Elämänkierto
Amerikanalligaattori saavuttaa lisääntymisiän noin 10-vuotiaana. Parittelu tapahtuu loppukeväällä. Uros houkuttelee puolisoa ja varoittaa kilpakumppaneita kuormittavalla karjunnalla. Kosiskellessaan naarasta uros painautuu naarasta vasten ja napauttaa naaraan kuonoa kuonollaan. Parittelun jälkeen naaras rakentaa ruohosta ja mudasta kumpupesän. Kumpu voi olla jopa kolme metriä korkea. Sen jälkeen naaras kaivaa takajalkojensa avulla kumpuun syvennyksen ja munii syvennykseen 35-50 munaa. Se peittää munat kasvillisuudella ja vartioi pesää. 
Munat kuoriutuvat hieman yli kuukaudessa. Juuri ennen kuin poikaset alkavat kuoriutua, ne alkavat pitää korkeaa vinkuvaa tai heittävää ääntä. Tämä kertoo naaraalle, että on aika ottaa kasvillisuus pois munista. Pesän lämpötilan perusteella voidaan määrittää poikasten sukupuoli! Jos pesän lämpötila on 82-86°F, poikaset ovat naaraita, jos taas pesän lämpötila on 90- 93°F, kaikki poikaset ovat uroksia! Kun pesän lämpötila on 82°F ja 90°F välillä, poikaset ovat sekä uroksia että naaraita. 
Kun alligaattoripoikaset ovat kuoriutuneet, naaras kantaa ne suussaan tai selällään alas veteen. Kun alligaattoripoikaset ovat vedessä, ne muodostavat ryhmiä tai parvia. Nuoret alligaattorit syövät hyönteisiä, katkarapuja, nuijapäitä, sammakoita ja pieniä kaloja. Naaras puolustaa poikasiaan aggressiivisesti niiden ensimmäisen vuoden aikana, mutta suuret kalat, linnut, pesukarhut, alikissat ja jopa toiset alligaattorit syövät usein nuoria alligaattoreita. Luonnossa amerikanalligaattori voi elää 35-vuotiaaksi. Vankeudessa se voi elää 50-vuotiaaksi.
Käyttäytyminen
Erittäin kylmällä ja erittäin kuumalla säällä amerikanalligaattori saattaa kaivaa mutaan luolan tai alligaattorikuopan. Alligaattorikuopat täyttyvät usein vedellä ja tarjoavat elinympäristöjä kaloille sekä juottopaikkoja linnuille ja muille eläimille. Amerikanalliaattori ei lepää talvihorroksessa, mutta hyvin kylmän sään aikana se saattaa vaipua horrokseen. 
Amerikanalligaattoria metsästettiin aikoinaan sen lihan ja nahan vuoksi. Sen kanta on aikoinaan pienentynyt niin dramaattisesti, että se on listattu uhanalaiseksi lajiksi. Nykyään sen kanta on kasvanut, ja se on listattu uhanalaiseksi lajiksi. Sitä ei ole luokiteltu uhanalaiseksi siksi, että sen määrä olisi vaarallisen alhainen, vaan siksi, että se muistuttaa niin paljon amerikkalaista krokotiilia, joka on uhanalainen laji.