Blue Marlin og hendes søsterskib var ejet af Offshore Heavy Transport i Oslo, Norge, fra de blev bygget i henholdsvis april 2000 og november 1999 og indtil den 6. juli 2001, hvor de blev købt af Dockwise. Den amerikanske flåde hyrede Blue Marlin fra Offshore Heavy Transport til at flytte destroyeren USS Cole tilbage til USA, efter at krigsskibet var blevet beskadiget af selvmordsbombere fra Al-Qaeda, mens det lå for anker i havnen i Aden i Yemen. I den sidste del af 2003 blev der udført arbejde på Blue Marlin for at øge kapaciteten og tilføje to indtrækkelige propulser for at forbedre manøvredygtigheden. Skibet blev taget i brug igen i januar 2004. Efter disse forbedringer leverede Blue Marlin olieplatformen Thunder Horse PDQ, der vejer 60.000 tons, til Corpus Christi, Texas, med henblik på færdiggørelse.
I juli 2005 flyttede Blue Marlin gasraffinaderiet Snøhvit fra dets byggeplads i Cádiz til Hammerfest, en 11-dages tur. Denne transport blev filmet til tv-programmet Extreme Engineering på Discovery Channel og også til tv-programmet Mega Movers på History Channel.
I november 2005 forlod Blue Marlin Corpus Christi for at flytte den massive havbaserede X-band-radar til Adak, Alaska, via sydspidsen af Sydamerika og Pearl Harbor, Hawaii. Den ankom til Pearl Harbor den 9. januar 2006 efter at have tilbagelagt 15.000 miles. I januar 2007 blev Blue Marlin brugt til at flytte to jack-up rigge, Rowan Gorilla VI og GlobalSantaFe Galaxy II, fra Halifax Harbour til Nordsøen.
Den 16. juni 2012 ankom skibet til Ferrol Harbour som forberedelse til at transportere det ufuldstændige amfibiekrigsskib HMAS Canberra til Melbourne. Det australske skib blev løftet op på Blue Marlin den 4. august 2012 og skulle efter planen sejle den 12. august med kurs mod Australien BAE Systems skibsværft i Williamstown. Skibet passerede Port Phillip Heads og ankom til Melbourne den 17. oktober 2012.
I maj 2019 blev Blue Marlin kortvarigt kapret ud for Ækvatorialguineas kyst. Besætningen søgte ly i skibets citadel, mens piraterne skød broen op i frustration og flygtede, inden den ækvatorialguineanske og den spanske flåde nåede frem.