Kaikki nykyisen Allstonin alue oli osa Brightonia. Vuonna 1807 kaupunki erosi Cambridgesta. Allston ei ole koskaan ollut olemassa erillisenä poliittisena kokonaisuutena. Brighton liitettiin Bostonin kaupunkiin vuonna 1874. Vuonna 1868 Brightonin länsiosaan perustettiin uusi postitoimisto ja rautatielinja. Ne nimettiin Allstoniksi Allston Washingtonin mukaan, taidemaalarin, joka oli asunut ja työskennellyt Charles-joen toisella puolella Cambridgen Cambridgeportin kaupunginosassa.
Allston vaurastui nopeasti karjankasvatuksen ja rautatien rakentamisen ansiosta. Karjanhoito loppui kuitenkin 1900-luvun puolivälissä. Allston tunnetaan yhtenä harvoista taiteilijan mukaan nimetyistä yhteisöistä Yhdysvalloissa.
National Football Leaguen Boston Patriots (nykyisin New England Patriots) pelasi yhden kauden Allstonissa (vuonna 1970) Harvard Stadiumilla. Boston Braves pelasi Braves Fieldillä (nykyinen Bostonin yliopiston Nickerson Field) vuosina 1915-1952.