Bill ja Flora Hewlett yhdistivät hyväntekeväisyystoimintansa William R. Hewlett Foundationiin, jonka 53-vuotias Bill perusti vuonna 1966 kalifornialaisessa Palo Altossa sijaitsevassa kodissaan. Hallituksen perustajajäseniä olivat Bill, Flora ja pariskunnan vanhin poika Walter Hewlett. Vuosia 1966-1972 kutsuttiin ”olohuoneen vuosiksi”. Flora Hewlett toimi hallituksen jäsenenä, ja Bill Hewlett oli säätiön aktiivinen jäsen kuolemaansa saakka. Bill Hewlett pyrki rahoittamaan vakiintuneita järjestöjä, jotka toimivat hänen kiinnostuksen kohteinaan olevilla aloilla. Kymmenen ensimmäisen vuoden aikana säätiö myönsi lähes 15,3 miljoonaa dollaria koulutukseen, väestöön, esittäviin taiteisiin, ympäristöön, terveyteen ja sosiaalipalveluihin liittyville järjestöille.
Vuonna 1972 säätiön hallitusta laajennettiin lisäämällä siihen William A. Hewlett ja James S. Hewlett. Vuonna 1974 säätiö palkkasi ensimmäisen toimitusjohtajansa John Mayn, joka oli myös San Franciscon säätiön johtaja. Flora Hewlettin kuoltua vuonna 1977 ja hänen muistokseen säätiön nimi muutettiin William and Flora Hewlett Foundationiksi. Pian tämän jälkeen säätiö nimitti Kalifornian yliopiston entisen kanslerin Roger W. Heynsin puheenjohtajaksi ja Bill Hewlettista tuli hallituksen puheenjohtaja. Hallitusta laajennettiin lisäämällä siihen Eleanor Hewlett Gilmon ja Mary Hewlett Jaffe, Billin ja Floran tyttäret. Vuodesta 1981 lähtien säätiön hallituksen enemmistö on koostunut muista kuin perheenjäsenistä.
Säätiö on saanut tunnustusta työstään konfliktinratkaisun, koulutuksen, ympäristönsuojelun, esittävän taiteen ja Bay Arean järjestöjen tukijana.
Vuonna 1993, kun Kalifornian yliopiston entinen rehtori David P. Gardner nimitettiin tehtävään Roger Heynsin seuraajaksi, joka siirtyi eläkkeelle viidentoista vuoden työskentelyn jälkeen, säätiön toiminta-alue laajeni. Säätiö laajensi aiemmin Kaliforniaan rajoittuneen ympäristöasioiden rahoittamisensa koko läntisiin Yhdysvaltoihin ja Kanadaan. Säätiö alkoi myös keskittyä K-12-koulutusuudistuksiin. Gardner otti käyttöön uuden ohjelman, jolla tuettiin Yhdysvaltojen ja Latinalaisen Amerikan välisiä suhteita. Gardner toimi kuusi vuotta.
Gardnerin toimikaudella säätiö otti käyttöön ohjelmapäälliköiden toimikausien rajoittamisen siten, että toimikausi päättyi kuuden vuoden kuluttua, minkä jälkeen sitä voitiin jatkaa kolmella vuodella hallituksen hyväksynnällä. Vuonna 2005 tämä toimikausiraja pidennettiin kahdeksaan vuoteen.
Tammikuussa 2000 säätiön uudeksi puheenjohtajaksi nimitettiin Paul Brest, Stanfordin oikeustieteellisen tiedekunnan entinen dekaani. Hän toimi tehtävässään 12 vuotta. Tammikuun 12. päivänä 2001 Bill Hewlett kuoli 87-vuotiaana sydämen vajaatoimintaan. Brestin presidenttikaudella säätiö alkoi keskittyä myöntämään apurahoja ilmaston lämpenemisen hillitsemiseen ja avoimien opetusresurssien käytön laajentamiseen. Tänä aikana säätiö myös muutti Kalifornian Menlo Parkiin.
Larry Kramer, joka on myös Stanfordin oikeustieteellisen korkeakoulun entinen dekaani, on toiminut säätiön puheenjohtajana vuodesta 2012. Hän esitteli uusia aloitteita, jotka koskevat poliittista polarisaatiota sekä kyberturvallisuutta.
Stephen C. Neal, joka oli toiminut hallituksen jäsenenä vuodesta 2006, nimitettiin hallituksen puheenjohtajaksi ja seurasi Walter Hewlettia.
Säätiön varat ja lahjoitusMuutos
Säätiö myönsi ensimmäisten kymmenen vuoden aikana apurahoja noin 15 dollaria.3 miljoonaa dollaria.
Säätiön lahjoitusvarallisuus jatkoi huomattavaa kasvuaan, sillä Flora Hewlettin kuolinpesä pönkitti sen yli 300 miljoonaan dollariin vuonna 1981 ja säätiön varat nousivat 1990-luvulle tultaessa yli 800 miljoonaan dollariin, mikä oli yli 30-kertainen kasvu.
Vuosina 1993-1999 David P. Gardnerin johdolla säätiön varat kasvoivat yli 2 miljardiin dollariin ja apurahat kasvoivat 35 miljoonasta dollarista vuonna 1993 84 miljoonaan dollariin vuonna 1998.
Vuonna 2000 säätiön varat olivat kasvaneet 3,93 miljardiin dollariin. Tämä kasvoi entisestään Bill Hewlettin kuolinpesän siirron myötä, mikä nosti varat 8,52 miljardiin dollariin ja katapultoi säätiön Amerikan yksityisten säätiöiden viidennelle sijalle.
OECD:n mukaan Hewlett-säätiö myönsi vuonna 2018 kehitysyhteistyöhön 209 miljoonaa dollaria, kaikki avustuksina.