Varhainen esimerkki hypogeumista löytyy minolaiselta pronssikaudelta peräisin olevasta Knossoksen paikasta Kreetalta. Hogan toteaa, että tämä maanalainen holvi oli mehiläispesän muotoinen ja leikattu pehmeään kallioon. Maltan Paolassa sijaitseva Ħal Saflieni Hypogeum on vanhin esimerkki esihistoriallisesta hypogeumista, jonka varhaisin vaihe ajoittuu vuosiin 3600-3300 eaa. Se on maanalaisten kammioiden, salien ja käytävien muodostama kompleksi, jonka pinta-ala on kolmessa kerroksessa noin 500 neliömetriä ja joka on osittain kaiverrettu jäljittelemään temppeliarkkitehtuuria ja joka sisältää laajaa esihistoriallista taidetta. Larnakassa Kyproksella sijaitseva Lefkaritisin hauta löydettiin vuonna 1999.
Hypogeita löydettiin myös dynastisesta Egyptistä, kuten Pohjois-Mazghunan pyramidista, Etelä-Mazghunan pyramidista ja Etelä-Saqqaran eteläisestä pyramidista. Muinaisen Palmyran hypogeat sisälsivät lokuleita, jotka oli suljettu laatoilla, joissa oli veistettyjä muotokuvareliefejä, ja sarkofageja, joiden kansissa oli veistettyjä perhejuhlakohtauksia.
Myöhemmät kristityt rakensivat samankaltaisia maanalaisia pyhäkköjä, kryptejä ja hautakammioita, joita he kutsuivat katakombeiksi. Kyseessä oli kuitenkin vain ero nimessä, ei niinkään tarkoituksessa ja rituaaleissa, ja arkeologiset ja historialliset tutkimukset osoittavat, että ne olivat käytännössä samoja. Werner Jacobsen kirjoitti:
Kuten muutkin kunnianhimoiset roomalaiset, kolmannen ja neljännen vuosisadan piispa-pyhimykset haudattiin tavallisesti kaupunkiensa muurien ulkopuolisille hautausmaille sijoitettuihin hypoteeseihin; usein vain heidän haudoissaan tapahtuneet ihmeet saivat heidän seuraajansa omaksumaan nykyaikaisemmat mallit. Dijonissa pyhimys ja piispa Benignus (k. n. 274) haudattiin suuressa sarkofagissa roomalaisen hautausmaan kammiohautaan. Kuudennella vuosisadalla hauta oli jo kauan sitten rappeutunut ja sitä pidettiin pakanallisena, jopa Langresin piispa Gregorius piti sitä pakanallisena.