I eukaryote transkription af mRNA’er genkendes terminatorsignaler af proteinfaktorer, der er associeret med RNA-polymerase II, og som udløser termineringsprocessen. Når poly-A-signalerne er transskriberet i mRNA’et, overfører proteinerne cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) og cleavage stimulation factor (CstF) fra det carboxylterminale domæne af RNA-polymerase II til poly-A-signalet. Disse to faktorer rekrutterer derefter andre proteiner til stedet for at kløve transkriptet og frigøre mRNA’et fra transkriptionskomplekset og tilføje en streng på ca. 200 A-repeats til 3′-enden af mRNA’et i en proces, der kaldes polyadenylering. Under disse behandlingstrin fortsætter RNA-polymerasen med at transskribere i flere hundrede til et par tusinde baser og dissocierer sig til sidst fra DNA’et og downstream-transkriptet ved hjælp af en uklar mekanisme; der findes to grundlæggende modeller for denne begivenhed, kendt som torpedo- og allosteriske modeller.
TorpedomodelRediger
Når mRNA’et er færdiggjort og spaltes af ved poly-A-signalsekvensen, forbliver den resterende (rest-) RNA-streng bundet til DNA-skabelonen og RNA-polymerase II-enheden og fortsætter med at blive transskriberet. Efter denne kløvning binder en såkaldt exonuklease sig til den resterende RNA-streng og fjerner de nyligt transskriberede nukleotider et ad gangen (også kaldet “nedbrydning” af RNA’et), idet den bevæger sig hen imod den bundne RNA-polymerase II. Denne exonuklease er XRN2 (5′-3′ Exoribonuklease 2) hos mennesker. I denne model foreslås det, at XRN2 fortsætter med at nedbryde det uindkapslede resterende RNA fra 5′ til 3′, indtil det når RNA pol II-enheden. Dette får exonukleasen til at “skubbe” RNA pol II-enheden af, når den bevæger sig forbi den, hvilket afslutter transkriptionen og samtidig renser den resterende RNA-streng.
I lighed med Rho-afhængig terminering udløser XRN2 dissocieringen af RNA-polymerase II ved enten at skubbe polymerasen af DNA-skabelonen eller trække skabelonen ud af RNA-polymerasen. Den mekanisme, hvorved dette sker, er dog fortsat uklar og er blevet udfordret til ikke at være den eneste årsag til dissociationen.
For at beskytte det transskriberede mRNA mod nedbrydning af exonukleasen, tilføjes der en 5′-hætte til strengen. Dette er et modificeret guanin, der tilføjes foran på mRNA’et, hvilket forhindrer exonukleasen i at binde sig og nedbryde RNA-strengen. En 3′-poly(A)-hale tilføjes til enden af en mRNA-streng for også at beskytte mod andre exonukleaser.
Allosterisk modelRediger
Den allosteriske model antyder, at terminering sker på grund af den strukturelle ændring af RNA-polymeraseenheden efter binding til eller tab af nogle af dens associerede proteiner, hvilket får den til at løsne sig fra DNA-strengen efter signalet. Dette ville ske, efter at RNA pol II-enheden har transskriberet poly-A-signalsekvensen, der fungerer som et terminatorsignal.
RNA-polymerase er normalt i stand til at transskribere DNA til enkeltstrenget mRNA effektivt. Ved transkription over poly-A-signalerne på DNA-skabelonen induceres der imidlertid et konformationsskift i RNA-polymerasen som følge af det foreslåede tab af associerede proteiner fra dens carboxylterminale domæne. Denne konformationsændring reducerer RNA-polymerasens processivitet, hvilket gør enzymet mere tilbøjeligt til at adskille sig fra sit DNA-RNA-substrat. I dette tilfælde afsluttes termineringen ikke ved nedbrydning af mRNA, men formidles i stedet ved at begrænse RNA-polymerasens elongationseffektivitet og dermed øge sandsynligheden for, at polymerasen dissocierer og afslutter sin aktuelle transkriptionscyklus.