Stephen Jay Gould, (født 10. september 1941 i New York, New York, USA – død 20. maj 2002 i New York), amerikansk palæontolog, evolutionsbiolog og videnskabelig forfatter.
Gould blev uddannet fra Antioch College i 1963 og fik en ph.d. i palæontologi på Columbia University i 1967. Han blev ansat på fakultetet ved Harvard University i 1967 og blev fuld professor der i 1973. Goulds egen tekniske forskning fokuserede på evolution og artsdannelse hos vestindiske landsnegle. Sammen med Niles Eldredge udviklede han i 1972 teorien om punktuelt ligevægt, en revision af Darwins teori, der foreslår, at skabelsen af nye arter gennem evolutionære forandringer ikke sker med langsomme, konstante hastigheder over millioner af år, men snarere i hurtige udbrud over perioder så korte som tusinder af år, som derefter efterfølges af lange perioder med stabilitet, hvor organismerne kun undergår få yderligere forandringer. Goulds teori blev modsat af mange, herunder den amerikanske biolog Edward O. Wilson, som mente, at evolutionen i bund og grund er progressiv og fører fra det simple til det komplekse og fra det dårligere tilpassede til det bedre.
Gould hævdede også, at populationsgenetik er nyttig – ja, faktisk altafgørende – til at forstå relativt små eller kortvarige evolutionære ændringer, men at den ikke er i stand til at give indsigt i store eller langvarige ændringer, som f.eks. den kambriske eksplosion. Man må henvende sig til palæontologien i sig selv for at forklare disse forandringer, som meget vel kan involvere udryddelser forårsaget af udenjordiske kræfter (f.eks. kometer) eller nye former for selektion, der kun virker på højere niveauer end den enkelte organisme. Som det var tilfældet med Goulds teori om evolutionære forandringer, tiltrak meget af hans senere arbejde sig kritik fra andre videnskabsmænd.
Afhængigt af sin tekniske forskning blev Gould bredt kendt som forfatter, polemiker og popularisator af evolutionsteorien. I sine bøger Ontogeny and Phylogeny (1977), The Mismeasure of Man (1981), Time’s Arrow, Time’s Cycle (1987), og Wonderful Life (1989), har han optegnet forløbet og betydningen af forskellige kontroverser i evolutionærbiologiens, intelligenstestningens, geologiens og palæontologiens historie. Fra 1974 bidrog Gould regelmæssigt med essays til tidsskriftet Natural History, og disse blev samlet i flere bind, bl.a. Ever Since Darwin (1977), The Panda’s Thumb (1980), og Hen’s Teeth and Horse’s Toes (1983). I Rocks of Ages: Science and Religion in the Fullness of Life (1999), afviste Gould, der dengang var præsident for American Association for the Advancement of Science, det arbejde, der blev udført af personer, der forsøgte at integrere videnskab og religion. Ifølge Gould har videnskab og religion aldrig været i krig, men bør forblive adskilt. Goulds videnskabelige forfatterskab er kendetegnet ved en yndefuld litterær stil og evnen til at behandle komplekse begreber med absolut klarhed.