A associação entre enxaqueca e distúrbios gastrointestinais funcionais tem sido confirmada por muitas observações clínicas e estudos epidemiológicos. Na maioria dos pacientes durante os ataques de enxaqueca, além de vários sintomas neurológicos e vasculares, ocorrem distúrbios gastrointestinais, incluindo náuseas, vómitos, dor abdominal ou diarreia. Também são relatados distúrbios gastrointestinais funcionais, como a síndrome do intestino irritável (SII), em pacientes de enxaqueca nos períodos entre os ataques. Por outro lado, 23-53% dos pacientes com SII têm dores de cabeça freqüentes. A enxaqueca e a SII muitas vezes coexistem com fibromialgia e outras síndromes de dor crônica e distúrbios funcionais. A enxaqueca e a SII afetam aproximadamente 10-20% da população em geral, geralmente adultos jovens. Ambas as doenças são mais prevalentes nas mulheres, talvez devido ao papel do estrogênio em sua patogênese. Procurando os mecanismos patogênicos comuns da SII e da enxaqueca, está-se considerando o papel do eixo cérebro-estômago, as interações neuroimunes e neuroendócrinas. A influência do estresse na ocorrência e gravidade dos sintomas parece estar associada com a hiperatividade do eixo hipotalâmico-hipófise-adrenal. O sistema nervoso entérico como fonte de numerosos neurotransmissores e reflexos viscerais é um elo patogênico comum plausível entre a SII e a enxaqueca. Em particular, a serotonina, sendo o principal neurotransmissor do trato gastrointestinal, desempenha um papel relevante na patogênese da SII, assim como a enxaqueca. Atualmente, os agonistas e antagonistas dos receptores serotoninérgicos são os fármacos mais eficazes para a SII e para a enxaqueca. Alguns efeitos secundários dos triptanos, agonistas 5-HT(1B/D), utilizados no tratamento da enxaqueca, podem estar relacionados com a influência dos triptanos sobre as funções gastrointestinais. Uma melhor compreensão da relação entre a enxaqueca e a SII pode resultar num tratamento mais eficaz de ambas as doenças.