I de områder, hvor der ikke foretages kunstvanding, kan de forskellige zoner af planteliv groft opdeles efter mængden af nedbør.
Tropisk regnskov findes langs Nil-Kongo-kløften, i dele af Lake Plateau og i det sydvestlige Etiopien. Varme og rigelig nedbør giver tætte skove med et stort udvalg af tropiske træer og planter, herunder ibenholt, banan, gummi, bambus og kaffebuske. Blandet skov- og græsland (savanne), der er karakteriseret ved en sparsom vækst af tyndt løvede træer af middelhøjde og en bunddække af græs og flerårige urter, forekommer i store dele af Lake Plateau, i dele af det etiopiske plateau, i det område, der grænser op til den Blå Nil nær Al-Ruṣayriṣ, og i den sydlige Al-Ghazāl River region.
På de sudanesiske sletter er der en blanding af tynd busk, tornede træer og åbne græsarealer fremherskende. Dette område er sumpet i regntiden, især i Al-Sudd-regionen i det centrale Sydsudan, som har et areal på næsten 100.000 kvadratkilometer. Vegetationen der omfatter papyrus, høje bambuslignende græsser, rørhvene eller turor, vandsalat, en art af convolvulus og den sydamerikanske vandhyacint.
Nord for 10° nordlig bredde findes et bælte af tornede savanne- eller frugtbuskland, der er karakteriseret ved små spredte træbevoksninger, tornbuske og – efter regn – græs og urter. Nord for dette område falder nedbøren imidlertid, og vegetationen bliver tyndere, således at landskabet er oversået med små tornede buske, for det meste akaciebuske. Fra Khartoum og nordpå er der ægte ørken, med sparsomme og uregelmæssige nedbørsmængder og ingen permanent vegetation bortset fra nogle få forkrøblede buske. Græsser og små urter kan være spredt langs afvandingslinjerne efter nedbør, men de dør væk i løbet af få uger. I Egypten er vegetationen nær Nilen næsten udelukkende et resultat af kunstvanding og dyrkning.
Der findes mange forskellige fiskesorter i Nilsystemet. Bemærkelsesværdige blandt dem, der findes i det nedre nilsystem, er nilaborren (som kan nå en vægt på mere end 175 pund), bolti (en art af Tilapia), barber, flere arter af havkat, elefantnæsefisk og tigerfisk, eller vandleopard. De fleste af disse arter og den sardinlignende Haplochromis, lungefisk og mudderfisk findes så langt opstrøms som Victoriasøen. Den almindelige ål trænger så langt sydpå som Khartoum, og pigålen findes i Victoriasøen.
Malet specielt for Encyclopædia Britannica af Tom Dolan, under tilsyn af Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
Nilkrokodillen, der findes i de fleste dele af floden, er endnu ikke trængt ind i søerne i det øvre Nil-bassin. Andre krybdyr, der findes i Nilbækkenet, omfatter bløde skildpadder, tre arter af varaner og omkring 30 arter af slanger, hvoraf mere end halvdelen er giftige. Flodhesten, der engang var almindelig i hele Nilsystemet, findes nu kun i Al-Sudd-regionen og i syd.
© Digital Vision/Getty Images
Mange stimer af fisk, der ernærede sig i Nilens vand i Egypten i oversvømmelsessæsonen, er blevet reduceret eller er forsvundet siden opførelsen af den høje Aswan-dæmning. De fleste af Nilens fiskearter var vandrere, og dæmningen har forhindret mange af dem i at vandre til Nasser-søen. Nedgangen i antallet af ansjoser i det østlige Middelhavsområde er også blevet tilskrevet den alvorlige reduktion i udstrømningen af vandbårne næringsstoffer som følge af dæmningen. Nasser-søen er imidlertid blevet udviklet til et kommercielt fiskeri, hvor nilaborre og andre arter trives.