Fysiografi
Rhône-floden udspringer i de schweiziske alper, opstrøms fra Genevesøen. Den opstår i en højde af ca. 1.830 meter og udspringer af Rhône-gletsjeren, som går ned ad sydflanken af Dammastock, en næsten 3.700 meter høj top på næsten 12.000 fod. Floden gennemløber derefter Gletsch-bækkenet, hvorfra den slipper ud gennem en kløft, og løber langs bunden af Goms-dalen i en højde på mellem 1.200 og 1.400 meter. Derefter går den ind i endnu en kløft, inden den når frem til Valais-sletten, der strækker sig mellem byerne Brig og Martigny, og falder mellem 700 og 500 meter nedad i højden. Når floden krydser dette høje og barske bjergområde, benytter den sig successivt af to strukturelle lavninger: den første løber mellem to gamle krystallinske klippemassive – Aare og Gotthard – og længere nede ad floden løber den anden mellem de bueformede klippemasser i Berner Alperne og, mod syd, den massive klippevæg i Pennine Alperne. Fra Brig og fremefter ændrer landskabet sig. I løbet af den sidste istid pløjede en stor gletsjer, der blev fodret af flere små gletsjere, ned gennem Valais’ dalbund, og bortset fra nogle hårdere klippehindringer, der findes nær byen Sion, lykkedes det ham at udvide og uddybe den smalle dalbund. Samtidig holdt den både den øvre del af Rhône og de af dens bifloder, der kommer ned fra Pennine-alperne, tilbage. Da indlandsisen trak sig tilbage, skar både bifloderne – Vispa, Navigenze, Borgne og Drance – og Rhône nye dybe kløfter for at forbinde deres nedre løb med den nye dalbund. Disse kløfter har skabt betydelige vanskeligheder for moderne transportmidler og har gjort det nødvendigt at etablere en række vejforbindelser med hårnålesving.
Efter Martigny, hvor dalbunden er bredere, skubber den unge Rhône sig mod nord i en ret vinkel og skærer sig gennem Alperne i en tværgående dal. I begyndelsen, nær byen Saint-Maurice, er det ikke andet end en lille kløft, men den bliver snart bredere og fladere. Også her er der strukturelle faktorer, der har bidraget til flodens forløb, nemlig et fald i de krystallinske bjergmassive, der løber fra Mont Blanc til Aare, og en diskontinuitet mellem kalkstensmasserne i Dents du Midi og Dent de Morcles. På den anden side af bjergbarrieren kommer Rhônes mudrede vand ind i en anden bred slette omgivet af høje bjerge og dykker derefter ned i Genevesøens klarere og mere stille vand og danner et voksende delta.
Den anden sektor af Rhônes forløb begynder med Genevesøen, der er stor (224 kvadratmil ) og dyb (1.000 fod ) og ligger mellem Schweiz og Frankrig i et bassin, der er udhulet af det mindre modstandsdygtige terræn af den tidligere Rhône-gletsjer. Efter at have forladt Genevesøen, som har drejet flodens løb mod sydvest og fjernet sedimenterne fra dens vand, får Rhône meget hurtigt den mælkeagtige farve, der er så karakteristisk for alpine floder, tilbage. Lige under byen Genève modtager den sin kraftige biflod Arve, som strømmer ned fra Mont Blancs gletsjere.
Fra sit sammenløb med Arve til den franske by Lyon skal Rhônen krydse en vanskelig forhindring, nemlig den bølgende række af højdedrag, der udgør Jurabjergene. Det gør den ved at skære gennem dybe langsgående dale, kaldet vaux, og tværgående dale, kaldet cluses, som blev dannet, da Jurabjergene blev løftet op under den alpine orogenese. Som følge heraf følger floden et kompliceret zigzagforløb. Ved byen Bellegarde får floden nordfra forbindelse med Valserine, og når den svinger mod syd, styrter den ned i en dyb kløft, der i dag er oversvømmet af den 22 km lange Génissiat-reservoir. I de bredere dele af sit løb i denne region løber Rhône gennem af gletsjere udgravede bassiner, som dens egne aflejringer knap nok har fyldt op, hvilket med mellemrum skaber sumpede områder. Den har også forbindelse med Ain fra nord og, på venstre bred, med Fier og Guiers. Herefter udvider floden sig, idet terrænet bliver mindre kuperet, og ved Le Parc (ca. 95 sømil over Lyon) bliver den officielt sejlbar, selv om gennemsnitsdybden ikke er mere end 1,5 m.
I Lyon går Rhône ind i sin tredje sektor og bevæger sig sydpå mod Middelhavet, idet dens forløb er præget af den store nord-sydgående alpefure, som også afvandes af dens vigtigste biflod, Saône. Sidstnævnte ligger i de bassiner, som istidens gletsjere har udhulet mellem Jurabjergene mod øst og, længere mod vest, den østlige kant af Pariserbækkenet og Centralmassivets højland. Det udgør en vigtig handelsforbindelse til de industrialiserede regioner i Nordfrankrig. Fra byen Lyon og fremefter ligger floden i det trug, der ligger mellem Centralmassivet og Alperne, en kanal, som det palæogene og neogene hav (for ca. 66 til 2,6 mio. år siden) steg op ad, og som dækker den nuværende Rhône-dal i Frankrig. (Det er almindeligt at skelne mellem to Rhône-dale: den ene i Schweiz og den anden i Frankrig. Den franske Rhône-dal er opdelt i den øvre Rhône-dal, som strækker sig fra den schweiziske grænse til Lyon, og den nedre Rhône-dal, som strækker sig fra Lyon til Middelhavet). Et vandområde, Bresse-søen, breder sig over Saône-bækkenet. I denne sø løb en flod ud – den nuværende Rhinen – som derefter flød sydpå gennem dalen og ud i Saône-bækkenet. Senere tektoniske bevægelser fik Rhinen til at vende sin strømning, og Doubs, en biflod til Saône, følger nu delvist det tidligere afvandingsmønster for Rhinen. For ca. 5 millioner år siden blev havbugten løftet op for at blotlægge Rhônedalen (i det moderne Frankrig), og Bresse-søen blev drænet ud mod syd gennem Saône-floden.
Og selv om Rhône-Saône-korridoren er underlejret af sedimenter, der er aflejret i den palæogene og neogene periode, er en stor del af dens nuværende overflade dannet af affald, der er aflejret af dalgletsjere, som bredte sig fra Alperne i den pleistocæne epoke (for ca. 2.588.000 til 11.700 år siden). Disse sedimenter var medvirkende til at skære dybe kanaler gennem kanten af det krystallinske Centralmassiv, som det kan ses ved Vienne og Tain. Den nedre del af Rhônedalen har derfor form af en række kløfter og bassiner, hvor sidstnævnte ofte har en række terrasser, der svarer til variationer i isens og flodens niveau. Selv om bifloderne – især Ardèche – der strømmer ned i Rhône fra Centralmassivet, er frygtindgydende, når der er oversvømmelse, er de store alpine floder – Isère og Durance, der støder op til venstre bred – de vigtigste med hensyn til deres indvirkning på aflejringer i flodlejet og på vandmængden. Under Mondragon bliver den nedre Rhône-dal bredere, og det, der engang var et sumpet landskab, der var åbent for oversvømmelser, er blevet reguleret af en række dæmninger og kanaler.
Flodens delta begynder nær Arles og strækker sig ca. 40 km ud til havet. Flodens tvillingekanaler, Grand og Petit Rhône, omslutter Camargue-området. Denne region, der er dannet af alluvium, strækker sig løbende ud i Middelhavet. De finere materialer transporteres af strømmene på land og danner kystens barrierestrande og sandbankerne, der lukker Étang de Berre. En del af deltaet er blevet udlagt som naturreservat for at beskytte føde- og ynglepladserne for flamingoer, hejreder, ibis og andre sjældne arter. Siden 1962 er den venstre bred af Fos blevet omdannet til et stort industrikompleks bestående af havnefaciliteter, raffinaderier, olielagertanke og stålværker.