Ramachandran-plotet og strukturkvalitet
Den højere opløsning af røntgendata giver normalt en tredimensionel struktur af højere kvalitet. Ud fra plottene er det let at se, at nogle regioner indeholder mange flere prikker end andre. Disse kaldes tilladte regioner, og de tilsvarende vinkler kaldes tilladte, eller gunstige vinkler (røde og brune regioner). Andre regioner er mindre gunstige og er dårligt besat i strukturer af god kvalitet (gul farve). Dette er et resultat af sterisk hindring – visse rotationer rundt om polypeptidkæden vil bringe atomerne for tæt på hinanden, hvilket skaber sterisk frastødning. Derfor tjener Ramachandran-plottet som en vigtig indikator for kvaliteten af tredimensionelle strukturer – en struktur af god kvalitet forventes at have alle sine torsionsvinkler inden for de tilladte områder af plottet (billedet til højre).
Derimod kan vi nogle gange finde aminosyrer med “forkerte” torsionsvinkler af en god grund – den belastning (høj energi), der skabes i en struktur af nogle rester inden for ugunstige vinkler, kan bruges af proteinet til visse formål og kan have funktionel betydning (Pal og Chakrabarti, 2002). En anden undtagelse fra princippet om klynge omkring α- og β-regionerne er givet af glycin. Gly har ikke en sidekæde, hvilket giver høj fleksibilitet i polypeptidkæden, hvilket gør ellers forbudte rotationsvinkler tilgængelige. Det er derfor, at glycin ofte findes i loop-regioner, hvor polypeptidkæden skal foretage en skarp drejning. Som nævnt ovenfor fastholder prolin i modsætning til glycin torsionsvinklerne på en bestemt værdi, der ligger meget tæt på den værdi, der gælder for en forlænget β-streng.
Theoretisk set er de gennemsnitlige phi- og psi-værdier for α-helixer og β-blade grupperet omkring henholdsvis -57, -47 og -80, +150. For virkelige eksperimentelle strukturer viste det sig imidlertid, at disse værdier var forskellige. I en artikel af Hovmöller et al., 2002, download pdf, præsenteres en detaljeret diskussion af den fine struktur af φ- og ψ-vinkelfordelingen i Ramachandran-plottet (hvis du bliver bedt om login på siden, skal du bare annullere, så virker det stadig).