista tuli Marvelin varapuheenjohtaja. Hänestä tuli Marvel Comicsin toimitusjohtaja 1. tammikuuta 2005. Hän pysyi Marvel Entertainmentin toimitusjohtajana myös sen jälkeen, kun The Walt Disney Company osti Marvelin 31. joulukuuta 2009. Vaikka Perlmutter sai 800 miljoonaa dollaria käteisenä ja 590 miljoonaa dollaria Disneyn osakkeina yrityskaupan jälkeen, hän ei halunnut paikkaa Disneyn hallituksessa.
Syyskuussa 2015 Perlmutter lakkasi valvomasta Marvel Studiosin kehitystä. Disneyn mielestä studiopäällikkö Kevin Feigen tulisi raportoida suoraan The Walt Disney Studiosin puheenjohtajalle Alan Hornille, jotta kaikki Disneyn elokuvakiinteistöt, mukaan lukien Pixar ja Lucasfilm, olisivat saman johtorakenteen alla. Rakenneuudistuksen väitetään johtuvan Feigen ”turhautumisesta” työskentelyyn Perlmutterin kanssa sekä joistakin Perlmutterin väitetyistä kiistanalaisista kommenteista ja toimista, kuten Terrence Howardin korvaamisesta James Rhodesin rooliin Don Cheadlella, koska mustat ihmiset ”näyttävät samalta”. Henkilö, jolla on tietoa hänen luovasta lähestymistavastaan, sanoi: ”Ike Perlmutter ei syrji eikä välitä monimuotoisuudesta, hän välittää vain siitä, millä hän uskoo tekevänsä rahaa.” Jeph Loeb, joka valvoo Marvel Televisionia ja Marvel Cinematic Universen televisio-ominaisuuksia, raportoi edelleen Perlmutterille vuoteen 2019 asti.