I 1700-tallet adskilte Ponca-indianerne sig fra Omaha-stammen og etablerede landsbyer langs Niobrara-floden og Ponca Creek i det nuværende Nebraska og South Dakota. Her ernærede de sig ved hjælp af havebrug og bisonjagt. Indtil ankomsten af Teton Sioux’erne omkring 1750 strakte Poncas territorium sig fra Missourifloden til Black Hills. Kopper og andre sygdomme i det attende og nittende århundrede reducerede deres antal. Sioux-krigsførelse tvang dem til at trække sig tilbage til et område nær Niobrara-flodens udmunding.
Poncaerne førte aldrig krig mod USA, som de underskrev deres første fredstraktat med i 1817. En handelsaftale fulgte i 1825. I 1858 og 1865 underskrev Ponca’erne også traktater om afgivelse af land til gengæld for militær beskyttelse og økonomisk bistand. I 1860’erne og 1870’erne bragte tørke, mislykkede bisonjagter og en uophørlig sioux-trussel Ponca på randen af hungersnød. I stedet for at overholde sine traktatforpligtelser afstod USA Ponca-land til siouxerne i 1868. I stedet for at genforhandle Sioux-traktaten flyttede den føderale regering Ponca’erne til indianerterritoriet i 1877.
Ponca’ernes flytning blev groft fejlbehandlet. USA undlod ikke blot at indhente Ponca-chefernes samtykke, men undlod også at sørge for et reservat med passende faciliteter. Ifølge nogle skøn omkom næsten 158, næsten en tredjedel af stammen, i løbet af de første år i Oklahoma. Efter sin søns død i 1878 vendte Ponca-underhøvding Standing Bear tilbage til Nebraska med en gruppe tilhængere. Hans anholdelse og retssag førte til en skelsættende afgørelse i den føderale indianske retspraksis. Domstolen fastslog i Standing Bear v. Crook (1879), at indianere blev anerkendt som personer i henhold til det fjortende tillæg og derfor kunne sagsøge for deres rettigheder. Afgørelsen opdelte stammen i nordlige og sydlige bånd, da Standing Bear’s tilhængere fik lov til at blive i Nebraska.
De sydlige Ponca under den vigtigste høvding White Eagle bosatte sig på et 101.000 acre stort reservat nær sammenløbet af floderne Salt Fork og Arkansas i Cherokee Outlet (de nuværende Kay og Noble amter i Oklahoma). De etablerede vinterlejre langs Arkansas-floden, og de fortsatte med at praktisere deres stammeskikke. De udlejede det meste af deres jord til euroamerikanske landmænd og ranchejere, herunder brødrene Miller fra 101 Ranch.
Ponca-kulturen kom under pres i 1880’erne og 1890’erne. Agenter og missionærer forsøgte at afskaffe traditionelle danse, ægteskabspraksis og religiøse skikke. På trods af stammens modstand pålagde regeringen dem også sin tildelingspolitik i 1892, hvilket resulterede i den endelige afhændelse af en stor del af deres jord. Poncaerne kom igen under pres, efter at oliemanden Ernest Whitworth Marland i 1911 opdagede olie i og nær deres reservat. Udviklingen af Ponca- og Tonkawa-oliefelterne skabte miljøproblemer, hvilket tvang Ponca’erne til at forlade deres vinterlejre langs Arkansas-floden og flytte til individuelle tildelinger.
Trods dette pres fortsatte Ponca’erne med at forme deres kultur. Mange tilsluttede sig Miller Brothers’ 101 Ranch Wild West Show, som gav dem mulighed for at genopføre aspekter af deres traditionelle livsstil. Indførelsen af peyote-religionen gav dem mulighed for at etablere deres egen version af kristendommen. To veluddannede unge Ponca’er, Frank Eagle og Louis McDonald, var medstiftere af Native American Church i 1918.
I 1919 dannede Ponca-veteraner fra Første Verdenskrig en afdeling af American Legion kaldet Buffalo Post 38. Denne organisation genoplivede sådanne traditionelle krigsrelaterede praksisser som Ponca-krigsdansen (heluska). Dansen forblev det centrale udtryk for den traditionelle Ponca-kultur. I hele Oklahoma var poncaerne kendt for deres viden om sange og danse. De ydede vigtige bidrag til udviklingen af powwow-kulturen på de sydlige sletter. I 1926 blev Gus McDonald kronet som den første verdensmester i fancy dancer, hvilket gav Ponca’erne æren af at arrangere verdensmesterskaberne hvert år. Den årlige Ponca powwow, en af de ældste powwows i Oklahoma, afholdes hvert år i august.
I 1950 organiserede Ponca’erne en stammeadministration i overensstemmelse med Oklahoma Indian Welfare Act fra 1936. Stammehovedkvarteret er beliggende i White Eagle, otte km syd for Ponca City. I 1961 var Clyde Warrior, en Ponca-aktivist, medstifter af National Indian Youth Council. Warriors opfordring til stammens selvbestemmelse banede vejen for en ny generation af indianske aktivister i 1960’erne og begyndelsen af 1970’erne.
Turbulens prægede Ponca-stammens politik i 1970’erne og 1980’erne. Beskyldninger om svindel og dårlig ledelse førte til en høj udskiftningsprocent af embedsmænd i stammens forretningsudvalg, stammens styrende organ. Da den føderale regering reducerede stammens finansiering i 1980’erne, startede komitéen en bingodrift for at øge indtægterne. I øjeblikket er indiansk spil et af de mest omstridte spørgsmål mellem staten Oklahoma og Ponca-samfundet.
Relationerne mellem Ponca i Oklahoma og Ponca i Nebraska blev forbedret, efter at den amerikanske regering i 1990 gengav sidstnævnte anerkendelse til sidstnævnte. Siden da har begge parter samarbejdet om adskillige spørgsmål, herunder repatriering af menneskelige rester og artefakter i henhold til NAGPRA-loven (Native American Graves Protection and Repatriation Act). En af de største udfordringer for Oklahomas Ponca-samfund er bevarelsen af deres sprog og kulturelle traditioner. I 2003 havde Ponca-stammen i Oklahoma 2 549 indskrevne medlemmer.