Missionen San Buenaventura blev grundlagt den 31. marts 1782 og er den niende i missionskæden, den sidste, der blev grundlagt i Fader Serras levetid, og en af de seks missioner, som han personligt indviede. Missionen blev opført som en del af Santa Barbara Channel-afsnittet, der omfattede missionerne i Santa Barbara og La Purísima samt El Presidio i Santa Barbara.
Fædrene, der allerede havde tre missioner i den nordlige og tre i den sydlige del af Californien, frygtede et indianeroprør i statens midterste del af staten. De mente, at et indianeroprør kunne være ødelæggende på grund af områdets terræn. Bjergene i Santa Barbara Channel-området skråner graciøst nedad mod havet og efterlader kun lidt plads til passage. Missionærerne frygtede, at vrede indianere let kunne dele staten og begrænse spanierne til kommunikation ad søvejen. Oprøret fandt aldrig sted, og Mission San Buenaventura fortsatte som en stor landbrugsproducent.
Indianerne i området var Chumash, som dækkede området fra Ventura nordpå til San Luis Obispo. Chumash var den mest avancerede af alle missionsstammerne. Ved hjælp af kanoer, som f.eks. denne kopi af plankekanoen, rejste Chumash ofte til Santa Barbara Channel Islands, der lå op til 65 miles fra fastlandet. Chumash var dygtige til at lave kurve, et mål, som spanierne ofte brugte til at bedømme en indianerstammes intelligens. Indianerne brugte kurvene til madlavning, fangst af fisk og transport af vand.
Under ledelse af Padre Cambon byggede de indfødte en syv mil lang akvædukt, der bragte vand fra Ventura-floden til denne vandfiltreringsbygning. Den fik det passende navn el caballo, som betyder “hest” på spansk, fordi det siges, at udløbet lignede et hestehoved. El caballo inspirerede senere til rædsel og foragt, da den blev omdannet til et fængsel.
Unique for Mission San Buenaventura er disse træklokker. De blev brugt i den hellige uge, mellem palmesøndag og påske, mens metalklokkerne var tavse. Selv om de helt sikkert er originaler, er deres oprindelse et mysterium.
Efter en række jordskælv og en ledsagende flodbølge i 1812 er kirken blevet smukt restaureret; den indeholder et 400 år gammelt krucifiks fra Filippinerne. I midten over tabernaklet ses den hellige Bonaventure, missionens protektor. Kirken fremhæver også en helligdom af Nuestra Señora de Guadalupe.