Men selv om Egyptens presse var mere fri end under Nasser og Sadat, indførte Mubarak i 1995 en lov, der ville fængsle journalister eller partiledere, der offentliggjorde nyheder, der var skadelige for en regeringsembedsmand. Det folkelige pres fik forsamlingen til at nedtrappe loven, som til sidst blev annulleret af Egyptens forfatningsdomstol. Den voksende censur fra de islamiske domstole og rektoren for al-Azhar-universitetet tempererede imidlertid ytrings- og pressefriheden i slutningen af det 20. og begyndelsen af det 21. århundrede.
I sin kamp mod islamistisk terrorisme tyede Mubaraks regime til præventiv tilbageholdelse og angiveligt til tortur. Egyptiske terrorister myrdede for deres vedkommende flere ministre, dræbte næsten Mubarak selv i Addis Ababa i Etiopien i 1995 og skød turister ned i nærheden af Egyptens mest berømte monumenter – herunder et særligt voldsomt angreb i Luxor i 1997. En ledende islamist, Sheikh ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, flygtede til USA, hvor han i 1993 deltog i et lastbilbombeangreb på World Trade Center i New York City og senere blev idømt livsvarigt fængsel for denne forbrydelse og for sammensværgelse med henblik på at begå yderligere angreb. En anden islamistisk leder, en kairisk børnelæge ved navn Ayman al-Zawahiri, flygtede til Afghanistan, hvor han førte medlemmer af EIJ til at slutte sig til den tværnationale terrororganisation al-Qaeda. På trods af regeringens initiativer til at kontrollere problemet er den indenlandske terrorisme fortsat en trussel mod Egyptens stabilitet.
En del af de sociale og økonomiske problemer stammer enten fra eller blev forværret af Egyptens deltagelse i krigen i Den Persiske Golf (1990-91) på den amerikansk ledede koalitions side. Egyptiske tropper deltog i konflikten, ligesom soldater fra mange arabiske lande. Selv om Egypten blev belønnet for sin deltagelse ved at få eftergivet milliarder af dollars, som landet skyldte for køb af våben fra Vesten, mistede mange egyptiske udstationerede arbejdere deres job i Irak på grund af dette lands invasion af Kuwait. Ligeledes blev Egyptens håb om, at dets entreprenører ville vinde buddene om at hjælpe med at genopbygge Kuwait efter krigen, skuffet, og en plan om at udstationere egyptiske og syriske tropper som fredsbevarende styrker i regionen blev afvist af de persiske golfstater. Måske forståeligt nok begyndte de økonomisk trængte egyptere at være utilfredse med rige saudier, kuwaitiske og andre arabiske golfstater, som ofte brugte deres ferier på at spille på Kairos luksushoteller.
Den egyptiske offentlighed blev også skeptisk over for de løbende bestræbelser fra de på hinanden følgende amerikanske præsidenter og deres egen præsident på at fremme freden mellem Israel og andre arabiske lande og især palæstinenserne. I en global økonomi under forandring var der en folkelig mistanke om, at sådanne forsøg på at fremme bedre forbindelser kunne have en eller anden bagtanke. Især frygtede mange egyptere et muligt amerikansk og israelsk forsøg på at manipulere Egyptens industrier, især fordi computer- og informationsteknologi – som Egypten i høj grad var afhængig af Vesten for at skaffe og bruge – blev mere afgørende for den økonomiske vækst. Siden 2004 har udvidelsen af landets internetforbindelser imidlertid stået særligt højt på den økonomiske dagsorden for Egyptens premierminister, Ahmad Nazif, der selv er computeringeniør.
Faktisk var Mubaraks engagement i indenlandsk udvikling tydeligt i hans valg af tre på hinanden følgende økonomiske planlæggere som premierminister i løbet af 1990’erne. Og selv om Egypten blev stadig mere sofistikeret økonomisk set, skete det til en høj pris. Landets uafhængighed blev indskrænket af indblanding fra internationale långivere som IMF, og en voksende ulighed i indkomst og adgang til ressourcer belastede forholdet mellem rige og fattige borgere og bidrog til at erodere enigheden mellem muslimer og koptere. Mens nogle muslimer beskyldte kopterne for at tjene som agenter for fremmede magter og for at kontrollere Egyptens økonomi, beskyldte nogle koptere muslimerne for at ødelægge kirker og tvinge egyptiske kristne til at konvertere til islam. Selv om både muslimske og kristne egyptere for det meste har gjort en indsats for at minimere deres forskelle offentligt for at bevare den nationale enhed, har den hurtige og ujævne udvikling i sidste ende udgjort en trussel mod Egyptens politiske og kulturelle lederskab i den arabiske verden.
Arthur Eduard Goldschmidt
Interne spændinger voksede, da Mubarak-regimet fortsatte med at undertrykke oppositionen, arrestere dissidentledere og begrænse den politiske ytring. Der blev observeret udbredte uregelmæssigheder ved parlamentsvalget i november 2010, som NDP vandt med overvældende flertal, hvilket effektivt eliminerede oppositionspartierne fra Folkeforsamlingen.