DraftBearbejd
O’Neill blev draftet af Reds i fjerde runde af 1981 Major League Baseball-draften.
Cincinnati Reds (1985-1992)Rediger
O’Neill fik sin debut i Major League den 3. september 1985 og slog et singlet i sit første slag. I resten af 1985-sæsonen spillede O’Neill i fem kampe med fire hits og en RBI. Han tilbragte det meste af 1986-sæsonen i underholdningsligaen. Han spillede kun i tre kampe med Major League-holdet i 1986 og fik ikke et hit i Majors det år. O’Neill delte sin tid mellem de mindre hold og Major League-holdet i 1987. Han optrådte i 84 kampe for Reds det år og slog .256 med syv homeruns og 28 RBI.
O’Neill i 1996
I 1988, hans første fulde sæson med Reds, spillede O’Neill 145 kampe og slog .252 med 16 homeruns og 73 RBI. O’Neill spillede 117 kampe i 1989 og slog .276 med 15 homeruns og 74 RBI.
I 1990 spillede O’Neill 145 kampe og slog .270 med 16 homeruns og 78 RBI. O’Neill slog .277 i eftersæsonen 1990 med et home run og 5 RBI, da Reds vandt World Series over Oakland Athletics. O’Neill kom i konflikt med Reds-manager Lou Piniella, som ønskede, at O’Neill skulle ændre sit sving for at slå flere homeruns. Som reaktion på sammenstødet forbedrede O’Neill sig meget i 1991 ved at spille 152 kampe med et karrieremæssigt højdepunkt på 28 homeruns. Han slog også .256 med 91 RBI. I sin sidste sæson som medlem af Reds spillede O’Neill 148 kampe og slog .246 med 14 homeruns og 66 RBI.
New York Yankees (1993-2001)Rediger
Den 3. november 1992 byttede Reds O’Neill til Yankees for Roberto Kelly. I sin første sæson som Yankee spillede O’Neill 141 kampe med et slagsnit på .311 med 20 homeruns og 75 RBI.
I den strejkeforkortede 1994-sæson spillede O’Neill 103 kampe med et slagsnit på .359, 21 homeruns og 83 RBI, hvilket førte til, at han blev udvalgt til sin anden All-Star kamp. O’Neill vandt battingtitlen, og Yankees førte den østlige division med seks og en halv kamp, da spillernes strejke afsluttede sæsonen. Han fik en 4-årig kontrakt på 19 millioner dollars. I 1995 spillede O’Neill 127 kampe og slog 0,300 med 22 homeruns, 96 RBI og en MLB-ledende placering med 25 dobbeltspil. Han førte Yankees til eftersæsonen for første gang siden 1981, men de tabte til Seattle Mariners i divisionsserien på trods af, at de vandt de første 2 kampe.
O’Neill (til højre) med Gary Denbo i 2001
Den 30. april 1996 slog O’Neill et langt homerun til Eutaw Street ud for Arthur Rhodes, mens han spillede på Oriole Park at Camden Yards. O’Neill var som bekendt sin egen hårdeste kritiker, han var tilsyneladende aldrig tilfreds med sin egen præstation og var kendt for sine følelser på banen; når han var skuffet over sin præstation eller vred over en dommerbeslutning, angreb han vandkølere eller kastede bat på banen. Hans tirader blev både rost og kritiseret af medierne og fans. O’Neill var involveret i et slagsmål med Seattle catcher John Marzano. O’Neill havde klaget til dommeren over, at det foregående kast var højt og indefra. Marzano ramte derefter den meget større Paul O’Neill med en haymaker. De to kom op at slås, og bænkene blev ryddet. I sæsonen 1996 spillede O’Neill i 150 kampe og slog .302, 19 homeruns, 91 RBI og et karrierehøjde på 102 walks. Han afsluttede den femte kamp i World Series 1996 ved at fratage sin tidligere Yankee-holdkammerat Luis Polonia fra Atlanta Braves et ekstra baseshit, hvilket sikrede Yankees en 1-0 sejr med 1-0. Yankees vandt derefter serien, hvilket var deres første World Series-mesterskab siden 1978.
I 1997 spillede O’Neill i 149 kampe og slog .324 med 21 homeruns og 117 RBI. Han førte Yankees ind i eftersæsonen igen, hvor han slog .421 med 2 home runs og 7 RBI, men tabte divisionsserien til Cleveland Indians. I 1998 spillede O’Neill i 152 kampe og slog .317 med 24 homeruns og 116 RBI. Han førte AL med 22 dobbeltspil. O’Neill førte Yankees til World Series, hvor de vandt over San Diego Padres i 4 kampe og hjalp holdet med at vinde 125 kampe, hvilket er rekord. I 1999 spillede O’Neill i 153 kampe og slog .285 med 19 homeruns og 110 RBI. O’Neill spillede den 4. kamp i World Series i 1999 kun få timer efter, at hans far døde. Yankees vandt i sidste ende kampen og slog Braves for at vinde deres 25. World Series-mesterskab.
I 2000 spillede O’Neill 142 kampe og slog .283 med 18 homeruns og 100 RBI. Han førte igen Yankees ind i eftersæsonen, som vandt World Series over New York Mets. I 2001 spillede O’Neill i 137 kampe og slog .267 med 21 homeruns og 70 RBI. I femte kamp i World Series 2001 modtog O’Neill en afsked fra New York-fansene. Mens han stod i højre felt i 9. inning med Yankees bagud 2-0, råbte hele stadion hans navn. Da inningen sluttede, blev O’Neill stadig hyldet. Med tårer i øjnene vendte han sin kasket, og der lød endnu et brøl fra publikum på Yankee Stadium. Yankees vandt kampen 3-2, men tabte serien 4 kampe mod 3.