While planned breeding of the Tonkinese didn’t begin born until the 1960s, early versions of the breed in all probability have been around for hundreds of years. Koska burmalaiskissat, joita alun perin kutsuttiin kotimaassaan Kaakkois-Aasiassa ”kuparikissoiksi”, olivat olemassa samoilla alueilla kuin siamilaiset vuosisatojen ajan, suunnitellut tai tahattomat risteytykset vaikuttavat todennäköisiltä. Yksiväriset ruskeat (itsestään ruskeat) kissat ja suklaanruskeat siamilaiset olivat ensimmäisiä kissaeläimiä, jotka tulivat Englantiin Siamista 1800-luvun lopulla, yhdessä sinisilmäisten sealpoint-siamettien kanssa.
Varhaisissa tallenteissa ruskeanvärisiä kissoja kuvaillaan ”siamilaisiksi kissoiksi, joilla on kiiltävän kastanjanruskea turkki ja vihreänsiniset silmät”. Tutkijat uskovat, että nämä tuodut kissat eivät kaikki olleet samoja geneettisiä tyyppejä, vaan edustavat pikemminkin niitä, joita nykyään kutsuttaisiin burmalaisiksi, chocolate point-siameseiksi, tonkineseiksi ja havannanruskeiksi. Tässä vaiheessa niitä on vaikea erottaa toisistaan saatavilla olevien kuvausten perusteella. Ironista kyllä, Wong Mau, burman peruskissa, joka tuotiin Yhdysvaltoihin vuonna 1930, todettiin siamilaisen ja burman risteymäksi, ja nykyään sitä pidettäisiin tonkineseina. Näitä siamilaisia ja yksivärisiä kissoja esiteltiin Euroopassa 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alussa. Pian sen jälkeen tällaiset kissat kuitenkin menettivät suosiotaan. Vuonna 1930 Siamilaiskissakerho ilmoitti: ”Kerho pahoittelee suuresti, ettei se voi kannustaa minkään muun kuin sinisilmäisen siamilaiskissan kasvattamiseen”. Yksiväriset kissat, joilta puuttuivat siniset silmät, kiellettiin näin ollen kilpailemasta, ja ne katosivat kissaharrastuksesta.
Tonkinese sai uuden alun tunnustettuna rotuna 1960-luvun alussa, kun kanadalainen kasvattaja Margaret Conroy risteytti soopelipintaisen burmankissan ja sealpoint-siamenkissan. Risteytyksen tuloksena syntyi temperamentiltaan ja tyypiltään keskitason kissa, jota Conroy alun perin kutsui ”kultaiseksi siameksi”. Kun tonkinese sai alkunsa, sekä burmalainen että siamilainen eivät olleet vielä muuttuneet valikoivalla jalostuksella nykyiseen muotoonsa. Siamilainen ei ollut vielä saavuttanut äärimmäisen tyylikästä näyttelytyyliään, eikä burmalainen ollut vielä yhtä tiivis ja kömpelö eikä sen pään muoto ollut yhtä leveä ja pyöreä. Silti näiden kahden yhdistäminen ja yhtenäisen ja johdonmukaisen pään- ja rungonmuodon saavuttaminen oli Tonkinese-kasvattajille haastavaa.
Jotta rotu erottuisi siamilaisesta, sen nimi muutettiin ”tonkaneseiksi” vuonna 1967. Vuonna 1971 kasvattajat äänestivät nimen muuttamisesta ”tonkineseiksi” Etelä-Kiinan ja Pohjois-Vietnamin edustalla sijaitsevan Tonkininlahden mukaan. Nimi oli houkutteleva, ja siinä oli hieno eksoottinen sointi, vaikka rotu ei ollutkaan peräisin Tonkininlahden alueelta.
Yhteistyössä muiden merkittävien kasvattajien, kuten New Jerseyn Jane Barlettan, kanssa Conroy kirjoitti ensimmäisen rotumääritelmän, joka esiteltiin Kanadan kissaliitolle (Canadian Cat Association, CCA). Tonkinese oli ensimmäinen Kanadassa kehitetty rotu. Vuonna 1971 CCA:sta tuli ensimmäinen kissarekisteri, joka myönsi tonkineseille mestaruuden. CFF tunnusti tonkinesen vuonna 1974; TICA seurasi vuonna 1979, jolloin se perustettiin yhdistykseksi.
Lokakuussa 1979 CFA hyväksyi ”viiden vuoden säännön”, jonka mukaan uusien rotujen oli pysyttävä hiljattain perustetussa ei-kilpailullisessa sekalaisessa luokassa viisi vuotta. CFA myönsi tonkinese-rodulle mestaruusstatuksen vuonna 1984. Vuoteen 1990 mennessä kaikki suuret yhdistykset olivat hyväksyneet rodun mestariksi.