ApE on oma sekvenssieditori, joka käyttää sekvenssien tallentamiseen muokattua GenBank-formaattia. Ohjelmistoa voidaan käyttää sekvenssijälkien kokoamiseen, virtuaalisiin digestointeihin, sekvenssien annotaatioon ja kaavamaiseen sekvenssin esittämiseen. Sen on luonut ja sitä ylläpitää Wayne Davis Utahin yliopistosta. Nykyinen vakaa versio kesäkuussa 2010 on 1.17, ja ohjelmisto toimii Windows-, Mac- ja Unix-käyttöjärjestelmissä. Ohjelmisto on ilmainen, mutta lahjoituksia toivotaan.
Ominaisuudet
käyttöjärjestelmä, dataformaatti
- toimii Windowsissa, OS X:ssä ja Linuxissa/Unixissa
- tukee DNA Strideria, Fastaa, Genbankia, EMBL:n ja ABI:n sekvenssijäljet
- tallentaa tiedot muunnetussa Genbank-tiedostomuodossa (DNA Strider-yhteensopiva)
- exportoi BankIt-ominaisuustaulukon sekvenssin toimittamista varten NCBI:n GenBankiin
- exportoi sekvenssikaavioiden graafiset tiedostot
Sekvenssien merkintä- ja työvälineitä
- esim.olemassa olevat laajennettavat ominaisuustaulukot, joita voidaan käyttää automaattiseen merkintöihin
- sekvenssihakuun, e.esim. alukkeita, koettimia tai restriktiokohtia varten
- restriktiokohtien ja alueiden merkitseminen sekvenssissä ja yksinkertaisessa sarjakuvassa
- näyttää valitun DNA:n translaation, Tm:n, %GC:n, ORF:n
- BLAST-menetelmällä valittu sekvenssi NCBI:ssä tai wormbase:ssa
- virtuaalista digestiä sisältäen geelikaavion
Tekijä reagoi nopeasti asiaan ja sisällytti ehdottamaani BankIT-vientivaihtoehtoa parin päivän kuluessa. –JS 05:50, 30. kesäkuuta 2010 (EDT)
ApE:n viimeisimmissä versioissa (olen törmännyt siihen ainakin versioissa 2.0.39 – 2.0.45, saattaa koskea kaikkia 2.0.X-versioita?), jotka on julkaistu viimeisten ~12 kuukauden aikana, mukaan luettuna tämänhetkinen julkaisu (2.0.45), on vakava vika, joka vaikuttaa kohdistustoimintoon. Joissakin tapauksissa, joissa sekvenssit eroavat toisistaan yhden emäsparin indelin verran, ApE:n antama kohdistustulos on virheellinen, eikä yhteensopimattomia jäännöksiä korosteta punaisella kuten odotetaan. Tämän vuoksi pienet poistumat voivat helposti jäädä huomaamatta, kun sekvensointidataa verrataan odotettuun sekvenssiin. Tämä pitäisi korjata vielä julkaisemattomassa versiossa 2.0.46. Katso vikailmoitus täältä (”Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Käytä varoen! –Damian Ekiert 12:19, 22. helmikuuta 2013 (EST). Nykyisessä versiossa, v2.0.46, ei ole tätä ongelmaa, sanoo vikailmoitus — JM 9/2013
Linkit ApE:n kotisivulle
- ApE:n plasmidieditorin kotisivulle & downloads
- ApE:n wiki kysymyksiin, vastauksiin, ominaisuustarpeisiin, vikailmoituksiin jne.
- lataa uusimmat esikatseluversiot (alphat)
Katso myös
- ApE:n arvostelu softpedian sivuilla
- OWWW-opetusohjelma ApE:n avulla
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA-sekvenssien käsittely
- Biosoftware for Mac
- Sequence analysis